科研产出
猕猴桃果肉颜色性状基因及其EST-SSR标记发掘
《分子植物育种 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：果肉颜色是猕猴桃重要的品质性状，不同果肉颜色的猕猴桃在色素成分、糖和维生素C含量等方面存在很大差异。为了探究猕猴桃果肉颜色形成的分子机制，本研究以红肉猕猴桃‘红实2号’和黄肉猕猴桃‘金实1号’为研究对象，采用RNA-seq技术，通过分析果实不同时期不同部位的转录组表达差异。结果表明，编码花青素合成的Achn385311 (3GGT)基因可能是控制‘红实2号’内果皮呈红色的主效基因，‘金实1号’后期果肉呈深黄色可能与Achn158981 (GT7)、Achn150731、Achn068721 (PAO)、Achn282201 (PAO)和Achn176251 (UGT71A16)等基因的表达调控有关。针对差异表达的230个猕猴桃果肉颜色相关基因，利用Primer Premier 5.0设计出727对EST-SSR引物，以7份不同果肉颜色的猕猴桃基因组DNA为模板，随机选择112对引物进行有效性验证，筛选出了具有清晰的扩增产物的引物78对，有效扩增率为69.64%,58对具有多态性，多态性频率为74.36%。本研究结果为猕猴桃果实呈色机理研究及分子标记辅助育种提供了理论基础。
关键词： 猕猴桃 转录组 花青素 类胡萝卜素 EST-SSR
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川芎转录组SSR分析与EST-SSR标记的开发
《中国中药杂志 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：该研究通过组装川芎根转录组数据获得24 422个unigene,随后对得到的unigene进行了SSR检测,共检测到4 073个SSR位点。对检测到的EST-SSR进行特征分析,结果显示单核苷酸重复最多,占41.0%。SSR所在序列功能注释结果显示在Nr中有2 201条序列能够被注释,同时SSR所在序列还被注释到49个GO分类和242个KEGG代谢通路中。利用SSR检测结果进行了EST-SSR标记开发,合成其中235对引物进行验证,74对扩增效果较好。利用74对EST-SSR引物对34个川芎资源进行遗传多样性分析,结果显示收集的川芎资源多样性较好,UPGMA聚类显示川芎资源分为两大类,聚类结果表现出一定的地域性,PCo A分析与UPGMA聚类结果类似。该研究首次对川芎进行EST-SSR分析和标记开发,对推动川芎资源遗传多样性研究、品种纯度检测、基因定位和分子育种等具有重要意义。
关键词： 川芎 EST-SSR 功能注释 标记开发 遗传多样性
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