科研产出
杂交水稻骨干亲本的Wx和ALK等位变异与蒸煮食味品质的关联分析
《应用与环境生物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为研究杂交籼稻骨干亲本Wx和ALK基因的等位变异与水稻蒸煮食味品质的关联性及其理想组合方式，对34份杂交籼稻骨干亲本的稻米直链淀粉含量（AC）、胶稠度（GC）、碱消值（ASV）与其Wx和ALK基因等位变异的关联性进行分析.结果显示：34份材料的Wx基因序列包括41个多态性位点，被划分为6种单倍型，共有31个位点与AC和GC呈极显著关联，其中Ex1-47位点的关联系数最大.Wx1单倍型在Int1-1位点与Wxa相同，与中高AC和硬GC极显著关联；Wx2单倍型在Int1-1和Ex1-47位点与Wxhp相同，与中高AC和中等GC极显著关联；Wx3、Wx4、Wx5和Wx6单倍型在Int1-1位点与Wxb相同，与较低AC和软GC极显著关联.34份材料的ALK基因包括49个多态性位点，被划分为5种单倍型，共有24个位点与ASV呈显著或极显著关联，其中Ex8-864/865位点的关联系数最大.ALK1、ALK2、ALK3和ALK4单倍型在Ex8-733和Ex8-864/865位点与ALKG一致，其中ALK1、ALK3和ALK4与低ASV极显著关联，ALK2与中高ASV极显著关联.ALK 5单倍型在Ex8-733和Ex8-864/865位点与ALKT一致，与高ASV极显著关联.34份材料共分为10个Wx和ALK基因单倍型组合，不同单倍型组合间的AC、GC和ASV均存在显著或极显著差异，其中Wx3-ALK5和Wx5-ALK5单倍型组合表现为较低AC、软GC和高ASV.本研究表明Wx3-ALK5和Wx5-ALK5单倍型组合是优质稻米蒸煮食味品质的理想组合方式.（图4表4参45）
关键词： 水稻 Waxy基因 ALK基因 等位变异 直链淀粉含量 胶稠度 碱消值 关联分析
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大蒜农艺性状与SSR遗传多样性关联分析
《分子植物育种 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为挖掘与大蒜重要农艺性状相关联的分子标记，本试验选用7对有多态性的SSR引物对158份大蒜种质材料进行遗传多样性分析，利用Structure 2.3.4软件分析群体遗传结构，并采用Tassel 3.0软件中一般线性模型（GLM）进行大蒜12个农艺性状与SSR标记的关联分析。结果显示，12个农艺性状差异明显，其中单头鳞茎重变异系数最大。7对SSR引物共检测到44个等位位点，平均每对引物6.286个；Shannon信息指数（I）分布范围为1.074～1.568，平均值为1.323；引物多态性信息含量（PIC）分布范围为0.563～0.749，平均值为0.640。聚类分析将该群体分为3类，从亚类群Ⅲ-1、Ⅲ-2中筛选出4份鳞茎高产的大蒜材料；群体遗传结构分析也将该群体分为3类。关联分析共检测到3个与大蒜重要农艺性状显著相关联的标记（P＜0.05或P＜0.01），表型变异的解释率为4.78%～25.78%，平均为13.43%。本试验筛选出的4份大蒜材料有助于鳞茎高产大蒜专用品种的选育，获得的大蒜农艺性状相关联位点可为大蒜的分子标记辅助育种提供参考。
关键词： 大蒜（Allium sativum L.） 农艺性状 SSR 遗传多样性 关联分析
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镉胁迫下甜、糯玉米开花期性状的全基因组关联分析
《植物遗传资源学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：以183份甜、糯玉米自交系构成的关联群体为材料,在2种Cd污染水平下对甜、糯玉米开花期（DA,days to anthesis）、吐丝期（DS,days to silking）和开花吐丝间隔（ASI,anthesis silking interval）进行全基因组关联分析,以揭示重金属Cd胁迫对甜、糯玉米开花期的影响及调控基因。结果表明:不同Cd污染水平对甜、糯玉米DA和DS均产生影响,其中对DS的延长更为明显,从而导致ASI的增大。同时,甜玉米ASI平均值高于糯玉米ASI,由此表明甜玉米ASI对重金属Cd胁迫更为敏感。结合群体基因型和开花期相关性状表型的全基因组关联分析,分别筛选到3个开花期相关的SNP位点和6个吐丝期相关的SNP位点。根据其所对应的物理位置与Maize GDB和NCBI基因数据库进行比对,预测获得8个已知功能基因,其中包括在前人研究中与玉米开花期有关的候选基因。以上研究解析甜、糯玉米在重金属Cd污染水平下开花期及吐丝期的遗传规律,为今后开展甜、糯玉米分子标记辅助育种和Cd安全品种的选育提供参考。
