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苏丹草转录组SSR分子标记开发及遗传多样性评价

文献类型： 中文期刊

作者： 朱永群 1 ; 彭丹丹 1 ; 林超文 1 ; 聂刚 1 ; 许文志 1 ; 黄琳凯 1 ; 罗付香 1 ; 彭建华 1 ; 张新全 1 ;

作者机构： 1.四川省农业科学院土壤肥料研究所;四川农业大学动物科技学院;四川省农业科学院

关键词： 苏丹草;转录组;EST-SSR标记;遗传多样性

期刊名称： 草业学报

ISSN： 1004-5759

年卷期： 2018 年 05 期

页码： 178-189

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 苏丹草是一种高产优质的禾本科牧草,优质分子标记的缺乏成为苏丹草育种工作顺利开展的限制性因素。本研究基于高通量测序结果开发苏丹草EST-SSR标记,并对34份苏丹草和2份高丹草种质资源进行了遗传多样性分析,验证所开发的EST-SSR引物的可应用性。从苏丹草转录组的80686条序列中鉴定出17548个SSR位点分布在13574条序列中,分布频率为16.82%。一、二和三核苷酸重复分别占38.59%、19.18%和39.09%,SSR重复基元的重复次数分布在5~23次;开发的300对引物扩增成功率达73.67%,其中54对多态性引物在36份供试材料中共扩增出275条带,其中多态性条带有205条,多态位点百分率(PPB)为73.05%,多态信息含量(PIC)平均值为0.41,遗传距离的变化范围为0.3922~0.9020;聚类分析结果将36份供试材料分为3大类群,相同品种的材料大致聚为一类,材料间的聚类与地理来源呈一定的相关性。以上结果证明了利用苏丹草转录组数据开发SSR标记的可行性并揭示了供试材料间具有丰富的遗传多样性,为苏丹草及近源物种种质资源的多样性水平和变异分析以及分子标记辅助育种等研究提供依据。

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