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川芎转录组SSR分析与EST-SSR标记的开发

文献类型： 中文期刊

作者： 彭芳 1 ; 杨泽茂 1 ; 钟文娟 1 ; 牟方生 1 ; 龚一耘 1 ; 戢沛城 1 ; 蒲德强 1 ; 黄海燕 1 ; 杨晓 1 ; 张超 2 ;

作者机构： 1.;四川省农业科学院经济作物育种栽培研究所;中国农业科学院麻类研究所

2.;四川省农业科学院经济作物育种栽培研究所;中国农业科学院麻类研究所;

关键词： 川芎;EST-SSR;功能注释;标记开发;遗传多样性

期刊名称： 中国中药杂志

ISSN： 1001-5302

年卷期： 2017 年 17 期

页码： 3332-3340

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 该研究通过组装川芎根转录组数据获得24 422个unigene,随后对得到的unigene进行了SSR检测,共检测到4 073个SSR位点。对检测到的EST-SSR进行特征分析,结果显示单核苷酸重复最多,占41.0%。SSR所在序列功能注释结果显示在Nr中有2 201条序列能够被注释,同时SSR所在序列还被注释到49个GO分类和242个KEGG代谢通路中。利用SSR检测结果进行了EST-SSR标记开发,合成其中235对引物进行验证,74对扩增效果较好。利用74对EST-SSR引物对34个川芎资源进行遗传多样性分析,结果显示收集的川芎资源多样性较好,UPGMA聚类显示川芎资源分为两大类,聚类结果表现出一定的地域性,PCo A分析与UPGMA聚类结果类似。该研究首次对川芎进行EST-SSR分析和标记开发,对推动川芎资源遗传多样性研究、品种纯度检测、基因定位和分子育种等具有重要意义。

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