科研产出
葛根资源遗传多样性和性状关联分析
《植物遗传资源学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：通过研究葛根资源的遗传多样性和葛根表型性状与分子标记的关联分析,为葛根的分子育种和指纹图谱构建提供理论依据。鉴定分析了127份不同来源葛根资源的10个表型性状,并用ISSR标记研究127份葛根资源的遗传多样性,对ISSR标记与表型性状进行关联分析。表型性状鉴定结果显示葛根资源的10个性状变异大、多样性较好。利用ISSR标记获得多态性条带109条,平均每个引物扩增5.73条、平均Nei's基因多样性0.2085、平均Shannon's指数0.3378,最远遗传距离为0.46。ISSR分子标记聚类分析将127份资源聚为两大类,群体结构分析和PCo A分析结果类似将127份资源分为2个亚群。GLM分析发现3个与茸毛性状关联标记,MLM分析未发现与表型性状关联的标记。本研究收集的资源遗传多样性较好,葛根分子标记聚类结果与地域关系不大,综合GLM和MLM关联分析结果,本试验未发现与表型关联位点。
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杏鲍菇转录组数据SSR位点的生物信息学分析
《应用与环境生物学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为了开发杏鲍菇分子标记,利用前期高通量测序技术获得的杏鲍菇转录组数据,采用生物信息学软件Trinity拼接,然后通过MISA软件检索并分析杏鲍菇转录组简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)位点.共获得45 833条unigene,在其中的3 256条unigene中检测到3 811条符合软件参数的SSR序列,发生频率为8.31%.SSR位点平均长度为15 bp,平均分布频率是1/15.91 kb.在杏鲍菇转录组的SSRs中,单核苷酸与三核苷酸重复基元为主要重复类型,分别占总SSRs的45.24%和35.53%.SSR基元的重复次数为5-24次,其中5次或10次重复是发生频率最高的,SSR重复基元共有85个类型,其中A/T是最常见的重复基元,比例为38.97%,其次为AG/CT,比例为8.24%.对3 811个SSR位点设计出3 644对SSR引物,随机选择20对引物进行PCR扩增,其中9对在3个杏鲍菇品种中表现出多态性.本研究表明杏鲍菇转录组SSR位点多态性丰富,具有较高的应用潜力.
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川芎转录组SSR分析与EST-SSR标记的开发
《中国中药杂志 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：该研究通过组装川芎根转录组数据获得24 422个unigene,随后对得到的unigene进行了SSR检测,共检测到4 073个SSR位点。对检测到的EST-SSR进行特征分析,结果显示单核苷酸重复最多,占41.0%。SSR所在序列功能注释结果显示在Nr中有2 201条序列能够被注释,同时SSR所在序列还被注释到49个GO分类和242个KEGG代谢通路中。利用SSR检测结果进行了EST-SSR标记开发,合成其中235对引物进行验证,74对扩增效果较好。利用74对EST-SSR引物对34个川芎资源进行遗传多样性分析,结果显示收集的川芎资源多样性较好,UPGMA聚类显示川芎资源分为两大类,聚类结果表现出一定的地域性,PCo A分析与UPGMA聚类结果类似。该研究首次对川芎进行EST-SSR分析和标记开发,对推动川芎资源遗传多样性研究、品种纯度检测、基因定位和分子育种等具有重要意义。
关键词： 川芎 EST-SSR 功能注释 标记开发 遗传多样性
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利用TRAP标记分析83份烟草种质资源遗传多样性及遗传演化关系
《西南农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：本研究以国内外83份主栽烟草品种为研究材料,利用TRAP分子标记技术扫描,对其遗传多样性及品种间的遗传关系进行分析。结果表明,42对TRAP引物组合在83份烟草种质中共扩增出271条清晰、稳定条带,其中155条条带具有明显多态性,平均多态性为57.2%。每对引物可扩增产生2~12条清晰条带,其中多态性条带数为1~7条,平均每对引物可产生多态性条带3.69条。遗传相似性分析显示,83个烟草种质间的遗传相似系数处于0.412到0.904之间;聚类分析结果显示,当遗传相似度(GS)为0.68时,可将83份烟草品种分为4大类。本研究结果表明,TRAP标记技术能有效地发现供试烟草材料的DNA遗传多态性,可以利用该技术进行烟草遗传多样性及亲缘关系的分析。