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水稻遗传多样性及其农艺性状 与SSR标记的关联分析
《四川大学学报(自然科学版) 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：分析水稻材料的遗传多样性,寻找与农艺性状相关联的分子标记,为水稻杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据.利用60对分布于水稻12条染色体组的SSR标记对190份水稻材料进行遗传多样性分析与群体遗传结构分析,并采用Tassel3.0的GLM和MLM进行标记与农艺性状的关联分析.结果显示,190份水稻材料的遗传相似系数(GS)变异范围为0.62~0.97,平均值为0.86.按群体遗传结构可将供试材料分为3个亚群.以GLM分析,发现8个与穗长、一次枝梗数、一次枝梗穗粒数、二次枝梗数、二次枝梗穗粒数、总穗粒数和饱满穗粒数相关联的标记,各标记对表型变异的解释率为0.0648;以MLM分析显示,8个标记对表型变异的解释率在0.0378~0.0648.本研究获得的这8个农艺性状相关的分子标记可以作为辅助育种培育高产水稻品种的分子标记.
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番茄SSR遗传多样性及其品质性状的关联分析
《西南农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】本文旨在分析番茄资源材料的亲缘关系及它们的遗传多样性,挖掘与番茄品质性状相关的分子标记。【方法】选用37对SSR多态性引物对30份番茄资源材料进行聚类分析,在此基础上采用Tassel3.0GLM方法进行标记位点与品质性状的关联分析。【结果】SSR结果显示,37对SSR引物共检测到102个等位变异位点,各种质遗传相似系数为0.61~0.97。关联分析结果表明与品种性状显著相关的位点有9个。供试材料之间有一定的遗传差异,但遗传背景较狭窄。【结论】利用SSR标记分析了30份番茄资源材料的遗传多样性,30份番茄资源材料在遗传相似系数0.71处被划分为4大类,并通过关联分析模型,找到了9个与总酸、成熟前果色、成熟果色、果面棱沟、番茄红素相关联的标记。
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葛根资源遗传多样性和性状关联分析
《植物遗传资源学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：通过研究葛根资源的遗传多样性和葛根表型性状与分子标记的关联分析,为葛根的分子育种和指纹图谱构建提供理论依据。鉴定分析了127份不同来源葛根资源的10个表型性状,并用ISSR标记研究127份葛根资源的遗传多样性,对ISSR标记与表型性状进行关联分析。表型性状鉴定结果显示葛根资源的10个性状变异大、多样性较好。利用ISSR标记获得多态性条带109条,平均每个引物扩增5.73条、平均Nei's基因多样性0.2085、平均Shannon's指数0.3378,最远遗传距离为0.46。ISSR分子标记聚类分析将127份资源聚为两大类,群体结构分析和PCo A分析结果类似将127份资源分为2个亚群。GLM分析发现3个与茸毛性状关联标记,MLM分析未发现与表型性状关联的标记。本研究收集的资源遗传多样性较好,葛根分子标记聚类结果与地域关系不大,综合GLM和MLM关联分析结果,本试验未发现与表型关联位点。
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茄子品种抗黄萎病性状与SRAP标记的关联性分析
