科研产出
南瓜小西葫芦黄花叶病毒四川分离物的鉴定与遗传进化分析
《生态学杂志 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：为了了解产生花叶症状的南瓜是否含有植物病毒，本研究采用小RNA深度测序等技术对四川地区南瓜样品进行分析，获得小西葫芦黄花叶病毒(zucchini yellow mosaic virus, ZYMV)的全基因组，命名为SCSN分离物。SCSN分离物基因组全长9572 nt,编码一个351.1 kDa的多聚蛋白。序列一致性分析表明，SCSN与中国浙江的WM分离物相似性最高，其多聚蛋白氨基酸一致性为97.4%。重组分析表明，SCSN分离物是由WM分离物和西班牙的Ver分离物重组而成的。将SCSN全基因组序列与GenBank中基因组长度超过9300 nt的159条序列共同构建系统进化树，表明来自于28个国家和地区的ZYMV分离物聚为7个类群，其中SCSN分离物聚为第1类群。进一步分析表明，ZYMV的系统进化与地理分布存在相关性，且存在优势ZYMV类群。这是四川ZYMV分离物全基因组的首次报道，研究为防范ZYMV通过远距离传播扩散危害提供理论依据。
关键词： 小西葫芦黄花叶病毒 分离物 全基因组 重组 系统进化 南瓜
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烟青虫不同地理种群的mtDNA COI基因序列分析及其系统发育
《四川农业科技 》 2024
摘要：烟青虫是一种世界性的农业害虫,对烟草种植危害严重,在我国四川、贵州、华中等多个烟草产区造成了巨大损失,损失量达到15%.烟青虫在亚洲、非洲和澳洲分布广泛,本研究对分布在不同地理种群的烟青虫进行mtDNA COI基因序列分析,同时研究其系统发育关系,为研究四川省烟青虫防治提供借鉴.结果表明,昆明和玉溪为同一个类群;昭通和珠海为同一个类群;韩国、宿迁、妙峰山为同一个类群;进化关系为((((昆明+玉溪)(昭通+珠海))+(大理+丽江))+(印度+(妙峰山+(韩国+宿迁)))).研究结果揭示了 10个来自不同地区烟青虫的COI基因序列特征以及发育关系,为研究凉山州烟青虫的防治和系统发育提供了基础分子数据.
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MALDI-TOF MS与16SrDNA方法对肠杆菌科微生物鉴定比较分析
《质谱学报 》 2018 EI 北大核心 CSCD
摘要：为了研究基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法鉴定肠杆菌科微生物及其对微生物系统分类学相关分析的准确性,采用MALDI-TOF MS对金桔表面分离的10种肠杆菌科微生物进行蛋白质图谱收集,通过比对图谱特征峰实现微生物的鉴定与系统进化学分析;同时对10种微生物进行16SrDNA提取与测序,得到分子生物化学水平鉴定,并采用邻近连接法对16SrDNA序列做系统进化树分析。结果表明:MALDI-TOF MS与16SrDNA测序对10种肠杆菌科微生物鉴定结果中,克雷伯菌属2株菌鉴定种级有偏差,其他8种一致;MALDI-TOF MS与16SrDNA测得的数据都可计算微生物相关性,从而得到微生物系统发育树,两株系统发育树中同属级微生物归类的亲缘位置与方向一致,但不同属肠杆菌科微生物的亲缘距离与位置差异较大。MALDI-TOF MS法鉴定农产品表面微生物具有快速、准确的特点,但准确建立系统发育相关性还需要扩大数据库和优化算法。
关键词： 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 16SrDNA 肠杆菌科微生物 系统进化
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四川秋季发生的两种羊肚菌生境调查与鉴定
《菌物学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为了寻找四川秋季发生的羊肚菌资源,了解其产地环境及种属关系,探寻羊肚菌在秋季发生的适生条件,对四川省凉山州盐源县、会东县和冕宁县的羊肚菌发生地开展了生境调查,共采集到11份羊肚菌标本。采用形态学和分子鉴定相结合的方法,对标本进行鉴定,结果表明所采集的标本被鉴定为2种羊肚菌,即七妹羊肚菌Morchella septimelata(Mel-7)和Morchella sp.(Mes-16),其中,七妹羊肚菌为四川新记录种。通过生境调查发现,秋季发生的羊肚菌适生环境为山地林下陡坡,可见,四川秋季发生的羊肚菌有一定的特殊性。
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动物脂肪酶基因超家族分子进化和系统发育关系研究
《北京农业 》 2013
摘要：研究对动物脂肪酶基因超家族的5个成员蛋白家族43条mRNA序列做进化分析,利用MEGA4.0计算5个成员蛋白家族的组间和组内遗传距离,在脂肪酶超家族之间,LPL蛋白家族与EL、HL蛋白家族之间是有差别不大的遗传间隔,是为0.3867和0.5243。LPL蛋白宗族与PL、PLA1蛋白宗族之间是有很大的遗传间隔,是为0.9786和0.8791。
关键词： 动物脂肪酶基因超家族 遗传距离 系统发育 进化分析
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4个野生灵芝菌株的ITS序列分析
《西南农业学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：以4个野生灵芝菌株为研究材料,以6个外源菌株为参考菌株,采用MEGA4软件对ITS序列进行NJ法聚类分析,构建系统发育树。结果显示4个灵芝菌株ITS序列与另外6个参考菌株对齐序列长度在357～369 bp之间,G/C含量变化为43.4%～57.7%;德昌灵芝1#、德昌灵芝4#和通江灵芝亲缘关系最近,遗传距离为0,德昌灵芝3#与它们的遗传距离为0.0029;与4个野生灵芝菌株亲缘关系由近到远分别是韩芝、红芝、灵芝(中国科学院微生物研究所)、黑灵芝、血芝、云芝;结合4个野生菌株的ITS序列分析结果和形态特征,4个菌株被鉴定为灵芝(Ganoderma lucidum)种类的不同株系。
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基于amy基因的中国野桑蚕遗传多样性及其与家蚕的系统发育关系
《昆虫学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为探索中国野桑蚕Bombyx mandarina的遗传多样性及其与家蚕B.mori的系统发育关系,采用PCR产物直接测序法(少数样本克隆测序)获得34个家蚕和野桑蚕样本淀粉酶基因amy序列片段(715bp)。分析发现56个多态性位点,鉴定出28种单倍型(haplotype);核苷酸多样性π=0.01390±0.00103,单倍型多样度Hd=0.988±0.011。核苷酸不配对分析(mismatchan alysis)和Fu’sFs检测表明中国野桑蚕曾发生过种群扩张。分子方差分析(AMOVA)表明,遗野桑蚕传差异主要在种群内,种群间和地理组群间差异不显著。聚类树上34个样本聚为3枝/3蔟,野蚕和家蚕都不按地理区域或系统(类型)聚类,A枝由来自不同地区的野蚕和不同类型的家蚕混合构成,并且进一步分成3个亚枝,每一亚枝也同时包含家蚕和野蚕,B枝由3个家蚕和1个野蚕混合构成,C枝全部由来自不同地区的野蚕构成。网络分析没有发现"祖先单倍型"和优势单倍型。结果提示,淀粉酶基因是一个多态性丰富的分子标记,中国野桑蚕遗传多样性十分丰富,据此推测家蚕起源于多种生态类型混杂的野桑蚕。
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