科研产出
长薄鳅(Leptobotia elongata)线粒体DNA控制区遗传多样性研究
《西南农业学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：对采自泸州(长江干流)、南溪(长江干流)、柏溪(金沙江段)、攀枝花(雅砻江段)、重庆(嘉陵江段)4个流域的45尾长薄鳅(Leptobotia elongata)的线粒体DNA控制区部分序列(798 bp)进行了扩增,共检测出19个单倍型,未发现群体间有共享的单倍型,5群体单倍型多样性在0.833~1.000之间,显示不同流域的长薄鳅群体单倍型类型较为丰富。分析了D-Loop的碱基组成、变异情况和核苷酸序列差异,计算了核苷酸多样性(π)、单倍型多样性(h)、FST值和基因流数值(Nm),构建了长薄鳅不同单倍型分子系统树和中间网络图。5个群体内各序列核苷酸多样性指数(π)在0.276%~0.905%之间;群体间遗传距离范围为0.0028~0.0092,结果显示长薄鳅自然群体存在较丰富的线粒体控制区序列多态性(h=0.916,π=0.00450),Tajima’s D统计(?2.09890)和Fu’sFs统计(?7.56940)分析都显示各种群之间差异显著(P<0.05),但FST值(FST<0.05)的分析结果显示重庆、柏溪、南溪、攀枝花和泸洲种群间没有明显的遗传分化,暗示了柏溪和攀枝花种群历史上,可能发生过群体扩张和种群瓶颈,而泸州、南溪和重庆种群一直是平衡种群。Nm值计算结果显示各地理种群间无明显基因交流,暗示了长薄鳅虽然在各条不同的河流里洄游产卵,但并未因此而产生独立分化的群体。所有群体中,泸洲和攀枝花种群的遗传多样性比重庆、柏溪和南溪种群丰富。进行长薄鳅人工繁殖时,可以将遗传多样性较丰富地区的个体补充到人工繁殖中来,以提高长薄鳅的遗传素质,为人工增殖放流提供遗传多样性更丰富的个体。
关键词： 长薄鳅 线粒体DNA 控制区序列 种群遗传结构 遗传多样性
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一种银耳段木栽培杂菌的形态学鉴定与分子生物学分析
《菌物学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：从四个不同银耳段木栽培场地采集杂菌样本,经初步鉴定后纯化得到48个菌株。通过对子实体、孢子及菌丝等的形态观察确认从银耳栽培段木上分离的48株杂菌隶属于炭团菌属,在形态上与截头炭团菌Annulohypoxylon annulatum最为相似。为了进一步确认从银耳栽培段木上分离的48株杂菌的分类地位,对其中14个供试菌株进行了ITS系统发育分析,结果表明:14个供试菌株之间的遗传距离为0.036时可以形成两个明显分枝,且分枝与地理来源之间并无明显相关性;供试菌株在分类地位上属于炭团菌属,与形态学鉴定结果一致,并与截头炭团菌的关系最为接近,遗传距离在0.2左右;与银耳伴生菌香灰菌的遗传距离为0.29左右。从75条引物中筛选出13条引物对所有48个供试菌株进行ISSR扩增,扩增共获得103条带,其中多态性条带72条,占条带总数的69.9%。聚类分析结果表明:在相似水平为75%时,48个菌株可以划分为5个类群,且类群的划分与地理来源之间并无明显相关性;多数供试菌株之间的遗传相似性较低,这表明供试菌株在DNA水平上存在比较显著的遗传变异,具有较丰富的遗传多样性。
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采用微卫星标记技术研究四川省马铃薯晚疫病菌种群遗传多样性
《西南农业学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：从2006年到2007年在四川省8个马铃薯主产区采集的晚疫病样本中单孢分离得到91个晚疫病菌菌株。引用国际上通行的两个微卫星标记Pi4B和Pi4G,对这91个菌株的基因型进行遗传多样性分析,鉴定出8个SSR基因型:D-03、D-05、D-06、F-01、F-03、F-06、G-02和H-01;占优势基因型的为F-01和F-06,在群体中所占的比例分别为39.56%和15.38%。不同地区的菌株SSR基因型多样性也不相同。
南瓜资源遗传多样性的SRAP分析
《四川大学学报(自然科学版) 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：利用30对SRAP引物组合对南瓜属(Cucurbita)中的中国南瓜(C.moschata D.)、印度南瓜(C.maxima D.)和美洲南瓜(C.pepo L.)三个栽培种共76份南瓜资源进行了遗多样性分析.结果表明,在检测到的574条带中,有508条具有多态性,平均每对引物检测到的条带数为19.13条.UPGMA树形图显示,这些SRAP引物可将76份参试材料分为三类,它们分别与其在植物学上的印度南瓜、美洲南瓜和中国南瓜分类相符.在种内,材料间有按起源地分类的趋势,但与果形、果色等形态性状没有相关性.
