科研产出
毛木耳种质资源表型性状遗传多样性分析及综合评价
《核农学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：为研究毛木耳种质资源表型性状变异分布和多样性特征，分析性状间关系，筛选毛木耳评价指标和性状优异的种质，本研究以我国56份毛木耳种质为材料，对其18个表型性状进行精准鉴定，采用Shannon-Weaver多样性指数、变异系数等进行表型性状遗传多样性分析，综合运用相关性分析、聚类分析、主成分分析和逐步回归等方法对毛木耳种质进行综合评价。研究结果表明，毛木耳种质资源遗传多样性指数为0.090～1.978，数量性状变异范围为4.00%～40.39%。大部分表型性状间存在不同程度的相关性，性状信息重叠。经聚类分析，在遗传相似系数0.47处，可以划分为5个类群。主成分分析将18个表型性状转化为7个主成分/综合因子，累计贡献率为74.75%。56份种质的主成分综合得分（F值）范围为-3.91～2.21，将毛木耳种质资源划分为6个群组，部分群组与聚类分析的类群重合。基于F值筛选出5份表型性状优良的种质，可进一步发掘利用。结合逐步回归分析方法，经综合评估筛选出8个表型性状，可作为毛木耳的综合评价关键性指标，分别为菌丝体（栽培种）菌棒颜色变化、鲜耳片腹面主要颜色、鲜耳片背面颜色、干耳片腹面颜色、干耳片背面颜色、耳片质地、子实体成熟期和鲜耳片长度。本研究为毛木耳种质资源高效发掘利用和新品种选育提供了重要依据。
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179份燕麦种质在成都平原的农艺性状遗传多样性分析及综合评价
《麦类作物学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：为给成都平原饲用燕麦育种提供参考，对179份燕麦种质14个主要农艺性状进行遗传多样性分析，并对其中10个数量性状进行聚类分析及主成分分析。结果表明，供试燕麦种质的遗传多样性指数较高，旗叶长遗传多样性指数最大(2.10);分蘖数变异系数最高(33.41%)。通过对10个数量性状的聚类分析，将179份燕麦种质分成5大类群。类群Ⅰ可作为选育籽实目标为主的优秀亲本材料；类群Ⅱ适合用作选育强分蘖的亲本材料；类群Ⅲ优良性状不显著；类群Ⅳ各性状表现一般；类群Ⅴ适合用作选育多目标性状的优秀亲本材料。经主成分分析，10个数量性状中5个主成分累计贡献率为84.57%,第1主成分反映饲草养分组成，第2、第3主成分反映叶片形态特征，第4主成分反映分蘖，第5主成分反映株高。综合来看，燕麦种质CF002393、CF003690、CF014719和CF003691可作为成都燕麦品种选育的改良亲本，有利于加快成都平原地区的燕麦育种进程。
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救荒野豌豆种质资源调查收集及表型鉴定评价
2025
摘要：救荒野豌豆（
关键词： 救荒野豌豆 种质资源 调查收集 表型鉴定 遗传多样性
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四川省82 份蚕豆种质资源的农艺性状鉴定与评价
2025
摘要：四川省是蚕豆资源遗传多样性较为丰富的省份之一，本研究以82份四川省蚕豆地方种质资源为试验材料，通过遗传多样性指数、变异系数、相关性分析、聚类分析和主成分分析鉴定评价四川蚕豆地方资源的多样性水平，并筛选优异种质资源。结果表明，82份蚕豆种质资源的叶形、鲜茎色、赤斑病抗性与褐斑病抗性遗传多样性丰富；除荚宽和生育日数外的11个数量性状变异系数在11.70%~38.39%之间，每荚粒数、结荚节数、单株荚数和单株粒数的变异系数较大。相关性分析结果显示，株高、百粒重、有效分枝、结荚节数、单株荚数和单株粒数均与单株粒重呈显著或极显著正相关。聚类分析将82份蚕豆种质资源分为四类，其中第I、IV类资源的与产量正相关的性状表现较好。主成分分析提取到5个主成分，累计贡献率达79.858%，有效分枝、结荚节数、单株荚数对主成分1贡献较大，为优异资源评价的关键农艺性状，进一步筛选了主成分因子加权得分大于1的7份种质资源作为优异资源。本研究结果反映了四川省蚕豆地方种质资源的综合表现，为优异资源保护、挖掘和利用提供了数据支撑。
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基于RAD-seq技术的俄罗斯鲟SNP分子标记开发
《南方农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：[目的]基于限制性位点相关DNA测序(RAD-seq)开发出俄罗斯鲟(Acipenser gueldenstaedti)的潜在单核苷酸多态性(SNP)分子标记,掌握俄罗斯鲟人工养殖群体的遗传多样性,为深入研究鲟形目鱼类的保护遗传学提供技术支撑.[方法]通过CTAB法提取俄罗斯鲟鳍条DNA,构建DNA文库后利用Illumina NovaSeq 6000测序平台完成RAD-seq,经质控过滤、聚类组装及比对分析等筛选出潜在的SNP位点,并以SNaPshot和Sanger测序对SNP位点进行验证.