科研产出
利用产量功能基因标记分析三系杂交水稻亲本的遗传多样性
《中国农业科学 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：【目的】利用功能基因标记分析三系杂交稻亲本的遗传多样性。【方法】利用44个根据文献共同报道的QTL位点或者已经被精细定位或已克隆的与水稻产量性状基因紧密连锁的功能基因标记,以及29个覆盖水稻12条染色体的在三系杂交水稻亲本间多态性高、带型清晰、重复性好的SSR标记分析76个三系杂交水稻亲本的遗传多样性。按POPGEN32分析软件要求将PCR扩增产物的凝胶电泳结果数字化,将数字化的矩阵数据转换为基因型数据,在POPGEN32软件下计算等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、多态性位点百分率(P)、Nei’s遗传多样性指数(He),用于评价所有亲本材料的基因多样性;计算遗传分化系数(Fst)、Nei遗传距离(D),进行遗传结构和遗传关系检测。利用NTSYS-pc2.10e软件计算品种间遗传相似系数(GS),并根据GS按非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析,绘制品种间遗传聚类树状图。【结果】44个功能基因标记中有37个标记具有多态性,多态性位点百分率(P)84.09%,共检测到86个等位基因位点,平均每个位点2.32个,变化范围2—4个;其中有效等位基因(Ne)62.95个,占73.2%,Nei’s遗传多样性指数(He)变幅为0.049—0.831,平均值0.585。76份材料间的遗传相似系数(GS)变幅为0.323—0.973,平均值0.650。聚类分析表明在遗传相似系数0.618处分为保持系和恢复系两类。保持系和恢复系间的遗传分化系数(Fst)为0.151,属高度遗传分化,Nei遗传距离(GD)0.185,类群内遗传距离相对较小,类群间遗传距离相对较大。29个SSR标记共检测到72个等位基因位点,平均每个位点2.48个,变化范围2—4个;聚类分析表明未能将保持系和恢复系分为两类,部分保持系聚类在了恢复系群,部分恢复系聚类在了保持系群。【结论】相对于普通分子标记,功能基因标记具有较高的DNA多态性检测效率,用于类群划分和种质资源的多样性分析等方面更具准确性和可靠性;三系杂交稻亲本在44个产量功能基因位点的亲缘关系较近,遗传基础狭窄,同源性较高。但保持系群和恢复群系间在这些功能基因位点的遗传差异较大,遗传分化程度较高,杂交水稻骨干亲本在产量性状上仍具有较高的杂种优势利用空间。
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四川盐边植烟土壤放线菌的遗传多样性及抗菌活性
《应用与环境生物学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：从四川省盐边县代表性烟草种植区域的植烟土壤样品中分离出52株放线菌菌株,采用16S rDNA限制性片段长度多态性(16S rDNA-RFLP)和16S rDNA序列分析研究了其遗传多样性及系统发育地位,并初步探索了其抗菌活性.16S rDNA-RFLP分析结果表明,在非加权组平均法(UPGMA)聚类图中,所有菌株在75%的相似水平上聚为一类,而在88%的相似水平上分为8个遗传类型.在主成分分析聚类图中,供试菌株可分为5个类群,揭示了植烟土壤放线菌菌株具有一定的遗传多样性.代表菌株系统发育分析显示,供试菌株均属于链霉菌属(Streptomyces),链霉菌是植烟土壤中的绝对优势放线菌.初筛结果显示,共有13株菌株表现出了一定的抗菌活性,而在复筛中仅有3株表现较好.根据初筛和复筛结果选择菌株SAUAS3-2进行玉米盆栽试验,结果表明,该菌株具有一定抗菌活性的同时还具有促生作用.本研究揭示了盐边县植烟土壤具有丰富的放线菌资源.