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普通玉米和特用玉米的SSR标记聚类
《核农学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：利用SSR标记研究了64份玉米自交系(包括普通玉米和特用玉米自交系)的亲缘关系。用30对扩增带型稳定的SSR引物,从供试材料中检测出116个等位基因变异,每对引物检测出等位基因2~10个,平均3.87个。SSR引物的PIC介于0.306~0.893之间,平均多态性信息量为0.717。按UPGMA方法对供试自交系进行聚类,以遗传距离0.586为基准,可将材料划分为11类。64份自交系的SSR标记聚类分析表明,普通玉米与特用玉米糯玉米、甜玉米、爆裂玉米等并不能严格地各自划为一类,只有亲缘关系较近的特用玉米自交系聚在一起,有些特用玉米与普通玉米聚在一起,部分特用玉米具有丰富的普通玉米种质资源遗传背景。特用玉米自交系间的遗传距离与普通玉米自交系间的遗传距离差异达到0.01的极显著水平。此外,不同类型特用玉米间、特用玉米与普通玉米间的遗传差异较大,特用玉米在进化和选育过程中积累并保存了丰富的遗传变异。
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四川省阿坝州小麦条锈菌遗传多样性分析
《西南农业学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：对阿坝及其周边地区条锈病菌生理小种和AFLP多态性进行了研究。49个参试菌株条锈病菌生理小种分为2种类型:水源11致病类群类型和Hybrid46致病类群,分别占44.9%和55.1%,其中水-14和CY32为优势小种。CY31仅在黑水县检测到,云南盐津菌株CY32比例显著高于其他采样点。利用E2M3、E4M3、E7M3、E2M4、E6M4、E4M6、E6M7等7个引物组合,对各菌株基因组DNA进行扩增出,共扩增出168条可统计的条带,其中多态性条带为32条,多态率为19.05%。49个样品AFLP的D ice相似系数范围为:0.4063~1.0,其中阿坝州菌株聚类分析后被分作A、B两组,后者在相似系数0.7814水平上又分为两个亚组。松潘县的菌株中,4个菌株属于A组,9个菌株属于B组第一亚组,6个菌株属于第二亚组。来自黑水县和九寨沟县的菌株均属B组的第二亚组。第二亚组遍及阿坝州各采样点。来自凉山州普格县的菌株与阿坝州的菌株的遗传相似性很低,在相似系数0.73水平时归入C组。但在阿坝和凉山分别个测出1个菌株,与区内其它菌株均不相似,但彼此间相似系数为0.7813;可见四川条锈病菌阿坝群体独立于梁山州群体,但又有一定的联系。来自云南盐津的条锈病菌根据AFLP多态性被划成B组的第三亚组,与普格县菌株相差较大而与阿坝州菌株更相似,其来源尚有待进一步研究。在同一块田中,条锈病菌的组成可以相差很大,遗传相似系数为1.0的菌株一块田内发现两株。松潘青云乡至川主寺沿公路晒场、院坝子上自生麦苗上菌株在不同采样点间病菌也有差别。未发现生理小种和AFLP性之间的关联性。以CY32为例,其AFLP多态性十分明显,菌株分属A、B1、B2、B3等不同类型。表明病菌毒性突变可以在不同遗传背景的菌株中发生,新小种的发生可能不是由1个突变克隆不断繁殖扩大而来。
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基于amy基因的中国野桑蚕遗传多样性及其与家蚕的系统发育关系