关键词： 烟草 分子标记 遗传多样性 亲缘关系 TRAP标记
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利用SSR标记分析糯高粱种质资源的遗传多样性(英文)
《Agricultural Science & Technology 》 2016
摘要：为了解析糯高粱种质资源之间的亲缘关系,用25对SSR引物检测了29份糯高粱种质资源的遗传多样性。结果表明,25对引物共检测出59个等位基因,平均每对引物检出2.28个,平均有效等位基因为1.81个,引物位点的多态信息量变幅为0.17～0.62,平均为0.34。29份糯高粱种质资源的遗传相似系数范围在0.203～0.949之间,平均为0.593,UPGMA方法将29份糯高粱品种在遗传相似系数0.475处聚为两大类。不同地理来源的品种被聚在同一亚类,农艺性状近似的品种聚在同一亚类。结果表明,糯高粱品种的亲缘关系与地理来源关系不大,该研究中的糯高粱种质资源具有较为丰富的遗传多样性。
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金针菇菌株农艺性状评价与遗传差异分析
《西南农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：利用ISSR技术对29个金针菇菌株进行了遗传多样性和农艺性状分析,建立了遗传相似性聚类图和农艺性状指标。结果表明,29个金针菇菌株遗传相似性水平在0.67~0.89,在0.67水平上29个菌株被聚为一个类群,在遗传相似性水平为0.70上,将29个金针菇菌株分为4个大类群;在农艺性状上存在较大差异,产量上分为高产类、中产类和低产类,生育期上分为早熟和晚熟两类,子实体形态特征上分为黄色和白色、粗柄和细柄、基部绒毛分为有和无,建立了金针菇主要农艺性状指标。
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四川省甘孜州9个不同地理蝗虫种群遗传多样性的RAPD分析
《西南农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,研究了四川省甘孜州地区蝗虫的遗传结构。用筛选出的12条随机引物对9个种群91个个体进行扩增。结果表明,12条引物共检测到95个位点,其中多态位点共计72个。Shannon信息指数(I)和Nei's遗传多样性(H)估计的9个种群的遗传多样性水平分别是0.4161和0.2810。利用Nei's基因多样性指数进行群体内遗传多样性评价,Shannon多样性指数(I)具有相同的结果,来自四川甘孜雅县雅江(YJGL)种群值最高,为0.1674,白玉县金沙乡(BYJS)种群最低为0.0405;居群内基因多样度Hs为0.0777,表明遗传变异主要存在于居群间。基因分化系数Gst为0.7255,表明居群内的遗传变异小,群间有较大的遗传变异。用NJ法对Nei's遗传距离作聚类分析,构建分子系统树,在0.765水平上,可将9个地区的蝗虫种群完全分开,理塘县的雄坝乡汉戈村和甲洼乡俄曲村蝗虫与东亚飞蝗关系较为密切。群内的遗传距离都小于地理上的遗传距离。
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川麦冬种质资源多样性研究进展
《安徽农业科学 》 2016
摘要：从形态学变异、细胞学变异、染色体变异和化学成分变异4个方面综述了四川盆地及周边地区麦冬[Ophiopogon japonicus(L.f.)Ker-Gawl.]种质资源多样性研究概况,为麦冬优良品种的选育提供了参考。
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42份糯高粱种质资源的SSR标记遗传多样性分析
《分子植物育种 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：种质资源遗传多样性是育种的基础。为研究糯高粱品种之间的遗传关系,本研究利用36对SSR引物分析了42份糯高粱种质资源的遗传多样性。结果表明,36个引物共检测到88个等位基因,平均每对引物检测到2.44个;36个引物的平均多态信息量为0.363,变幅0.132~0.685,引物的Shannon指数分布范围为0.271 2~1.354 0,平均为0.692 3。42份糯高粱种质资源的平均遗传相似系数为0.579,变幅0.273~0.977;UPGMA聚类分析将42份糯高粱品种划分为四大类,分类结果基本反映了品种间的亲缘关系,同时说明供试的糯高粱种质资源具有较为丰富的遗传多样性。
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