关键词： 烟草 土壤放线菌 遗传多样性 链霉菌 限制性片段长度多态性
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关联分析在植物种质资源研究中的应用
《长江大学学报(自科版) 》 2014
摘要：随着分子生物学和基因组学的飞速发展,关联分析成为植物数量性状研究的重要手段。对连锁不平衡、关联分析、单核苷酸多态性的概念、原理进行了简要介绍,综述了关联分析在玉米种质资源方面的研究进展,并探讨了关联分析在玉米育种实践中的发展方向和应用前景。
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甘蓝型油菜SSR标记遗传多样性及其与农艺性状关联分析
《分子植物育种 》 2013 CSCD
摘要：研究甘蓝型油菜种质的遗传多样性,以提高甘蓝型油菜种质的利用效率。本研究从140对甘蓝型油菜SSR引物中,筛选出40对多态性好的SSR标记,并结合植株田间农艺性状特征鉴定,对63份来自四川的甘蓝型油菜种质资源进行遗传多样性、群体结构和性状关联分析。研究结果表明:40对多态性好的引物共检测到152个等位变异,引物平均多态性位点3.8,平均多态信息量(PIC)0.849 7;在带型分析基础上,根据相似系数将参试材料聚为5大类群,多数参试材料属于第2、3大类群;在SSR多态信息基础上,对参试材料进行群体结构分析,将参试材料分为4个群体,86%的参试材料Q值大于0.70。对40个SSR位点与8个主要农艺性状用TASSEL软件的GLM(general linear model)模型进行关联分析,共检测到15个位点与农艺性状显著相关,其中6个位点极显著相关。这6个SSR位点分别为:yw222和ywy05标记与全株角果数极显著相关,yw140和yw134标记与主序角果数极显著相关,ywy19和yw138标记与一次分支数极显著相关;其中ywy19同时与每角粒数、主序角果数、主序有效长显著相关。研究结果表明,本研究参试材料具有较好的代表性,遗传多样性较丰富;研究分析所得与农艺性状极显著关联的SSR标记位点在提高甘蓝型油菜种质的利用效率方面具有重要的实践意义。
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金针菇菌株遗传多样性的ISSR分析
《西南农业学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：本文利用ISSR技术对来自国内外栽培菌株和野生菌株114个进行了遗传多样性分析,建立了遗传相似性聚类图。结果表明,114个金针菇菌株在遗传相似性水平为0.66时,聚为一大类群,在遗传相似性水平为0.75时,将114个金针菇菌株划分为7个类群,类群Ⅰ包括97个菌株,类群Ⅱ包括8个菌株,类群Ⅲ包括1个菌株,类群Ⅳ包括1个菌株,类群Ⅴ包括3个菌株,类群Ⅵ包括5个菌株,类群Ⅶ包括1个菌株;在0.81水平上可划分为35个亚类群,显示出我国金针菇菌株具有丰富的遗传多样性。
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家蚕地方品种遗传多样性及其分子系统学研究
《生物多样性 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：为检测家蚕(Bombyx mori)地方品种间的遗传差异,分析其遗传多样性和系统分化模式,为家蚕的品种鉴定和杂交育种亲本选择提供分子依据,本文对72个家蚕地方品种的淀粉酶基因(Bmamy2)片段进行测序,采用DNA序列分析技术探究了家蚕地方品种在核苷酸序列水平上的遗传差异及其系统分化特征.结果显示,家蚕地方品种在Bmamy2基因变异丰富,碱基突变率为5.6–8.2%,单倍型多样度为0.8294,核苷酸多样度为0.0236±0.00122,表明Bmamy2是一个具有丰富序列多样性的标记基因,能够较好地区分家蚕地方品种间的遗传多样性.系统发育分析、分子方差分析和Network分析等多种分析方法均检测到家蚕地方品种不按地理系统或生态类型聚类,各聚类种群均由来自不同地理系统或生态类型的品种构成,而来自同一地理系统或生态类型的品种则分别归属于不同的聚类种群.推测在家蚕的进化过程中并没有形成按地理系统或生态类型归类的分化格局,家蚕可能具有多种化性混合驯化起源的遗传背景和系统分化特征.
