科研产出
家蚕非滞育红卵突变体Re-nd突变基因的定位克隆
《昆虫学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：【目的】家蚕Bombyx mori非滞育红卵突变体Re-nd是唯一在非滞育状态下卵色呈现鲜红色的突变品种。本研究通过基因连锁分析和定位克隆的方法确定Re-nd的突变基因所在的染色体及紧密连锁位置，为后续Re-nd的功能研究及应用奠定基础。【方法】以家蚕卵色突变体Re-nd和野生型大造进行杂交，配制基因连锁分析群体材料和定位克隆群体材料；针对家蚕全染色体进行SNP标记开发，利用BC1代群体材料进行基因连锁分析，确定Re-nd的突变基因所在的染色体；针对定位的Re-nd的突变基因所在染色体进行SNP标记开发，利用BC1群体材料对Re-nd的突变基因进行定位克隆。【结果】基因连锁分析结果显示Re-nd的突变表型与第6号染色体上的SNP标记完全连锁；初步定位克隆结果显示Re-nd的突变基因位于SNP标记SNP7和SNP17之间，物理距离4.04 Mb;以SNP7和SNP17之间筛选出的6个SNP标记和25个重组个体进行精细定位克隆，结果显示Re-nd的突变基因所在的区域位于SNP10和SNP12两个SNP标记之间的nscaf2853上，物理距离949.3 kb左右。【结论】将Re-nd的突变基因定位于第6号染色体的2个SNP标记SNP10和SNP12之间，物理距离约949.3 kb。本研究为后续Re-nd突变基因的精细定位及功能应用研究奠定了基础。
关键词： 家蚕 非滞育红卵 标记开发 基因连锁分析 定位克隆
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川芎转录组SSR分析与EST-SSR标记的开发
《中国中药杂志 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：该研究通过组装川芎根转录组数据获得24 422个unigene,随后对得到的unigene进行了SSR检测,共检测到4 073个SSR位点。对检测到的EST-SSR进行特征分析,结果显示单核苷酸重复最多,占41.0%。SSR所在序列功能注释结果显示在Nr中有2 201条序列能够被注释,同时SSR所在序列还被注释到49个GO分类和242个KEGG代谢通路中。利用SSR检测结果进行了EST-SSR标记开发,合成其中235对引物进行验证,74对扩增效果较好。利用74对EST-SSR引物对34个川芎资源进行遗传多样性分析,结果显示收集的川芎资源多样性较好,UPGMA聚类显示川芎资源分为两大类,聚类结果表现出一定的地域性,PCo A分析与UPGMA聚类结果类似。该研究首次对川芎进行EST-SSR分析和标记开发,对推动川芎资源遗传多样性研究、品种纯度检测、基因定位和分子育种等具有重要意义。
关键词： 川芎 EST-SSR 功能注释 标记开发 遗传多样性
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