科研产出
水稻品种选育中常用的分子标记概述
《东北农业科学 》 2017
摘要：分子标记辅助育种技术具有周期短、不受环境影响的优势,因而在作物育种上得以广泛应用。本文就分子标记的种类及其特点做一简单的对比并概述了其在育种上的具体应用。
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基于PCR-DGGE分析不同品牌郫县豆瓣酱真菌多样性
《食品科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：以不同品牌的郫县豆瓣酱为研究对象,通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳免培养技术分析样品中微生物真菌菌群结构,并对典型条带进行测序,构建系统发育进化树。结果表明:郫县豆瓣酱真菌菌群种类较丰富,不同品牌的郫县豆瓣酱真菌菌群既包含共有菌群又存在一定差异。假丝酵母(Candida sp.)、曲霉(Aspergillus)、鲁氏酵母(Zygosaccharomyces rouxii)、奥默柯达酵母菌(Kodamaea ohmeri)是优势种群,尤其是黄曲霉(Aspergillus flavus)共有10个条带,占整个测序条带32.25%,表明郫县豆瓣酱的生产应特别注意防控黄曲霉。
关键词： 郫县豆瓣 真菌 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳 多样性
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葛根资源遗传多样性和性状关联分析
《植物遗传资源学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：通过研究葛根资源的遗传多样性和葛根表型性状与分子标记的关联分析,为葛根的分子育种和指纹图谱构建提供理论依据。鉴定分析了127份不同来源葛根资源的10个表型性状,并用ISSR标记研究127份葛根资源的遗传多样性,对ISSR标记与表型性状进行关联分析。表型性状鉴定结果显示葛根资源的10个性状变异大、多样性较好。利用ISSR标记获得多态性条带109条,平均每个引物扩增5.73条、平均Nei's基因多样性0.2085、平均Shannon's指数0.3378,最远遗传距离为0.46。ISSR分子标记聚类分析将127份资源聚为两大类,群体结构分析和PCo A分析结果类似将127份资源分为2个亚群。GLM分析发现3个与茸毛性状关联标记,MLM分析未发现与表型性状关联的标记。本研究收集的资源遗传多样性较好,葛根分子标记聚类结果与地域关系不大,综合GLM和MLM关联分析结果,本试验未发现与表型关联位点。
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番茄SSR遗传多样性及其品质性状的关联分析
《西南农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】本文旨在分析番茄资源材料的亲缘关系及它们的遗传多样性,挖掘与番茄品质性状相关的分子标记。【方法】选用37对SSR多态性引物对30份番茄资源材料进行聚类分析,在此基础上采用Tassel3.0GLM方法进行标记位点与品质性状的关联分析。【结果】SSR结果显示,37对SSR引物共检测到102个等位变异位点,各种质遗传相似系数为0.61~0.97。关联分析结果表明与品种性状显著相关的位点有9个。供试材料之间有一定的遗传差异,但遗传背景较狭窄。【结论】利用SSR标记分析了30份番茄资源材料的遗传多样性,30份番茄资源材料在遗传相似系数0.71处被划分为4大类,并通过关联分析模型,找到了9个与总酸、成熟前果色、成熟果色、果面棱沟、番茄红素相关联的标记。
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川芎转录组SSR分析与EST-SSR标记的开发
《中国中药杂志 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：该研究通过组装川芎根转录组数据获得24 422个unigene,随后对得到的unigene进行了SSR检测,共检测到4 073个SSR位点。对检测到的EST-SSR进行特征分析,结果显示单核苷酸重复最多,占41.0%。SSR所在序列功能注释结果显示在Nr中有2 201条序列能够被注释,同时SSR所在序列还被注释到49个GO分类和242个KEGG代谢通路中。利用SSR检测结果进行了EST-SSR标记开发,合成其中235对引物进行验证,74对扩增效果较好。利用74对EST-SSR引物对34个川芎资源进行遗传多样性分析,结果显示收集的川芎资源多样性较好,UPGMA聚类显示川芎资源分为两大类,聚类结果表现出一定的地域性,PCo A分析与UPGMA聚类结果类似。该研究首次对川芎进行EST-SSR分析和标记开发,对推动川芎资源遗传多样性研究、品种纯度检测、基因定位和分子育种等具有重要意义。
关键词： 川芎 EST-SSR 功能注释 标记开发 遗传多样性
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杏鲍菇转录组数据SSR位点的生物信息学分析
《应用与环境生物学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为了开发杏鲍菇分子标记,利用前期高通量测序技术获得的杏鲍菇转录组数据,采用生物信息学软件Trinity拼接,然后通过MISA软件检索并分析杏鲍菇转录组简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)位点.共获得45 833条unigene,在其中的3 256条unigene中检测到3 811条符合软件参数的SSR序列,发生频率为8.31%.SSR位点平均长度为15 bp,平均分布频率是1/15.91 kb.在杏鲍菇转录组的SSRs中,单核苷酸与三核苷酸重复基元为主要重复类型,分别占总SSRs的45.24%和35.53%.SSR基元的重复次数为5-24次,其中5次或10次重复是发生频率最高的,SSR重复基元共有85个类型,其中A/T是最常见的重复基元,比例为38.97%,其次为AG/CT,比例为8.24%.对3 811个SSR位点设计出3 644对SSR引物,随机选择20对引物进行PCR扩增,其中9对在3个杏鲍菇品种中表现出多态性.本研究表明杏鲍菇转录组SSR位点多态性丰富,具有较高的应用潜力.
