科研产出
基于高分子量谷蛋白亚基和表型特征探讨新疆稻麦与原始六倍体和四倍体小麦的亲缘关系
《核农学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为探讨新疆稻麦与原始六倍体和四倍体小麦的遗传多样性及其亲缘关系,本研究通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)对18份原始六倍体小麦和11份四倍体小麦的高分子量谷蛋白亚基(HMW-GS)组成及遗传多样性进行分析,并连续统计分析了4年8个形态学指标,分别构建了UPGMA聚类图。结果表明,参试材料HMW-GS组成变异丰富,包含了20种类型,多样性达66.7%,形态学特征也存在不同程度的差异;HMW-GS聚类分析表明,新疆稻麦与中国特有小麦地方品种和波兰小麦聚为一类;表型性状聚类结果表明,新疆稻麦和波兰小麦、硬粒小麦聚为一类。综上,推测新疆稻麦与中国特有小麦地方品种和波兰小麦具有较近的亲缘关系。本研究为明确新疆稻麦的亲缘关系提供了参考,且为后续利用新疆稻麦优异资源改良普通小麦提供了理论依据。
关键词： 新疆稻麦 中国特有小麦 遗传多样性 高分子量谷蛋白亚基 形态学
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不同产区花生青枯病菌遗传多样性的分析
《基因组学与应用生物学 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：花生青枯病是一种重要的毁灭性病害。本研究将菌落PCR引入到花生青枯菌的鉴定及基因组研究工作中,通过菌落PCR直接对四川省内不同花生产区收集得到的花生青枯病菌进行菌株鉴定并对供试菌株的重要功能基因phcA、hrp以及hcp进行遗传多样性的比较分析。结果表明,菌落PCR能快速有效地扩增得到不同片段大小的目标片段,通过菌落PCR产物的直接测序并进行序列比对,发现来源于不同生态环境、不同花生品种的青枯病菌株其重要的功能基因在序列上不存在差异,表明这些重要的功能基因具有高度保守的特性。菌落PCR省去了菌株的再培养以及DNA的提取等繁琐过程,不仅可实现对花生青枯菌高通量的分子鉴定,还可快速地开展基因克隆及基因组学方面的研究工作,在花生青枯菌的筛选、鉴定以及植物检疫方面具有较强的应用性,在花生青枯菌的基因组研究中具有重要的应用价值。
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丹参线粒体和叶绿体微卫星标记开发及多样性分析
《西北植物学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：该研究通过生物信息学方法,对丹参线粒体、叶绿体基因组序列进行SSR位点搜索,利用Primer3.0软件在线设计SSR引物,通过PCR扩增,筛选出扩增效果好、多态性高的10对cpSSR引物和13对mtSSR引物,用于分析61份丹参品种的遗传多样性和鼠尾草属植物种间的通用性。结果显示:(1)从2条基因组序列中搜索到32个cpSSR位点和24个mtSSR位点,其中叶绿体单核苷酸的重复序列最多为31个,占96.9%,重复类型中以A/T形式的微卫星最为丰富。(2)23对SSR引物共检测出46个等位基因,平均每个SSR位点等位基因数是2个,有效等位基因数为1.566;预期杂合度(He)为0.346,高于双子叶植物的平均水平(He=0.190);多态信息含量(PIC)为0.278,大于0.250小于0.500;Shannons信息指数为0.519,表明所采集的丹参呈中等水平的遗传多样性。(3)聚类分析表明,61份丹参材料的遗传相似系数在0.54～0.96之间,并在遗传相似系数为0.64处将61份丹参分为6个亚群:四川、山东和安徽省的丹参聚集在Ⅰ和Ⅱ亚群中,说明四川中江、山东和安徽地区的丹参亲缘关系较近,而来源于四川中江的丹参分布于所有亚群,表明四川中江的丹参具有丰富的多态性。(4)通用性检测结果显示,11对mtSSR引物在9种鼠尾草属中的平均通用性比率为64.63%,通用性较高;9对cpSSR引物在10种鼠尾草属中的平均通用性比率为44.66%,通用性较低;引物cp5p、cp8p和cp10p在野芝麻亚科植物属间的通用性较好。研究表明,开发的23对SSR引物在鼠尾草属内具有很好的适用性,可以为该属种间的亲缘关系和种内遗传分化研究提供分子依据。
关键词： 丹参 线粒体微卫星 叶绿体微卫星 遗传多样性 通用性
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西藏喜马拉雅山荆子生态地理分布及表型遗传多样性研究
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】研究西藏喜马拉雅山荆子生态地理分布及表型遗传多样性。【方法】实地调查及采样研究方法相结合。【结果】西藏喜马拉雅山荆子[Malus rockii Rehd.(M.baccata var.himalaica(Maxim.)Schneid.)]野生居群集中分布区位于北纬28°39'~30°35',东经92°09'~95°12,海拔2800~3300 m,呈带状分布于雅鲁藏布江、尼洋河及其支流的两岸冲积土形成的河床半湿地,或河岸的阔叶林缘或针阔叶混交林缘,处于原始野生状态。调查山荆子自然变异类型表明:树龄最大400年生以上,80~140年生的占35.73%;自然授粉坐果率高,花序坐果3~8个;西藏高海拔区的山荆子无论是果色、果柄长度、果形及果实大小都存在多样性。【结论】结合河流走向、地貌特征、树龄分布及国内外研究进展等分析推断:喜马拉雅山荆子经多年演化、筛选、淘汰形成独特的群体,可能为山荆子组的地理亚中心。
