您好，欢迎访问四川省农业科学院 机构知识库！

杏鲍菇转录组数据SSR位点的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 陈诚 1 ; 熊川 1 ; 陈祖琴 1 ; 金鑫 1 ; 黄文丽 2 ;

作者机构： 1.;四川省农业科学院生物技术核技术研究所;四川大学生命科学学院;四川省农业科学院植物保护研究所

2.;四川省农业科学院生物技术核技术研究所;四川大学生命科学学院;四川省农业科学院植物保护研究所;

关键词： 杏鲍菇;转录组;SSR;分子标记;遗传多样性

期刊名称： 应用与环境生物学报

ISSN： 1006-687X

年卷期： 2017 年 03 期

页码： 454-458

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了开发杏鲍菇分子标记,利用前期高通量测序技术获得的杏鲍菇转录组数据,采用生物信息学软件Trinity拼接,然后通过MISA软件检索并分析杏鲍菇转录组简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)位点.共获得45 833条unigene,在其中的3 256条unigene中检测到3 811条符合软件参数的SSR序列,发生频率为8.31%.SSR位点平均长度为15 bp,平均分布频率是1/15.91 kb.在杏鲍菇转录组的SSRs中,单核苷酸与三核苷酸重复基元为主要重复类型,分别占总SSRs的45.24%和35.53%.SSR基元的重复次数为5-24次,其中5次或10次重复是发生频率最高的,SSR重复基元共有85个类型,其中A/T是最常见的重复基元,比例为38.97%,其次为AG/CT,比例为8.24%.对3 811个SSR位点设计出3 644对SSR引物,随机选择20对引物进行PCR扩增,其中9对在3个杏鲍菇品种中表现出多态性.本研究表明杏鲍菇转录组SSR位点多态性丰富,具有较高的应用潜力.

  • 相关文献

[1]玉米抗纹枯病分子标记辅助选择初步研究. 杨俊品,荣廷昭,谭君,邱正高. 2005

[2]美国大灵芝(Ganoderma oregonense)转录组SSR位点的生物信息学分析. 陈诚,刘晓飞,李强,王剑,伏荣桃,张鸿,卢代华. 2018

[3]川明参转录组分析及SSR分子标记开发. 沙秀芬,袁灿,陈媛媛,彭芳,陶珊,李群,张超. 2019

[4]苏丹草转录组SSR分子标记开发及遗传多样性评价. 朱永群,彭丹丹,林超文,聂刚,许文志,黄琳凯,罗付香,彭建华,张新全. 2018

[5]甘蓝型油菜SSR标记遗传多样性及其与农艺性状关联分析. 李浩杰,张雪花,蒲晓斌,蒋俊,柴靓,崔成,蒋梁材. 2013

[6]42份糯高粱种质资源的SSR标记遗传多样性分析. 赵甘霖,汪小楷,刘天朋,陈国民. 2015

[7]水稻对稻曲病不同抗性品种遗传多样性SSR分析. 王剑,伏荣桃,王平,姚琳,陈晓娟,张鸿,黄超,陈雪娟. 2015

[8]SSR在鸭茅种质资源遗传多样性研究中的应用初探. 张新全,杨武云,兰英. 2006

[9]四川省马铃薯主栽品种的遗传多样性分析. 何卫,胡建军,王克秀,陈萍萍,牟文平,杨麟. 2010

[10]番茄SSR遗传多样性及其品质性状的关联分析. 王苓,江卫,叶仕伦. 2017

[11]利用SSR分子标记技术揭示“硬粒小麦-节节麦”人工合成六倍体小麦的遗传差异. 魏会廷,胡晓蓉,彭正松,杨武云. 2007

[12]茄子种质资源SSR鉴定及遗传多样性分析. 李跃建,刘独臣,刘小俊,杨志荣. 2011

[13]利用ISSR和SSR标记分析不同抽薹性萝卜的遗传多样性. 杨峰,李跃建,李晓梅,雍小平,冉科,陈琳,覃海燕,冉茂林. 2019

[14]水稻遗传多样性及其农艺性状 与SSR标记的关联分析. 王复标,石军,郑卓,司二杰,黄廷友,孙惠敏. 2019

[15]川西高原早熟玉米种质资源的SSR遗传多样性分析. 杨荣志,谭君,杨华勇,吴钢,余康进,杨俊品. 2020

[16]大蒜农艺性状与SSR遗传多样性关联分析. 李菊,杨亮,苗明军,李志,王海平,王培,李跃建,常伟. 2022

[17]金针菇菌株遗传多样性的ISSR分析. 鲜灵. 2013

[18]利用TRAP标记分析83份烟草种质资源遗传多样性及遗传演化关系. 向秋燕,阎文昭,蒲志刚,邢小军,刘东阳,冯俊彦. 2016

[19]分子标记在核盘菌遗传多样性研究中的应用及展望. 刘勇,黄小琴,张蕾,刘红雨,陈蓉,张敏. 2012

[20]金针菇菌株农艺性状评价与遗传差异分析. 王波,赵瑞琳. 2016

作者其他论文 更多>>
置顶
购物车
反馈

© 京ICP备09089781号-29 主办单位：四川省农业科学院

学术资源： 中国农业科学院 农业专业知识服务系统 农科联盟资源共建共享平台 中国农业科技文献与信息服务平台 中国农业期刊集成服务平台