科研产出
兔斯氏艾美耳球虫、肠艾美耳球虫和大型艾美耳球虫PCR检测靶标的筛选与单一、多重直接PCR检测方法的建立
《畜牧兽医学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：旨在建立快速、简便的兔斯氏艾美耳球虫、肠艾美耳球虫和大型艾美耳球虫直接PCR检测方法。首先克隆斯氏艾美耳球虫线粒体基因组mtDNA和3种兔球虫顶质体基因rpoB,结合GenBank中收录的其它兔球虫的相关序列进行比对分析，然后以种间差异明显的序列为靶基因在其超变区设计多对特异性引物，同时对引物浓度等条件进行优化，并评价PCR方法的敏感性和特异性。本研究首次测定了斯氏艾美耳球虫线粒体基因组全序列和3种兔球虫顶质体基因rpoB的序列，斯氏艾美耳球虫mtDNA全长6 277 bp,包括3个蛋白质基因，与其它6种兔球虫mtDNA序列相似率为93.90%～97.45%;斯氏艾美耳球虫、肠艾美耳球虫和大型艾美耳球虫顶质体基因rpoB大小在500 bp左右，三者相似性达93.93%～95.30%。靶基因筛选结果表明3种兔球虫ITS与其它基因（rpoB和mtDNA）相比较具有种内保守和种间差异大的特点，更适合用于分子诊断；基于3种兔球虫ITS序列的引物中，Ps1、Pi2、Pm2在单一或多重检测时均具有良好的特异性和敏感性。本试验通过对艾美耳球虫PCR检测候选基因靶标（ITS、mtDNA和rpoB）进行序列分析，筛选ITS为兔球虫种间差异明显的检测靶标基因，在此基础上建立的单一直接PCR方法和多重直接PCR方法具有特异、敏感、操作简便的优点，可用于3种兔球虫的流行病学调查或兔球虫病临床诊断。
关键词： 兔 斯氏艾美耳球虫 肠艾美耳球虫 大型艾美耳球虫 ITS 直接PCR
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四川省二化螟不同地理种群遗传多态性的差异分析
《应用昆虫学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】为了解四川省二化螟Chilo suppressalis （Walker）不同地理种群的遗传结构,分析各个种群间的亲缘关系,为区域治理对策提供新的依据。【方法】通过测定四川省17个市县二化螟样本的线粒体COⅡ基因和核糖体ITS基因,利用MEGA软件分析二化螟不同地理种群的基因遗传多样性,以获取样本群体遗传多样性信息。【结果】对114条幼虫线粒体COⅡ基因序列分析发现,在500 bp的区段中共有147个位点存在多态性,包含33个单倍型;川东地区和川西地区二化螟种群的单倍型多样度分别为0.703 83和0.802 26;系统发育树显示,除眉山-1-1种群之外,其他二化螟地理种群聚合为一个大分支。而对同批二化螟核糖体ITS基因序列分析结果表明,在533 bp的区段中存在299个位点多态性,有92个单倍型;川东地区和川西地区二化螟种群的单倍型多样度分别为0.967 48和0.975 71;在系统发育树中,犍为种群聚合为一支,其余种群聚合为一支。【结论】川西地区二化螟线粒体COⅡ基因和核糖体ITS基因多态性比川东地区样本丰富。地理种群之间的遗传分化与分布之间的相关性不大,这可能与种群本身差异相差不大相关。
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2株耐高温野生柱状田头菇的鉴定及系统发育地位研究
《西南农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为了鉴定2株从四川省成都市法国梧桐树干上采集到的耐高温野生大型真菌,为其开发利用与驯化栽培奠定基础。在形态学特征观察的同时提取了子实体基因组总DNA,并对其模板进行ITS序列的扩增、测序及系统发育地位分析,并将形态学特征和系统发育地位结合来鉴定其准确分类。结果表明:从形态学上可初步鉴定2个菌株均为伞菌目(Agaricales)球盖菇科(Strophariaceae)田头菇属(Agrocybe)大型真菌;系统发育地位研究进一步确定2株野生大型真菌为柱状田头菇。结合形态学和分子生物学的方法能准确对柱状田头菇进行分类和鉴定,能显著提高大型野生真菌鉴定的准确率。
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一株野生朱红硫磺菌的鉴定及系统发育地位研究
《西南农业学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：为了准确鉴定一株从四川省成都市采集到的疑似可食野生大型真菌。在形态学特征观察的同时提取了子实体基因组总DNA,进行ITS序列的扩增、测序,并构建系统发育树,最后将形态学特征和系统发育地位结合来鉴定其准确分类。结果表明:该大型真菌为非褶菌目(Aphyllophorales)多孔菌科(Polyporaceae)硫黄菌属(Laetiporus)朱红硫磺菌[Laetiporus sulphureus var.miniatus(Jungh.)Imazeki]。在形态学的基础上构建系统发育树能准确对朱红硫磺菌进行分类和鉴定。
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双孢蘑菇和蘑菇的ITS-RFLP分析
《西南农业学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：对采自四川和西藏的双孢蘑菇(Agaricus bisporus)和蘑菇(A.campestris)9个野生菌株,以及双孢蘑菇5个栽培菌株为材料,进行了ITS-RFLP分析。结果表明,ITS-PCR条带约为750 bp,5种限制性内切酶(MspⅠ、HinfⅠ、HaeⅡ、AulⅠ、TaqⅠ)的ITS-RFLP分析结果为,只有4种限制性内切酶(HinfⅠ、HaeⅡ、AulⅠ、TaqⅠ)产生多态性条带,但完全能将双孢蘑菇和蘑菇区分的限制性内切酶为TaqⅠ;对5种限制性内切酶的ITS-RFLP分析数据进行聚类结果为,在相似系数为0.615水平以下分为2个类群,并将双孢蘑菇和蘑菇区分开;在相似系数为0.915水平上,供试的11个野生和栽培双孢蘑菇菌株分为3个亚类群。
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4个野生灵芝菌株的ITS序列分析
《西南农业学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：以4个野生灵芝菌株为研究材料,以6个外源菌株为参考菌株,采用MEGA4软件对ITS序列进行NJ法聚类分析,构建系统发育树。结果显示4个灵芝菌株ITS序列与另外6个参考菌株对齐序列长度在357～369 bp之间,G/C含量变化为43.4%～57.7%;德昌灵芝1#、德昌灵芝4#和通江灵芝亲缘关系最近,遗传距离为0,德昌灵芝3#与它们的遗传距离为0.0029;与4个野生灵芝菌株亲缘关系由近到远分别是韩芝、红芝、灵芝(中国科学院微生物研究所)、黑灵芝、血芝、云芝;结合4个野生菌株的ITS序列分析结果和形态特征,4个菌株被鉴定为灵芝(Ganoderma lucidum)种类的不同株系。
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22个毛木耳菌株ITS序列分析
《西南农业学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：以22个不同来源的毛木耳菌株为材料,采用MEGA4.0软件对ITS序列进行分析,构建系统发育树。试验结果显示22个菌株的ITS序列长度为620 bp左右,GC含在50.6%~51.1%,被聚为5个分支,其中黄耳10号和781系统发育关系较近,共同聚在第一个分支,而琥珀聚在第二分支。ITS序列分析试验结果从系统发育角度反映出了研究菌株的遗传关系,是进行毛木耳菌株遗传分析及科学鉴定的重要工具。
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