[结果]5个俄罗斯鲟样本RAD-seq共获得14.24 Gb原始数据(Raw base),平均每个样本的有效数据(Clean base)为2.84 Gb,平均有效数据率为99.54%,Q20均在96.00%以上,GC含量在40.52%~41.36%.数据组装总长度为53211245 bp,组装Contig的平均长度为343 bp,N50为404 bp;各样本测序得到Reads与组装基因组的比对率在59.89%~62.43%,平均测序深度为15.75~23.84倍.5个俄罗斯鲟样本RAD-seq获得的SNPs位点总数在299416~367709个,SNP转换位点数在183070~224458个,SNP颠换位点数在116346~143251个,转换/颠换比(Ts/Tv)平均为1.57;SNP位点的杂合率在82.81%~97.43%,其突变类型可分为6种(T/C、T/A、T/G、C/G、C/A和A/G),以T/C或A/G的出现频率最高.基于Sanger测序从随机挑选的100个潜在SNPs位点中筛选出36个多态性SNPs位点,其突变类型中以A/G的出现频率最高(44.4%),其次是T/C(出现频率为36.1%),A/C、C/G和G/T的出现频率相对较低,分别为8.3%、8.3%和2.7%.36个SNPs位点共检测到72个等位基因,最小等位基因频率(MAF)的范围在0.0147~0.5000,观察杂合度(HO)为0.029~0.971,期望杂合度(HE)为0.029~0.523;除Ag18、Ag33、Ag35和Ag36等4个SNPs位点呈低度多态性(PIC≤0.25)外,其他32个SNPs位点均为中度多态性位点(0.25
关键词： 俄罗斯鲟 SNP分子标记 遗传多样性 RAD-seq
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基于全基因组重测序的重庆市水稻稻曲菌遗传多样性分析
《西南农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：【目的】明确重庆市主要水稻产区的稻曲病菌[Ustilaginoidea virens（Cooke） Tak.]群体遗传多样性。【方法】对来源于重庆市铜梁（TL）、合川（HC）、永川（YC）、涪陵（FL）、万州（WZ）、梁平（LP）、忠县（ZX）、丰都（FD）、黔江（QJ）、秀山（XS）、彭水（PS）等11个区（县）的37株稻曲病菌进行重测序,并对其遗传多样性进行深入分析。【结果】对37个U.virens菌株重测序得到约42.5 Gb的高质量测序数据,其中检测到大量的单核苷酸突变。结合系统发育学和全基因组关系矩阵分析将37个菌株分为3个类群,表明不同群体的稻曲菌之间存在差异。所有群体除ZX以外,观测杂合度均大于期望杂合度,表明在重庆市稻曲菌群里面存在显著的杂合选择优势。PS群体拥有最高的Pi值,证明其样本间的差异程度最高,表明其遗传多样性最丰富。固定系数分析结果显示,绝大多数群体间的FST值>0.15,其中最高的FST值出现在HC和TL群体之间,为0.3814,表现出较高的遗传分化;而最低水平的遗传分化出现在YC和ZX群体之间,FST值为0.0537。群体结构分析发现所有菌株大致分为4个亚群。基因流（Nm）分析表明不同群体之间存在8次较大的基因交流,并且传播方向不是单一地从某个地区传入其他地区,而是存在不同区域间交叉、反复的传播事件。Tajima’s D中性检验结果显示,除LP以外,所有群体都表现出大于阈值的Tajima's D值（>0）。上述结果表明所有种群都在经历平衡选择。【结论】稻曲病菌在重庆的遗传多样性处于较高水平,为重庆地区稻曲病的防治和抗病资源选育提供理论依据。
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四川省不同流域日本沼虾群体遗传多样性分析
《西南农业学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：[目的]四川省河流众多,野生日本沼虾资源丰富,深入了解四川省日本沼虾种质资源现状,开展不同流域日本沼虾遗传多样性评估具有重要意义.[方法]基于线粒体Cytb序列,对四川省巴河(BH)、涪江(FJ)、嘉陵江(JLJ)、岷江(MJ)和思蒙河(SMH)5个日本沼虾野生群体的遗传多样性进行分析.[结果]所有群体的201尾日本沼虾中共检测出36种单倍型,单倍型多样性(Hd)值为0.345~0.959,Hd均值为0.802,其中JLJ群体的Hd值最高(0.959),而MJ、SMH和BH群体的Hd值相对较低,Hd值均小于0.5.所有群体的核苷酸多样性(Pi)值为0.002 25~0.015 47,Pi均值为0.015 83,其中JLJ群体的Pi值最高(0.015 47),BH群体的Pi值最低(0.002 25).日本沼虾的遗传变异主要来自群体间(68.20%),群体间存在显著的遗传分化,系统发育树分析显示所有群体呈现3个较明显分支.单倍型MJ网络图显示所有单倍型也呈现3个明显谱系,其中谱系A包含优势单倍型Hap 14,谱系B包含优势单倍型Hap 16,谱系C包含优势单倍型Hap 1.[结论]日本沼虾群体遗传多样性总体上处于较高水平,但不同流域的群体间遗传多样性水平差异较大,其中MJ、BH和SMH群体的遗传多样性相对较低,对这些流域内日本沼虾种质资源的保护有待进一步加强.本研究为四川省日本沼虾种质资源的保护与合理开发利用提供了参考依据,有利于促进四川省日本沼虾产业的可持续发展.