《西南农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：以参加抗性鉴定的茄子品种为研究材料,应用茄子黄萎病抗病性鉴定标准方法和SRAP标记方法,研究了茄子抗黄萎病性状与SRAP标记的关联性。结果表明,本研究中的82个茄子品种黄萎病病情指数为12.5%~83.33%,平均病情指数为31.57%,病情指数散差较大,离散程度较低,品种间抗病性差异极显著,高抗病或者高感病品种数较少;基于K=3时ΔK最大将所有品种分为3个亚群,即两个小亚群和一个大亚群;采用MIM_Q+K模型对病指均值进行关联分析,共检测到18个SRAP标记与病指显著关联,其中标记Em7/Me7-11达极显著水平(–log P>3,P<0.001)。这些标记关联性稳定且关联度高,可用于后续分子标记辅助育种和测序,为候选基因筛选和预测提供了重要信息基础。
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四川省区试对照品种绵麦37的农艺性状分析
《安徽农学通报 》 2014
摘要：为了更好地利用四川省区试对照品种绵麦37,对绵麦37的9个农艺性状进行了分析研究。结果表明,绵麦37的产量变幅为4 513.35~5 652.75kg/hm2,有效穗变幅为291.75万~342.75万/hm2,最高苗变幅为460.35万~634.65万/hm2,基本苗变幅为191.55万~221.55万/hm2,穗粒数变幅为37.33~48.91粒,千粒重变幅为38.63~47.7g,株高变幅为73.67~93.2cm,成穗率变幅为37.47%~68.56%,生育期变幅为175~188d。除成穗率外,其余8个农艺性状的变异系数在10%以内。相关分析表明,有19对性状间是显著或极显著相关,有17对性状间是显著或极显著偏相关,9个农艺性状间存在复杂的相关关系。绵麦37的4个主成分的累计百分率达91.34%,其中产量因子的百分率最高(48.61%)。与产量关联系数最大的是千粒重,其次是穗粒数和成穗率,它们对绵麦37产量形成的影响最大。在育种中,绵麦37可以从千粒重和穗粒数方面加以利用。
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关联分析在植物种质资源研究中的应用
《长江大学学报(自科版) 》 2014
摘要：随着分子生物学和基因组学的飞速发展,关联分析成为植物数量性状研究的重要手段。对连锁不平衡、关联分析、单核苷酸多态性的概念、原理进行了简要介绍,综述了关联分析在玉米种质资源方面的研究进展,并探讨了关联分析在玉米育种实践中的发展方向和应用前景。
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甘蓝型油菜SSR标记遗传多样性及其与农艺性状关联分析
《分子植物育种 》 2013 CSCD
摘要：研究甘蓝型油菜种质的遗传多样性,以提高甘蓝型油菜种质的利用效率。本研究从140对甘蓝型油菜SSR引物中,筛选出40对多态性好的SSR标记,并结合植株田间农艺性状特征鉴定,对63份来自四川的甘蓝型油菜种质资源进行遗传多样性、群体结构和性状关联分析。研究结果表明:40对多态性好的引物共检测到152个等位变异,引物平均多态性位点3.8,平均多态信息量(PIC)0.849 7;在带型分析基础上,根据相似系数将参试材料聚为5大类群,多数参试材料属于第2、3大类群;在SSR多态信息基础上,对参试材料进行群体结构分析,将参试材料分为4个群体,86%的参试材料Q值大于0.70。对40个SSR位点与8个主要农艺性状用TASSEL软件的GLM(general linear model)模型进行关联分析,共检测到15个位点与农艺性状显著相关,其中6个位点极显著相关。这6个SSR位点分别为:yw222和ywy05标记与全株角果数极显著相关,yw140和yw134标记与主序角果数极显著相关,ywy19和yw138标记与一次分支数极显著相关;其中ywy19同时与每角粒数、主序角果数、主序有效长显著相关。研究结果表明,本研究参试材料具有较好的代表性,遗传多样性较丰富;研究分析所得与农艺性状极显著关联的SSR标记位点在提高甘蓝型油菜种质的利用效率方面具有重要的实践意义。
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