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中国兰遗传多样性的SRAP分析
《西南农业学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：为了分析中国兰遗产多样性,利用64对SRAP引物对中国兰24个品种的种质资源进行遗传亲缘关系分析。结果表明,筛选出的51对多态性高引物,共产生1113条扩增带,平均每对引物扩增22条带,多态性条带共1092条,占总数的98.1%。利用ntsys软件分析遗传相似系数,并构建聚类图。因此,结果表明与形态学分类基本一致,SRAP标记适用于分析不同国兰品种之间的遗传基础。
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利用SRAP分析岷江下游荔枝资源的遗传多样性与亲缘关系
《西南农业学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：以岷江下游的41份荔枝古树、3份合江荔枝包括合江大红袍、合江糯米糍和楠木叶为试材,选用32对SRAP(Sequence-re-lated Amplified Polymorphism)引物进行PCR扩增。共检测出222条清晰条带,其中产生182条多态性条带,平均每对引物组合5.6条,多态率为81.9%。32对引物组合遗传多样性在0.0329(me18/em26)～0.4990(me21/em18)之间,平均为0.2915,利用NT-SYS-PC(version 2.10s)软件系统进行UPGMA(Unweighted pair group method arithmetic average)聚类分析。结果表明,岷江下游44份材料之间亲缘关系较近,44材料相似系数在0.5586～0.9279,平均相似系数为0.7913。在遗传相似系数0.67处可分成4大类,其中3个引进品种与当地荔枝古树资源明显分开。由此可看出,岷江下游荔枝古树资源是荔枝育种和生物多样性保护的特殊资源。
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27份含D基因组山羊草属种在高产基因座Barc1183的多态性分析
《分子植物育种 》 2012 CSCD
摘要：具有D基因组的山羊草属种是小麦重要的野生近缘植物,携带丰富的优异基因,是改良现代小麦的重要遗传资源。SSR标记Barc1183是在川麦42遗传背景中发现的一个来源于人工合成小麦的高产基因座,位于4DL染色体上。本研究,利用基因座Barc1183及其紧密连锁的SSR标记Barc48,以川麦42和川农16为对照,对27份含D基因组的山羊草属材料进行了多态性分析。结果表明,27份山羊草属材料在Barc1183基因座,发现8种等位变异类型,其中6种等位变异类型为不同于对照川麦42和川农16的新类型;而在Barc48基因座,发现5种等位变异类型,这5种等位变异均为不同于对照川麦42和川农16的新等位变异类型。结合Barc1183和Barc48基因座结果分析表明,27份山羊草属材料中均含有不同于川麦42、川农16的等位变异类型,没有一份与川麦42和川农16基因型完全一致的材料。
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基于抗病功能基因标记的中国三系杂交水稻骨干亲本遗传多样性研究
《农业生物技术学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为探究实现水稻广谱持久抗性育种,以及水稻病害的有效防治,本研究利用文献中报道的与抗稻瘟病及白叶枯病相关的43个功能基因相关标记,研究了76个中国籼型(Oryza sativa ssp.indica)三系杂交水稻骨干亲本的遗传多样性。结果显示,36个标记具有多态性,多态性位点百分率(P)81.81%,共检测到87个等位基因位点;其中有效等位基因(Ne)61.96个,占71.22%,Nei's遗传多样性指数(He)变幅为0.358~0.974,平均值0.629。76份材料间的遗传相似系数(Gs)变幅为0.341~0.925,平均值0.550。采用UPGMA法进行聚类分析,在遗传相似系数0.624处分为保持系和恢复系两类。保持系和恢复系间的遗传分化系数(Fst)为0.158,呈高度遗传分化,Nei遗传距离(D)0.201。结果显示,功能基因相关标记具有较高的DNA多态性检测效率,用于类群划分和种质资源的多样性分析等方面更具准确性和可靠性;中国三系杂交稻骨干亲本在43个功能基因位点的亲缘关系较近,遗传基础狭窄,同源性较高。但保持系群和恢复群系间在这些功能基因位点的遗传差异较大,遗传分化程度较高。研究结果提示,所研究材料在DNA水平存在丰富的杂种优势利用空间,特别随着更多更细的功能基因位点的发掘,为水稻分子辅助抗性选育以及病害防治提供了有效的实现途径。
关键词： 三系杂交水稻 骨干亲本 功能基因 聚类分析 遗传多样性
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