科研产出
大蒜农艺性状与SSR遗传多样性关联分析
《分子植物育种 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为挖掘与大蒜重要农艺性状相关联的分子标记，本试验选用7对有多态性的SSR引物对158份大蒜种质材料进行遗传多样性分析，利用Structure 2.3.4软件分析群体遗传结构，并采用Tassel 3.0软件中一般线性模型（GLM）进行大蒜12个农艺性状与SSR标记的关联分析。结果显示，12个农艺性状差异明显，其中单头鳞茎重变异系数最大。7对SSR引物共检测到44个等位位点，平均每对引物6.286个；Shannon信息指数（I）分布范围为1.074～1.568，平均值为1.323；引物多态性信息含量（PIC）分布范围为0.563～0.749，平均值为0.640。聚类分析将该群体分为3类，从亚类群Ⅲ-1、Ⅲ-2中筛选出4份鳞茎高产的大蒜材料；群体遗传结构分析也将该群体分为3类。关联分析共检测到3个与大蒜重要农艺性状显著相关联的标记（P＜0.05或P＜0.01），表型变异的解释率为4.78%～25.78%，平均为13.43%。本试验筛选出的4份大蒜材料有助于鳞茎高产大蒜专用品种的选育，获得的大蒜农艺性状相关联位点可为大蒜的分子标记辅助育种提供参考。
关键词： 大蒜（Allium sativum L.） 农艺性状 SSR 遗传多样性 关联分析
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利用ISSR和SSR标记分析不同抽薹性萝卜的遗传多样性
《西南农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：[目的]本研究加强对耐抽薹萝卜种质资源的研究,加快耐抽薹萝卜育种进程.[方法]筛选出16对ISSR和21对SSR分子标记引物,用于64份不同抽薹性萝卜材料进行遗传多样性分析.[结果]ISSR-PCR共扩增出90条带,其中具有多态性的68条,多态性条带百分率为75.56%;SSR-PCR共扩增出86条带,其中具有多态性的62条,多态性条带百分率为72.09%.POPGENE分析结果表明,两类引物扩增结果都反映出供试材料较高的遗传多样性.UPGMA法聚类结果中,均可把供试萝卜材料分为4个类群,7个亚类.其中,ISSR标记聚类结果与供试萝卜材料的根叶类型比较接近;SSR标记聚类结果与材料的地理分布相似;整合ISSR和SSR后的聚类结果能够反映出2种标记的特征.Mantel检验显示,2种分子标记的遗传相似性系数在64份不同抽薹性萝卜材料间相关不显著(R=0.171,P>0.05),而ISSR+SSR与ISSR标记(R=0.612,P<0.05)以及SSR标记(R=0.894,P<0.05)呈显著相关.[结论]2种标记整合后的聚类分析,可检测到更大的遗传变异;而不同抽薹性萝卜材料所表现出的丰富多样性,对萝卜种质资源管理和耐抽薹品种选育具有重要意义.
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水稻遗传多样性及其农艺性状 与SSR标记的关联分析
《四川大学学报(自然科学版) 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：分析水稻材料的遗传多样性,寻找与农艺性状相关联的分子标记,为水稻杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据.利用60对分布于水稻12条染色体组的SSR标记对190份水稻材料进行遗传多样性分析与群体遗传结构分析,并采用Tassel3.0的GLM和MLM进行标记与农艺性状的关联分析.结果显示,190份水稻材料的遗传相似系数(GS)变异范围为0.62~0.97,平均值为0.86.按群体遗传结构可将供试材料分为3个亚群.以GLM分析,发现8个与穗长、一次枝梗数、一次枝梗穗粒数、二次枝梗数、二次枝梗穗粒数、总穗粒数和饱满穗粒数相关联的标记,各标记对表型变异的解释率为0.0648;以MLM分析显示,8个标记对表型变异的解释率在0.0378~0.0648.本研究获得的这8个农艺性状相关的分子标记可以作为辅助育种培育高产水稻品种的分子标记.