关键词： 喜马拉雅山荆子 西藏 地理分布 表型性状 遗传多样性
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苏丹草转录组SSR分子标记开发及遗传多样性评价
《草业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：苏丹草是一种高产优质的禾本科牧草,优质分子标记的缺乏成为苏丹草育种工作顺利开展的限制性因素。本研究基于高通量测序结果开发苏丹草EST-SSR标记,并对34份苏丹草和2份高丹草种质资源进行了遗传多样性分析,验证所开发的EST-SSR引物的可应用性。从苏丹草转录组的80686条序列中鉴定出17548个SSR位点分布在13574条序列中,分布频率为16.82%。一、二和三核苷酸重复分别占38.59%、19.18%和39.09%,SSR重复基元的重复次数分布在5~23次;开发的300对引物扩增成功率达73.67%,其中54对多态性引物在36份供试材料中共扩增出275条带,其中多态性条带有205条,多态位点百分率(PPB)为73.05%,多态信息含量(PIC)平均值为0.41,遗传距离的变化范围为0.3922~0.9020;聚类分析结果将36份供试材料分为3大类群,相同品种的材料大致聚为一类,材料间的聚类与地理来源呈一定的相关性。以上结果证明了利用苏丹草转录组数据开发SSR标记的可行性并揭示了供试材料间具有丰富的遗传多样性,为苏丹草及近源物种种质资源的多样性水平和变异分析以及分子标记辅助育种等研究提供依据。
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四种分子标记技术在甘薯及I.trifida遗传多样性研究中的应用
《分子植物育种 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：本研究利用ISSR以及在甘薯中报道较少的3种分子标记技术SCoT、CDDP、CBDP,分别对46份甘薯及其近缘属I.trifida进行基因组扫描。结果表明,SCoT、CDDP、CBDP 3种分子标记的单引物平均扩增片段数和扩增多态性均优于目前甘薯研究中常用的ISSR分子标记。4种标记分析结果遗传相似性系数变异范围0.36~0.92,各分子标记获得的遗传相似性系数差异不大。利用全部分子标记结果进行聚类分析和主坐标分析表明,参试材料之间差异较明显。甘薯与I.trifida间遗传多样性丰富,遗传差异较大。在不同甘薯品种之间,除少部分材料间遗传差异较大外,大部分甘薯品种间的差异较小。本研究结果初步证明SCoT、CDDP、CBDP 3种分子标记可应用于今后甘薯及其近缘属分子标记研究,更好的发掘甘薯及其近缘属的遗传多样性。此外,利用I.trifida与栽培甘薯较大的遗传差异,丰富栽培甘薯遗传多样性,将对甘薯育种发展具有重要作用。
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基于SSR标记的四川大豆与引进大豆资源遗传多样性和群体结构分析
《大豆科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：利用均匀分布于20条染色体的53对SSR标记(每条染色体上2~5对),对190份大豆资源进行遗传差异检测,随后根据标记试验结果进行遗传多样性分析、聚类分析、PCA分析和群体结构分析.53对SSR标记共检测到159个等位变异,每个位点等位基因范围为2~6个,平均每个位点的等位基因为3个,有效等位基因数Nei为1.474 4±0.237 5,多态性信息含量PIC为0.305 0±0.1056;Shannon-Weaver指数值为0.476 2±0.124 9.这些参数显示了190份大豆资源异质程度不是很高,遗传多样性丰富程度一般,总体遗传多样性处于中等水平.UPGMA聚类分析结果显示190份大豆资源(群体1:P1)被分为3个大类,且四川审定大豆品种与野生大豆资源、国外引进资源亲缘关系较远,随后将四川审定大豆品种31份、国外资源13份和野生大豆资源8份共52份材料(群体2:P2)单独进行聚类分析,52份材料也被分成3个大类.群体1和群体2分别在K=3,K=2时得到合理群体结构.群体1的3个亚群分别是:亚群Ⅰ由地域来源丰富的78份材料组成,不包含野生大豆资源;亚群Ⅱ59份材料中含7份野生大豆资源;亚群Ⅲ 53份材料只包括1份野生大豆资源zy05292.群体2分成两个亚群:亚群Ⅰ26份材料中含24份四川审定大豆品种和2份国外资源;亚群Ⅱ包含了6份审定大豆品种.供试的190份大豆资源蕴含了比较丰富的遗传变异,显示了较高水平的基因多样性.群体结构不能严格地按照地域、来源国家的划分而区分,这一现象显示了大豆资源存在着广泛的基因交流.从分析结果来看,四川大豆资源的种质创新可以充分地利用国外引进资源与直立型野生大豆资源,进而丰富四川大豆的基因多样性.