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52份枇杷种质资源遗传多样性分析与DNA指纹图谱构建
《西南农业学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】丰富枇杷种质资源鉴定方法，为枇杷种质资源发掘和利用提供理论依据。【方法】利用277对EST-SSR标记和1对果肉颜色相关InDel标记，对52份国内外枇杷种质资源和国家西南特色园艺作物种质资源圃（成都）枇杷育种与栽培创新团队创制的杂交后代进行遗传多样性分析并构建DNA指纹图谱。【结果】筛选出扩增带型清晰、稳定性和重复性好的9对引物，每对引物扩增条带为2～5条，平均85条；多态性条带比率为40.00%～100.00%,平均71.55%;多态性信息含量（PIC）为0.250～0.999,平均0.685。遗传多样性分析显示，52份枇杷种质资源和创制的杂交后代的平均相似系数为0.791;果肉颜色一致或地理分布相近的枇杷种质资源被聚类到相近的分类单元，并且可以准确地将西班牙、日本枇杷种质资源与其他种质资源进行区分。此外，本研究还构建了52份枇杷种质资源的DNA指纹图谱和色块矩阵。【结论】丰富了枇杷种质资源鉴定的分子标记，为今后发掘分子标记紧密连锁的功能基因或片段提供了理论依据。
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川芎SSR标记开发及遗传多样性分析
《中国现代中药 》 2024
摘要：目的：基于川芎基因组调研结果开发简单重复序列（SSR）标记，对109份川芎种质资源进行遗传多样性分析，为川芎种质资源评价、保存和新品种选育等提供理论依据。方法：基于Survey测序已组装序列挖掘川芎基因组中的SSR位点并设计引物，筛选多态性高的引物，对109份川芎种质资源进行遗传多样性和遗传分化分析，并在川芎及其近缘物种中进行通用性验证。结果：36对引物在109份川芎种质资源中共检测到102个等位基因位点，观测等位基因数为2.833 3，期望杂合度为0.488 5,Shannon's指数为0.807 1,Nei基因多样性为0.486 0，多态信息含量为0.419 4，采集的109份川芎种质资源具有丰富的遗传多样性。基于遗传距离的聚类分析显示，在遗传相似系数为0.76处，109份川芎聚为两大类，但其与地理分布关系不大。通用性验证显示，36对SSR引物在川芎及其近缘物种中通用性较好。结论：开发的36对SSR标记能很好地揭示川芎的遗传多样性，供试109份川芎种质遗传分化小、基因流较大。
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四川加工型辣椒种质资源遗传多样性分析
《分子植物育种 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了评估四川加工型辣椒种质资源的遗传多样性和亲缘关系，本研究以24份辣椒种质资源为研究对象，采用iPBS分子标记技术分析其遗传多样性和亲缘关系。结果表明，10条引物共扩增出171条谱带，多态性谱带103条，多态性比率为59.39%。对24份辣椒种质资源的遗传多样性进行分析，其遗传相似系数（GS）在0.713～0.901；根据果型将供试样本分为牛角椒、线椒、羊角椒和小椒4个群体，其中羊角椒群体的遗传多样性最高，其观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因指数（H）和Shannon’s信息指数（I），分别为1.473 7、1.340 9、0.189 2和0.275 2。牛角椒群体的遗传多样性最低，其Na、Ne、H和I分别为1.263 2、1.167 9、0.098 7和0.147 0；按非加权组平均法（UPGMA）构建24份辣椒种质资源的iPBS标记聚类树状图，在遗传相似系数0.82处，可将24份材料分为4个组，与形态学的分类结果存在较大差异。综合分析结果表明，多数供试材料间的亲缘关系较近，而不同组材料间的亲缘关系相对较远，鉴于组间辣椒品种间的亲缘关系以及在产量、成熟期、品质等方面存在差异，故不同组间材料可进行杂交，以选育新品种。
关键词： 加工型辣椒 iPBS分子标记 遗传多样性 聚类分析
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