科研产出
中江县丹参连作土壤细菌多样性研究
《西南农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】为了揭示中江县丹参连作土壤的细菌多样性。【方法】在中江丹参GMP基地采取患病丹参根际与非根际土壤、正常生长丹参根际与非根际土壤,采用可培养和免培养技术细菌研究供试土壤的细菌类群变化。【结果】应用稀释分离法,从供试土壤中获得46株可培养细菌,16S rDNA-RFLP分析表明,在79%相似水平分为7个遗传群,对代表菌株16S rDNA进行序列分析,构建了系统发育树,供试菌株为芽孢杆菌属(Bacillus)、短杆菌属(Brevibacterium)、拜叶林克氏菌属(Beijerinckia)和假单胞菌属(Pseudomonas)。【结论】PCR-DGGE图谱聚类分析表明,丹参连作显著影响了土壤细菌类群,供试土壤细菌类群间存在着明显的遗传多样性;条带克隆测序表明绝大多数菌株属于未培养细菌。
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四川阿坝不同生境绿绒蒿内生放线菌多样性
《微生物学通报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【背景】目前国内外对绿绒蒿内生放线菌的研究较为鲜见,利用可培养和免培养的方法可以丰富绿绒蒿内生放线菌资源。【目的】药用植物绿绒蒿生长于高海拔地区,而四川阿坝州生态环境适合绿绒蒿的生长,本研究旨在探究绿绒蒿内生放线菌的多样性及群落结构。【方法】从阿坝州6个不同地理位置采集的药用植物绿绒蒿,经严格的表面消毒后,用可培养和PCR-DGGE技术相结合的方法对其内生放线菌进行分析。【结果】可培养方法分析表明不同器官放线菌数量为根>叶>茎>花;16S r DNA限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)分析将供试菌株分为7个遗传群,系统发育分析表明,绿绒蒿内生放线菌可分为3簇遗传群落,链霉菌属(Streptomyces)为优势菌群,占总数的50%,还包括北里孢菌属(Kitasatospora)和厄氏菌属(Oerskovia),其中茎分离的放线菌多样性最好。不同地理位置的绿绒蒿经过PCR-DGGE技术分析表明,采样点松潘尕力台的根、茎、叶多样性指数最好,红原安曲乡的花多样性指数最好,而同一地理位置绿绒蒿内部组织之间总体来看茎和花的多样性指数最好,通过测序条带系统发育发现绿绒蒿内生放线菌可分为8簇遗传群落,红球菌属(Rhodococcus)为优势菌群,占总数的70%,还包括棒杆菌属(Corynebacterium)、诺卡氏菌属(Nocardia)、微球菌属(Micrococcus)、栖霉菌属(Mycetocola)、微杆菌属(Microbacterium)、假诺卡氏菌属(Pseudonocardia)和链霉菌属(Streptomyces)。【结论】绿绒蒿根、茎、叶、花组织中具有丰富的多样性,能够为以后活性物质和药用功效的研究奠定基础。
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不同品种桑树根际土壤细菌群落及土壤理化性质的研究
《蚕业科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：桑树与土壤的物质交换发生在根际土层,研究不同品种桑树根际土壤的细菌群落,对了解不同品种桑树的根系生理活动差异,确定有利于桑树生长发育的土壤细菌群落生态系统有重要意义。对采集的不同品种桑树根际土壤细菌的16S r DNA部分序列进行PCR,根据扩增产物的变性梯度凝胶电泳(DGGE)图谱计算Shannon-Weaver多样性指数(H)、丰富度(S)和均匀度(E),并结合土壤理化性质,对20个桑品种的桑树根际土壤细菌群落的多样性进行分析。在一定范围内,各桑品种的桑树根际土壤细菌群落多样性指数与含水率和速效钾含量呈负相关,而与p H值及碱解氮、速效磷、有机质和全氮含量呈正相关,说明不同品种桑树根系的生理活动影响到根际土壤的理化性质;不同品种桑树根际土壤中存在共有的细菌,根际土壤细菌16S r DNA扩增产物的DGGE图谱呈现13个优势条带,其中4个条带属于γ-变形菌纲,有4个条带属于拟杆菌门,占条带总数的57.14%,为桑树根际土壤中的优势菌群;20个桑品种的桑树根际土壤样品细菌群落的Shannon-Weaver指数,以实钴11-6最高,桐乡青最低,说明不同品种桑树的根际土壤细菌群落多样性存在差异。综上结果建议生产上选择适合桑品种的栽培土壤并改善土壤质量和施用高效微生物肥料,促进桑树根际土壤优势菌群的形成,从而促进桑树生长。
关键词： 桑品种 根际土壤 细菌群落 16S r DNA 变性梯度凝胶电泳 土壤理化性质
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基于PCR-DGGE分析不同品牌郫县豆瓣酱真菌多样性
《食品科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：以不同品牌的郫县豆瓣酱为研究对象,通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳免培养技术分析样品中微生物真菌菌群结构,并对典型条带进行测序,构建系统发育进化树。结果表明:郫县豆瓣酱真菌菌群种类较丰富,不同品牌的郫县豆瓣酱真菌菌群既包含共有菌群又存在一定差异。假丝酵母(Candida sp.)、曲霉(Aspergillus)、鲁氏酵母(Zygosaccharomyces rouxii)、奥默柯达酵母菌(Kodamaea ohmeri)是优势种群,尤其是黄曲霉(Aspergillus flavus)共有10个条带,占整个测序条带32.25%,表明郫县豆瓣酱的生产应特别注意防控黄曲霉。