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基于SSR标记的四川大豆与引进大豆资源遗传多样性和群体结构分析
《大豆科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：利用均匀分布于20条染色体的53对SSR标记(每条染色体上2~5对),对190份大豆资源进行遗传差异检测,随后根据标记试验结果进行遗传多样性分析、聚类分析、PCA分析和群体结构分析.53对SSR标记共检测到159个等位变异,每个位点等位基因范围为2~6个,平均每个位点的等位基因为3个,有效等位基因数Nei为1.474 4±0.237 5,多态性信息含量PIC为0.305 0±0.1056;Shannon-Weaver指数值为0.476 2±0.124 9.这些参数显示了190份大豆资源异质程度不是很高,遗传多样性丰富程度一般,总体遗传多样性处于中等水平.UPGMA聚类分析结果显示190份大豆资源(群体1:P1)被分为3个大类,且四川审定大豆品种与野生大豆资源、国外引进资源亲缘关系较远,随后将四川审定大豆品种31份、国外资源13份和野生大豆资源8份共52份材料(群体2:P2)单独进行聚类分析,52份材料也被分成3个大类.群体1和群体2分别在K=3,K=2时得到合理群体结构.群体1的3个亚群分别是:亚群Ⅰ由地域来源丰富的78份材料组成,不包含野生大豆资源;亚群Ⅱ59份材料中含7份野生大豆资源;亚群Ⅲ 53份材料只包括1份野生大豆资源zy05292.群体2分成两个亚群:亚群Ⅰ26份材料中含24份四川审定大豆品种和2份国外资源;亚群Ⅱ包含了6份审定大豆品种.供试的190份大豆资源蕴含了比较丰富的遗传变异,显示了较高水平的基因多样性.群体结构不能严格地按照地域、来源国家的划分而区分,这一现象显示了大豆资源存在着广泛的基因交流.从分析结果来看,四川大豆资源的种质创新可以充分地利用国外引进资源与直立型野生大豆资源,进而丰富四川大豆的基因多样性.
关键词： 四川大豆 野生大豆 SSR标记 遗传多样性 群体结构
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四川蚕区23个主栽桑树品种基于ISSR分子标记的亲缘关系分析
《蚕业科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：采用ISSR分子标记从分子水平分析四川蚕区23个主栽桑树品种的遗传多样性。从100条ISSR引物中筛选出12条特异性引物,对23个桑树品种的基因组DNA模板进行扩增,共得到116条清晰条带,其中多态性条带有93条,占总条带数的比率为80.24%;平均每个ISSR引物扩增所得条带数为9.7条,其中多态性条带数为7.8条。分析23个桑树品种的遗传相似系数为0.60~0.89,23个品种明显分为2大类,聚类结果与品种的地理分布和所属桑种没有明显的相关性。其中,粤椹大10和农桑14号之间的遗传相似系数最小(为0.51),亲缘关系最远;而桐乡青和新一之之间的遗传相似系数最大(为0.89),相对于其他品种二者的亲缘关系最近。研究结果对于科学、合理利用四川蚕区桑树品种资源有一定参考价值。
关键词： 桑树栽培品种 ISSR分子标记 遗传多样性 聚类分析 四川蚕区
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利用产量位点标记分析中国水稻骨干恢复系与南亚及东南亚恢复系的遗传多样性
《植物遗传资源学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：利用47个根据已报道的QTL位点或者已被精细定位或克隆的与水稻产量性状基因紧密连锁的产量位点标记,对来自中国、印度和越南等国的58份水稻恢复系进行遗传多样性分析。结果表明:(1)在中国恢复系中,47个产量位点标记中有36个具有多态性,共检测到90个等位基因,每个标记检测到等位基因2~4个,平均为2.500个;有效等位基因共62.905个,平均每个标记1.747个;36个有效标记的Shannon信息指数平均值为0.632,变幅为0.271~1.266。(2)在来自国外的材料中,47个产量位点标记均具有多态性,共检测到131个等位基因,每个标记检测到的等位基因数为2~6个,平均2.787个;有效等位基因数共82.686个,平均1.759个;47个标记的Shannon信息指数平均值为0.649,变幅为0.109~1.110。(3)聚类分析显示,在遗传相似系数为0.73水平上,参试资源聚为三大类群,中国资源多聚在第Ⅰ类群下的第1、2、3亚群,越南资源多聚在第Ⅰ-4亚群,孟加拉资源多聚在第Ⅲ-3亚群。由此表明,中国资源遗传基础较为狭窄,而其他国家的恢复系具有较远的亲缘关系。
关键词： 水稻 产量位点标记 恢复系 南亚及东南亚资源 遗传多样性
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红地球葡萄健康叶片内生细菌多样性分析
《植物病理学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：本研究利用平板分离方法和变性凝胶梯度电泳(DGGE)技术,分析了北京、成都、合肥、武汉等4个地区的红地球葡萄在开花期、成熟期和衰老期健康叶片中内生细菌的群落结构。平板分离培养结果表明不同地区葡萄叶片中的内生细菌数量在8.0×10~3~2.8×10~4CFU·g~(-1)之间,其中武汉地区最高;不同生长时期葡萄叶片中的内生细菌数量在0.8×10~3~1.5×10~4CFU·g~(-1)之间,其中成熟期数量最大。扩增16S rRNA基因序列鉴定,分离获得的内生细菌属于芽胞杆菌属、泛菌属、短小杆菌属、假单胞菌属和葡萄球菌属,芽胞杆菌属为常见菌群。DGGE分析结果显示,同一地区和同一生长时期的样品间相似性较高;不同地区以成都地区的内生细菌种类最丰富;不同生长时期以成熟期种类最多。对特征条带回收测序,结果显示不可培养细菌和未确认的海洋浮游细菌在葡萄叶片中大量存在。
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