《昆虫学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为探索中国野桑蚕Bombyx mandarina的遗传多样性及其与家蚕B.mori的系统发育关系,采用PCR产物直接测序法(少数样本克隆测序)获得34个家蚕和野桑蚕样本淀粉酶基因amy序列片段(715bp)。分析发现56个多态性位点,鉴定出28种单倍型(haplotype);核苷酸多样性π=0.01390±0.00103,单倍型多样度Hd=0.988±0.011。核苷酸不配对分析(mismatchan alysis)和Fu’sFs检测表明中国野桑蚕曾发生过种群扩张。分子方差分析(AMOVA)表明,遗野桑蚕传差异主要在种群内,种群间和地理组群间差异不显著。聚类树上34个样本聚为3枝/3蔟,野蚕和家蚕都不按地理区域或系统(类型)聚类,A枝由来自不同地区的野蚕和不同类型的家蚕混合构成,并且进一步分成3个亚枝,每一亚枝也同时包含家蚕和野蚕,B枝由3个家蚕和1个野蚕混合构成,C枝全部由来自不同地区的野蚕构成。网络分析没有发现"祖先单倍型"和优势单倍型。结果提示,淀粉酶基因是一个多态性丰富的分子标记,中国野桑蚕遗传多样性十分丰富,据此推测家蚕起源于多种生态类型混杂的野桑蚕。
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节节麦DNA指纹关系所揭示的古代中国与西方农业技术交流
《自然科学进展 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：利用微卫星分子指纹方法分析了来自伊朗和新疆的野生类型节节麦以及中国黄河流域(陕西、河南)杂草类型节节麦的遗传多样性和亲缘关系.结果显示伊朗节节麦具有很高的遗传多样性,其次为黄河流域的杂草类型节节麦和新疆的节节麦;遗传相似性分析进一步表明,中国黄河流域的杂草类型节节麦与来自伊朗不同地区的野生型节节麦之间有密切亲缘关系.因此,我国的杂草类型节节麦可能根源于节节麦的多样性中心伊朗,而后作为伴生杂草随着栽培普通小麦的东传而进入中国古代的腹地中原地区.这一结论从DNA分子水平上为普通小麦通过丝绸之路传入中国这个重大学术问题提供了新证据,也揭示了丝绸之路对东西方农业及其技术交流发挥的重要作用.
关键词： 丝绸之路 节节麦 普通小麦 微卫星 遗传多样性 亲缘关系 农作物传播
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人工合成六倍体小麦后代衍生群体遗传多样性检测
《分子植物育种 》 2008 CSCD
摘要：通过四倍体二粒小麦和节节麦杂交而获得的人工合成六倍体小麦,含有丰富的普通小麦品种改良有益基因,作为拓宽普通栽培小麦性状和新品种改良的新的种质资源已广泛应用于普通小麦的遗传改良实践中。利用分布于小麦A、B、D基因组21条染色体、28个不同染色体臂上的37对微卫星引物,对人工合成六倍体小麦与四川成都平原普通栽培小麦主栽品种杂交、回交经多代选择而形成的117份人工合成六倍体小麦衍生后代高代群体系(其中川麦38、川麦42、川麦43和川麦47为审定品种)进行了DNA分子水平上的分析,共检测到256个等位变异,平均每个SSR标记位点检测到6.92个等位变异,变幅在1到14之间。A、B、D基因组中,D基因组表现出的多态性信息含量最低,为0.4276,B基因组次之,为0.5346,A基因组最高,达到0.6145(A>B>D)。辛普森指数比较的结果也反映出相同的变化趋势,A基因组最高,为1.1874,B基因组次之,为1.0810,D基因组最小,为0.8046(A>B>D)。综合多态性信息含量和辛普森指数的估值,表明这一批人工合成六倍体小麦衍生后代群体接受的遗传基因既来自人工合成六倍体小麦,又来自普通栽培小麦,显示杂合度类型丰富,具有较高的遗传差异。根据SSR位点获得的等位基因变异片断的分布情况进行UPGMA聚类,发现A、B、D基因组基因型间的遗传相似系数较低,A、B、D三个基因组所得平均遗传相似系数为0.4721,其中A基因组平均遗传相似系数为0.3797,B基因组平均遗传相似系数为0.4627,D基因组上平均遗传相似系数为0.5815,反映人工合成六倍体小麦后代衍生材料的遗传多样性处于较高水平。研究结果证明利用人工合成六倍体小麦所具有的普通小麦野生近缘种中的基因库改良现代小麦,丰富其遗传基础,减少其生物和非生物胁迫的脆弱性,是一条行之有效的途径。
关键词： 人工合成六倍体小麦 后代衍生群体 遗传多样性 SSR标记
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