科研产出
重庆养殖中华鳖群体遗传多样性的RAPD分析
《安徽农业科学 》 2023
摘要：[目的]利用RAPD标记技术对重庆4个养殖地区中华鳖的遗传多样性进行分析。[方法]选取（潼南、永川、江津、长寿）4个地区养殖中华鳖样本，运用RAPD方法对4个地区的中华鳖遗传多样性与其遗传距离进行了分析。[结果]用20个随机扩增引物得到142个扩增片段，多态片段数量为95个，4个地区的多态位点比例范围为50.78%～64.54%,总多态位点比例为66.90%,总基因多样性为0.227,种群内基因多样性为0.135,遗传分化系数为0.307,基因流为1.127。4个养殖中华鳖群体的遗传距离为0.049～0.151。[结论]重庆4个地区养殖中华鳖遗传多样性较高，且大部分遗传变异存在于种群内，个体间亲缘关系较近，遗传变异度较小。
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姜黄种质资源地下部性状遗传多样性分析与综合评价
《种子 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为筛选姜黄优良育种材料，本研究对72份姜黄种质资源地下部的农艺性状、指标性成分、颜色值等指标进行遗传多样性分析、主成分分析以及聚类分析。结果表明，各指标性状变异范围在0.11～1.19之间，姜黄资源类型较丰富；姜黄资源遗传多样性指数为5.32～6.16。相关性分析结果表明，姜黄地下部的农艺性状、指标性成分、颜色值间存在显著相关性。主成分分析将21个指标转换为6个综合因子，累积贡献率为81.351%。聚类分析将姜黄种质资源分为3个类群，各类群在产量、姜黄素类成分含量、挥发油含量、母姜性状间有明显的区别，从产量、质量2个方面考虑，筛选出15份优异姜黄种质资源。
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黄颡鱼养殖群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析
《淡水渔业 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为研究14个不同养殖群体的黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）遗传多样性及遗传结构，采用8对多态性微卫星引物对14个群体的209尾个体进行遗传多样性和遗传结构分析。结果显示：14个群体的平均等位基因数在8～10之间，平均有效等位基因在5.160～6.882之间，平均观测杂合度在0.633～0.717之间，平均期望杂合度在0.358～0.749之间，平均多态信息含量在0.594～0.681之间，均大于0.5。分子方差分析结果表明：3.69%的遗传变异来自群体间，3.93%来自群体内个体间，92.38%来自所有个体间，变异来源主要来自个体间，其中RB群体和WH群体的遗传分化最大(Fst=0.116),ZL群体和XB群体的遗传分化最小(Fst=-0.009)。基于遗传距离构建了UPGMA系统树，发现14个群体共分为5个聚类支，HJ、YZ、YH、YB 4个群体聚为一支，HQ和LG单独各自聚为一支，LZ和RB 2个群体聚为一支，DB、ZJ、WH、XH、XB和ZL 6个群体聚为一支。基于贝叶斯的Structure聚类分析同样支持14个黄颡鱼群体可分为5个聚类支，与聚类树的结果吻合。14个黄颡鱼群体的遗传多样性均处于高度多态水平，遗传分化处于低等分化水平。
关键词： 黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco） 养殖群体 微卫星标记 遗传多样性
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大渡河理县高原鳅体长体重关系、遗传多样性和分化水平
《西南农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]为研究理县高原鳅不同地理种群的遗传多样性和群体结构,进一步利用理县高原鳅的遗传种质资源并对其野生群体进行保护,获取长江流域理县高原鳅种群结构信息.[方法]对大渡河理县高原鳅体重和体长组成、体长-体重关系进行研究,并利用线粒体DNA控制区D-loop序列,对理县高原鳅4个地理种群共117个个体进行遗传结构变异分析.[结果]理县高原鳅体重和体长的回归方程为y=0.0123x29734,b值为2.9734,接近3,表明目前理县高原鳅生长状态良好.利用线粒体分子标记,在4个种群个体中共扩增获得878 bp的D-loop同源序列,包含28个单倍型和32个多态性位点,4个种群之间无共享单倍型.4个理县高原鳅群体的单倍型多样度在0.637~0.921,核苷酸多样性在0.000 91~0.005 70.通过分析遗传距离发现,金川县和丹巴县、泸定县和石棉县之间的理县高原鳅群体未发生遗传分化,而泸定县与金川县或丹巴县、石棉县与金川县或丹巴县之间的理县高原鳅群体均存在显著的遗传分化.通过构建NJ进化树发现,117个理县高原鳅个体在进化树上形成2个独立分支,与各地理种群的遗传分化结果一致.[结论]建议将大渡河金川县和丹巴县理县高原鳅种群作为一个整体进行管理和保护,石棉县和泸定县也作为一个整体进行管理和保护,而金川县和丹巴县、石棉县和泸定县的种群建议分开管理和保护.