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美国大灵芝(Ganoderma oregonense)转录组SSR位点的生物信息学分析
《中国农业科技导报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为了解美国大灵芝(Ganoderma oregonense)转录组中的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息,并为开发灵芝分子标记辅助育种技术奠定基础,将高通量转录组测序获得的美国大灵芝转录组数据通过Trinity软件拼接组装,再利用MISA软件分析其SSR位点信息。随后采用Primer 3根据SSR位点设计特异性鉴别引物,并以灵芝DNA为模板,对其有效性进行验证。共获得65 064条单基因簇(unigene),在其中2 981条unigene中检测到3 380个符合软件参数的SSR位点,发生频率为5.19%,平均分布距离为12.60 kb。美国大灵芝转录组SSR位点总长度为52 168 bp,平均长度为15 bp。单核苷酸、三核苷酸是美国大灵芝转录组SSR的主要重复类型,分别占总SSR的35.33%和38.67%。SSR基元重复次数范围为5~73次,其中5次重复的发生次数最高。SSR重复基元共有98个类型,其中C/G是最常见的重复基元,比例为17.72%,其次是A/T,比例为17.60%。针对3 380个SSR位点设计出2 324对SSR引物,随机选择15对引物对3种灵芝栽培品种进行PCR扩增,10对引物可稳定扩增出条带,其中8对在3个灵芝栽培品种中表现出多态性。说明美国大灵芝转录组SSR位点多态性丰富,对灵芝的功能基因挖掘、分子标记辅助育种开发以及遗传多样性分析等具有重要意义。
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四川小麦品种的遗传多样性及其对条锈病和白粉病的抗性
《麦类作物学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：小麦条锈病和白粉病是四川小麦生产中的两大主要病害。为系统掌握四川小麦品种的遗传差异性及抗病性水平,以大田样品和近10年审定品种为试验材料,利用SSR分子标记对其进行遗传多样性分析,并对其成株期条锈病和白粉病抗性进行了鉴定。结果显示,115份大田样品和33个审定品种构成的总群体共扩增出38条多态性带,遗传相似系数变化范围为0.62~1。大田样品的观察等位基因数、有效等位基因数、基因多样性指数、信息指数、多态性位点数和多态位点百分率分别为1.868 4、1.422 8、0.253 0、0.386 7、33和86.8%,各项参数值均高于审定品种。聚类结果显示,多数审定品种与大田样品同源且出现于多个采样地点。抗性监测结果表明,四川省生产上大面积种植的小麦品种抗条锈性丧失明显,对白粉病的抗性丧失不明显。
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番茄SSR遗传多样性及其品质性状的关联分析
《西南农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】本文旨在分析番茄资源材料的亲缘关系及它们的遗传多样性,挖掘与番茄品质性状相关的分子标记。【方法】选用37对SSR多态性引物对30份番茄资源材料进行聚类分析,在此基础上采用Tassel3.0GLM方法进行标记位点与品质性状的关联分析。【结果】SSR结果显示,37对SSR引物共检测到102个等位变异位点,各种质遗传相似系数为0.61~0.97。关联分析结果表明与品种性状显著相关的位点有9个。供试材料之间有一定的遗传差异,但遗传背景较狭窄。【结论】利用SSR标记分析了30份番茄资源材料的遗传多样性,30份番茄资源材料在遗传相似系数0.71处被划分为4大类,并通过关联分析模型,找到了9个与总酸、成熟前果色、成熟果色、果面棱沟、番茄红素相关联的标记。
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杏鲍菇转录组数据SSR位点的生物信息学分析
《应用与环境生物学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为了开发杏鲍菇分子标记,利用前期高通量测序技术获得的杏鲍菇转录组数据,采用生物信息学软件Trinity拼接,然后通过MISA软件检索并分析杏鲍菇转录组简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)位点.共获得45 833条unigene,在其中的3 256条unigene中检测到3 811条符合软件参数的SSR序列,发生频率为8.31%.SSR位点平均长度为15 bp,平均分布频率是1/15.91 kb.在杏鲍菇转录组的SSRs中,单核苷酸与三核苷酸重复基元为主要重复类型,分别占总SSRs的45.24%和35.53%.SSR基元的重复次数为5-24次,其中5次或10次重复是发生频率最高的,SSR重复基元共有85个类型,其中A/T是最常见的重复基元,比例为38.97%,其次为AG/CT,比例为8.24%.对3 811个SSR位点设计出3 644对SSR引物,随机选择20对引物进行PCR扩增,其中9对在3个杏鲍菇品种中表现出多态性.本研究表明杏鲍菇转录组SSR位点多态性丰富,具有较高的应用潜力.
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42份糯高粱种质资源的SSR标记遗传多样性分析
《分子植物育种 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：种质资源遗传多样性是育种的基础。为研究糯高粱品种之间的遗传关系,本研究利用36对SSR引物分析了42份糯高粱种质资源的遗传多样性。结果表明,36个引物共检测到88个等位基因,平均每对引物检测到2.44个;36个引物的平均多态信息量为0.363,变幅0.132~0.685,引物的Shannon指数分布范围为0.271 2~1.354 0,平均为0.692 3。42份糯高粱种质资源的平均遗传相似系数为0.579,变幅0.273~0.977;UPGMA聚类分析将42份糯高粱品种划分为四大类,分类结果基本反映了品种间的亲缘关系,同时说明供试的糯高粱种质资源具有较为丰富的遗传多样性。
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水稻对稻曲病不同抗性品种遗传多样性SSR分析
《西南农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：本文利用35对SSR引物对23份水稻品种(组合)进行遗传多样性分析。结果表明,35对引物在23个水稻品种上共获得342条扩增条带,其中多态性条带288条,多态性条带所占比例为84.21%。23个参试水稻品种对稻曲病的抗性表现出明显差异,病穗率范围为8.20%~75.93%,最高和最低病穗率之间相差67.73个百分点,病情指数范围为2.19~52.67,最高和最低病情指数相差50.48。成对品种的GS变化为0.614~0.954,平均值为0.740单个品种的平均GS值变化为0.686~0.778之间。共有11份供试品种的平均GS值低于GS总平均值(0.740),其它12份(占供试品种总数的52.2%)供试品种平均GS值高于GS总平均值(0.740)。聚类分析的结果表明,在遗传相似系数为0.75时,23个供试品种可分为5类。不同生育期的品种可以聚在同一类群中,聚在同一类的品种生育期最多可相差11 d,而同一生育期的品种可以分属不同的类,包括中抗到高感的不同抗性类型。
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