文献类型: 中文期刊
作者: 沙秀芬 1 ; 彭芳 1 ; 陶珊 1 ; 吴宇 1 ; 刘继明 1 ; 张超 1 ; 李群 1 ;
作者机构: 1.四川师范大学生命科学学院;四川省农业科学院经济作物育种栽培研究所;国家中药材产业技术体系成都试验站;彭州市农林局
关键词: 丹参;线粒体微卫星;叶绿体微卫星;遗传多样性;通用性
期刊名称: 西北植物学报
ISSN: 1000-4025
年卷期: 2018 年 12 期
页码: 2215-2223
收录情况: 北大核心 ; CSCD
摘要: 该研究通过生物信息学方法,对丹参线粒体、叶绿体基因组序列进行SSR位点搜索,利用Primer3.0软件在线设计SSR引物,通过PCR扩增,筛选出扩增效果好、多态性高的10对cpSSR引物和13对mtSSR引物,用于分析61份丹参品种的遗传多样性和鼠尾草属植物种间的通用性。结果显示:(1)从2条基因组序列中搜索到32个cpSSR位点和24个mtSSR位点,其中叶绿体单核苷酸的重复序列最多为31个,占96.9%,重复类型中以A/T形式的微卫星最为丰富。(2)23对SSR引物共检测出46个等位基因,平均每个SSR位点等位基因数是2个,有效等位基因数为1.566;预期杂合度(He)为0.346,高于双子叶植物的平均水平(He=0.190);多态信息含量(PIC)为0.278,大于0.250小于0.500;Shannons信息指数为0.519,表明所采集的丹参呈中等水平的遗传多样性。(3)聚类分析表明,61份丹参材料的遗传相似系数在0.54~0.96之间,并在遗传相似系数为0.64处将61份丹参分为6个亚群:四川、山东和安徽省的丹参聚集在Ⅰ和Ⅱ亚群中,说明四川中江、山东和安徽地区的丹参亲缘关系较近,而来源于四川中江的丹参分布于所有亚群,表明四川中江的丹参具有丰富的多态性。(4)通用性检测结果显示,11对mtSSR引物在9种鼠尾草属中的平均通用性比率为64.63%,通用性较高;9对cpSSR引物在10种鼠尾草属中的平均通用性比率为44.66%,通用性较低;引物cp5p、cp8p和cp10p在野芝麻亚科植物属间的通用性较好。研究表明,开发的23对SSR引物在鼠尾草属内具有很好的适用性,可以为该属种间的亲缘关系和种内遗传分化研究提供分子依据。
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