关键词： 理县高原鳅 体长体重关系 遗传多样性 D-loop
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基于三代全长转录组测序的极边扁咽齿鱼SSR分子标记开发
《南方农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]基于三代全长转录组测序数据,开发极边扁咽齿鱼SSR分子标记,积累和丰富该物种遗传信息,为后期指导和优化人工繁殖技术提供理论参考.[方法]基于极边扁咽齿鱼三代全长转录组测序结果(PRJNA792686),分析SSR分布情况,筛选出具有多态性的SSR引物,并对2个流域37尾边扁咽齿鱼的遗传多样性进行分析.[结果]极边扁咽齿鱼单核苷酸重复SSR个数最多,占37.87%,二核苷酸~六核苷酸重复序列依次占31.77%、10.32%、1.29%、0.25%和0.10%;二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和六核苷酸重复序列均以重复次数5~8次居多,分别占各自SSR总数的55.26%、94.90%、70.92%和89.52%;之后随重复次数增加而逐渐减少,当重复次数为21~24次时最低,分别占各自SSR总数的2.63%、0.04%、2.68%和0.单核苷酸重复序列以重复次数9~12次居多,占其SSR总数的71.43%;五核苷酸重复序列的重复次数主要集中在5~8次,占其SSR总数的83.33%;三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸重复序列中,排名前5的序列分别是TA(17.07%)、AT(16.95%)、TG(15.29%)、AC(12.51%)和CA(9.71%);TTA(7.53%)、GAT(6.07%)、TAT(5.93%)、CAG(5.50%)和GAG(5.50%);TATC(4.83%)、TTTA(4.32%)、TTCT(3.81%)、TATT(3.56%)和TGTT(3.18%).共设计38对SSR引物,最终筛选得到9对SSR多态性引物.2个流域的极边扁咽齿鱼等位基因数(Na)为3~29,其中,A流域极边扁咽齿鱼的期望杂合度(He)为0.484~0.931,香农指数(H′)为0.677~2.793;B流域极边扁咽齿鱼的He为0.315~0.948,H′为0.578~3.075.[结论]2个流域的极边扁咽齿鱼具有较高的遗传多样性.开发的9个多态性SSR分子标记可用于极边扁咽齿鱼育种和种质保护.
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41份绿豆种质资源遗传多样性分析及抗病性鉴定
《科技导报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：以2个年度3个试点田间试验数据为基础,对全国10个省区收集到的具有代表性的41份绿豆种质资源的主要农艺性状进行了评价,并分析了这些资源的表型遗传多样性和病毒病、白粉病抗性水平.结果表明:41份绿豆种质资源遗传多样性丰富,遗传多样性指数为0.321~2.039,数量性状的遗传多样性明显高于质量性状.数量性状中,百粒重的多样性指数最高,荚长的多样性指数最低;质量性状中,花色的多样性指数最高,成熟荚色的多样性指数最低.聚类分析将41份种质资源聚为5大类群,第Ⅰ类群主要为矮秆、直立以及早熟资源,可作为育种优异亲本材料;第Ⅱ类群主要是大籽粒材料,可作为改良绿豆籽粒大小的材料加以利用;第Ⅲ类群主要是黑籽粒材料,可作为特色育种材料加以利用;第Ⅳ类群和第V类群主要为抗病材料,可作为挖掘病毒病和白粉病抗病基因的亲本材料.经病毒病抗性鉴定,从41份种质资源中筛选出中抗资源9份,抗病资源4份;经白粉病抗性鉴定,从41份种质资源中筛选出中抗资源11份,抗病资源4份,高抗资源1份.通过对质量性状和数量性状进行主成分分析,5个主成分因子对表型变异的累计贡献率达到了71.95%.
关键词： 绿豆 种质资源 遗传多样性 病毒病抗性 白粉病抗性
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基于SNP芯片的丫杈猪保种群体遗传结构研究
《畜牧兽医学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：旨在研究丫杈猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究采用“中芯一号”芯片检测了166头丫杈种猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);利用Plink软件计算观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量、最小等位基因频率，分析丫杈猪群体的遗传多样性；采用Plink软件构建状态同源(identity by state, IBS)距离矩阵和分析连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH),采用GCTA软件构建G矩阵，分析丫杈猪群体的亲缘关系；采用Mega X软件构建群体进化树，分析丫杈猪群体的家系结构。结果显示，166头丫杈猪共检测到45 211个SNPs位点，通过质量控制的SNP位点有36 243个；有效等位基因数为1.529,多态性信息含量为0.254,多态性标记比例为0.875,最小等位基因频率为0.233;期望杂合度为0.329,观察杂合度为0.344;状态同源平均遗传距离为0.259 5,状态同源距离矩阵和G矩阵结果均表明大部分丫杈猪呈中等程度的亲缘关系；ROH片段共有3 226个，其中40.96%的长度在0～100 Mb之间，基于ROH的平均近交系数为0.069;群体进化树结果表明，丫杈猪公猪被分为8个血缘，数量与传统系谱记录的相同，但血缘间有个体差异。综上所述，丫杈猪保种群的有效群体含量偏低，遗传多样性中等偏低，近交程度不严重，可引入或创建新血缘，扩大有效群体含量，提高群体遗传多样性。