关键词： 四川大豆 野生大豆 SSR标记 遗传多样性 群体结构
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四川蚕区23个主栽桑树品种基于ISSR分子标记的亲缘关系分析
《蚕业科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：采用ISSR分子标记从分子水平分析四川蚕区23个主栽桑树品种的遗传多样性。从100条ISSR引物中筛选出12条特异性引物,对23个桑树品种的基因组DNA模板进行扩增,共得到116条清晰条带,其中多态性条带有93条,占总条带数的比率为80.24%;平均每个ISSR引物扩增所得条带数为9.7条,其中多态性条带数为7.8条。分析23个桑树品种的遗传相似系数为0.60~0.89,23个品种明显分为2大类,聚类结果与品种的地理分布和所属桑种没有明显的相关性。其中,粤椹大10和农桑14号之间的遗传相似系数最小(为0.51),亲缘关系最远;而桐乡青和新一之之间的遗传相似系数最大(为0.89),相对于其他品种二者的亲缘关系最近。研究结果对于科学、合理利用四川蚕区桑树品种资源有一定参考价值。
关键词： 桑树栽培品种 ISSR分子标记 遗传多样性 聚类分析 四川蚕区
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番茄SSR遗传多样性及其品质性状的关联分析
《西南农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】本文旨在分析番茄资源材料的亲缘关系及它们的遗传多样性,挖掘与番茄品质性状相关的分子标记。【方法】选用37对SSR多态性引物对30份番茄资源材料进行聚类分析,在此基础上采用Tassel3.0GLM方法进行标记位点与品质性状的关联分析。【结果】SSR结果显示,37对SSR引物共检测到102个等位变异位点,各种质遗传相似系数为0.61~0.97。关联分析结果表明与品种性状显著相关的位点有9个。供试材料之间有一定的遗传差异,但遗传背景较狭窄。【结论】利用SSR标记分析了30份番茄资源材料的遗传多样性,30份番茄资源材料在遗传相似系数0.71处被划分为4大类,并通过关联分析模型,找到了9个与总酸、成熟前果色、成熟果色、果面棱沟、番茄红素相关联的标记。
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利用产量位点标记分析中国水稻骨干恢复系与南亚及东南亚恢复系的遗传多样性
《植物遗传资源学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：利用47个根据已报道的QTL位点或者已被精细定位或克隆的与水稻产量性状基因紧密连锁的产量位点标记,对来自中国、印度和越南等国的58份水稻恢复系进行遗传多样性分析。结果表明:(1)在中国恢复系中,47个产量位点标记中有36个具有多态性,共检测到90个等位基因,每个标记检测到等位基因2~4个,平均为2.500个;有效等位基因共62.905个,平均每个标记1.747个;36个有效标记的Shannon信息指数平均值为0.632,变幅为0.271~1.266。(2)在来自国外的材料中,47个产量位点标记均具有多态性,共检测到131个等位基因,每个标记检测到的等位基因数为2~6个,平均2.787个;有效等位基因数共82.686个,平均1.759个;47个标记的Shannon信息指数平均值为0.649,变幅为0.109~1.110。(3)聚类分析显示,在遗传相似系数为0.73水平上,参试资源聚为三大类群,中国资源多聚在第Ⅰ类群下的第1、2、3亚群,越南资源多聚在第Ⅰ-4亚群,孟加拉资源多聚在第Ⅲ-3亚群。由此表明,中国资源遗传基础较为狭窄,而其他国家的恢复系具有较远的亲缘关系。
关键词： 水稻 产量位点标记 恢复系 南亚及东南亚资源 遗传多样性
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