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乌头产吲哚乙酸内生细菌遗传多样性、抗逆性及其对水稻幼苗生长的影响
《微生物学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]探究乌头产吲咮乙酸(IAA)内生细菌的遗传多样性、溶磷解钾能力、抗逆能力及其对水稻幼苗生长的影响,为道地产区乌头产业可持续发展提供科技支撑.[方法]从健康乌头植株分离可培养内生细菌,采用Salkowski比色法测定内生细菌产IAA能力,16S rDNA限制性片段长度多样性(16S rDNA-RFLP)及16S rDNA全长序列研究其遗传多样性及系统发育地位,平板培养法测定产IAA内生细菌溶磷解钾及其对pH、温度、盐、抗生素等的耐受能力,平板法测定菌悬液浸泡后水稻种子萌发率和室内水培法探究产IAA内生细菌对水稻幼苗生长的影响.[结果]从健康乌头植株分离获得24株高产IAA的内生细菌,其分泌IAA的值为21.39-84.43 mg/L.16S rDNA-RFLP分析表明,24株产IAA的内生细菌可分为12个类群,代表菌株16S rRNA基因系统发育结果显示这些菌分属于肠杆菌属(Enterobacter)、克雷伯氏杆菌属(Klebsiella)、泛菌属(Pantoea)、假单胞菌属(Pseudomonas)、微杆菌属(Micrabacterium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)和金黄杆菌属(Chryseobacterium),表现出较丰富的遗传多样性.另外,24株菌中有12株菌具有较强的溶钾能力,大部分供试菌株可耐受较广范围的pH、温度和盐浓度,但对抗生素耐受性不强;10株内生细菌可显著提高水稻种子的萌发率,16株内生细菌可显著促进水稻幼苗的生长,综合筛选出3株内生细菌(JY1-1S、JY3-6S和JY10-1L)既能提高水稻种子发芽率,又能促进水稻幼苗生长.[结论]乌头植株含有较丰富的高产IAA的内生细菌资源,且其遗传多样性丰富;本研究筛选出3株对水稻种子萌发和幼苗生长具显著促进作用的内生细菌,可为后续生物肥料的开发提供优质菌种.
关键词： 乌头 内生细菌 IAA 遗传多样性 促生 溶磷解钾 抗逆性 水稻
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基于表型性状的藜麦种质遗传多样性分析
《西北农林科技大学学报(自然科学版) 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]深入了解藜麦种质资源表型性状的遗传多样性,为藜麦种质资源分类保存和品种改良提供理论依据。[方法]对46份藜麦种质资源的28个表型性状进行观测,计算多样性指数和变异系数,并运用主成分分析和聚类分析方法,研究藜麦种质资源表型性状遗传多样性。[结果]参试材料中多样性指数最高的性状是主花序成熟期颜色和茎粗（多样性指数均为2.084）,变异系数最大的是主花序长度（变异系数为41.17%）。主成分分析将28个表型性状简化为9个主成分,其累积贡献率为77.998%,其中贡献率较大的有株型、株高、茎粗、叶柄长、叶长、叶宽、叶基形状、主花序类型、花序紧密度、籽粒颜色、籽粒直径、籽粒表皮皂苷度、单株粒重、籽粒蛋白质含量14个性状,是造成藜麦表型差异的主要因素。聚类分析结果将46份藜麦种质资源划分为5类,其中类群Ⅰ产量性状最佳;将28个表型指标聚为4类。[结论]46份藜麦种质资源类型丰富,多样性程度较高,筛选出一批大籽粒、高粒重、极早熟、矮秆、高蛋白等优异资源,可以在育种和生产上进一步研究利用。
关键词： 藜麦 种质资源 表型性状 遗传多样性 主成分分析 聚类分析
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大蒜农艺性状与SSR遗传多样性关联分析
《分子植物育种 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为挖掘与大蒜重要农艺性状相关联的分子标记，本试验选用7对有多态性的SSR引物对158份大蒜种质材料进行遗传多样性分析，利用Structure 2.3.4软件分析群体遗传结构，并采用Tassel 3.0软件中一般线性模型（GLM）进行大蒜12个农艺性状与SSR标记的关联分析。结果显示，12个农艺性状差异明显，其中单头鳞茎重变异系数最大。7对SSR引物共检测到44个等位位点，平均每对引物6.286个；Shannon信息指数（I）分布范围为1.074～1.568，平均值为1.323；引物多态性信息含量（PIC）分布范围为0.563～0.749，平均值为0.640。聚类分析将该群体分为3类，从亚类群Ⅲ-1、Ⅲ-2中筛选出4份鳞茎高产的大蒜材料；群体遗传结构分析也将该群体分为3类。关联分析共检测到3个与大蒜重要农艺性状显著相关联的标记（P＜0.05或P＜0.01），表型变异的解释率为4.78%～25.78%，平均为13.43%。本试验筛选出的4份大蒜材料有助于鳞茎高产大蒜专用品种的选育，获得的大蒜农艺性状相关联位点可为大蒜的分子标记辅助育种提供参考。
关键词： 大蒜（Allium sativum L.） 农艺性状 SSR 遗传多样性 关联分析
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