关键词： 郫县豆瓣 真菌 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳 多样性
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红地球葡萄健康叶片内生细菌多样性分析
《植物病理学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：本研究利用平板分离方法和变性凝胶梯度电泳(DGGE)技术,分析了北京、成都、合肥、武汉等4个地区的红地球葡萄在开花期、成熟期和衰老期健康叶片中内生细菌的群落结构。平板分离培养结果表明不同地区葡萄叶片中的内生细菌数量在8.0×10~3~2.8×10~4CFU·g~(-1)之间,其中武汉地区最高;不同生长时期葡萄叶片中的内生细菌数量在0.8×10~3~1.5×10~4CFU·g~(-1)之间,其中成熟期数量最大。扩增16S rRNA基因序列鉴定,分离获得的内生细菌属于芽胞杆菌属、泛菌属、短小杆菌属、假单胞菌属和葡萄球菌属,芽胞杆菌属为常见菌群。DGGE分析结果显示,同一地区和同一生长时期的样品间相似性较高;不同地区以成都地区的内生细菌种类最丰富;不同生长时期以成熟期种类最多。对特征条带回收测序,结果显示不可培养细菌和未确认的海洋浮游细菌在葡萄叶片中大量存在。
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川楝内生放线菌多样性及群落结构研究
《四川大学学报(自然科学版) 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为深入挖掘川楝药材中的微生物资源,研究分析了川渝地区川楝内生放线菌的多样性和群落结构.运用PCR-DGGE技术对重庆万州、四川资阳、四川遂宁三个地区采集的川楝样品进行分析.DGGE图谱显示不同地区相同部位的样品以及相同地区的不同部位之间川楝内生放线菌都存在多样性差异,这种差异来自于地域环境和自身代谢水平的不同.不同部位总体上呈现树皮的多样性最丰富,而果实的多样性最差.对DGGE条带进行回收测序,共获得24条序列,归于11个属,链霉菌属(Streptomyces)为优势菌属占25%,其余的川楝内生放线菌归于为芽球菌属(Blastococcus)、气微菌属(Aeromicrobium)、中村氏菌属(Nakamurella)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、棒杆菌属(Corynebacterium)、红球菌属(Rhodococcus)、冷杆菌属(Cryobacterium)、微杆菌属(Microbacterium)、诺卡氏菌属(Nocardioides)、利夫森氏菌属(Leifsonia)等稀有放线菌属,占总数的75%.结果表明分布于不同地域的川楝各组织内生放线菌多样性及群落结构存在差异,蕴藏着丰富的放线菌资源.
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不同施肥制度对石灰性紫色水稻土中氨氧化古菌群落结构的影响
《生态学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：研究不同施肥制度对水稻土氨氧化古菌(AOA)群落结构和垂直分布特征的影响,可以深入认识不同施肥制度下的石灰性紫色水稻土氮素循环特征及微生物驱动机制,为该地区科学施肥、培肥地力提供理论依据。利用化学分析和变性梯度凝胶电泳(DGGE)对不同施肥制度下石灰性紫色水稻土理化性质和AOA群落结构进行了分析。结果显示:相对于无肥处理,施肥会降低石灰性紫色水稻土pH和硝氮含量,而增加土壤有机质、全氮和氨氮含量。伴随土壤深度增加,土壤pH增加,全氮和硝氮含量降低,氨氮含量变化趋势不明显。不同施肥制度在不同土壤深度对石灰性紫色水稻土AOA群落结构产生不同的胁迫效应,不同施肥制度下的AOA群落结构在0—20 cm处差异不明显;土壤深度增加,不同施肥制度下的AOA群落结构表现出明显差异,CK和N肥处理下的AOA群落结构较简单。AOA群落结构多样性指数和丰富度随土壤深度增加而减小。石灰性紫色水稻土AOA与来自不同土壤和水体环境的AOA具有明显相似性。冗余梯度分析(RDA)显示pH(P=0.012)是造成石灰性紫色水稻土AOA群落结构差异的主要原因。研究揭示石灰性紫色水稻土中的AOA群落结构受施肥制度明显影响并表现出明显的垂直分布特征。
关键词： 长期定位施肥 石灰性紫色水稻土 DGGE AOA群落结构
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利用DGGE分析窖泥复合功能菌液的细菌群落结构
《中国酿造 》 2016 北大核心
摘要：采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析窖泥复合功能菌液中各原料(窖泥、酒糟、大曲粉、黄水、己酸菌)对其细菌群落结构的影响。群落结构相似性分析结果显示,从窖泥复合功能菌液原配方中去除酒糟、己酸菌和黄水后进行培养,菌液细菌群落结构与窖泥复合功能菌液的相似性指数(Sc)仅为0.34;多样性指数分析结果显示,去除酒糟或己酸菌,细菌多样性指数(H)显著下降(p<0.05),去除己酸菌的窖泥复合功能菌液多样性指数(H)下降最为明显。结果表明,窖泥复合功能菌液中各组分对菌液的细菌群落结构存在一定影响,其中以己酸菌的影响最大。该研究为改良优化窖泥复合功能菌液的配方提供理论依据。
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镍矿区紫茎泽兰根际及内生细菌多样性研究
《四川大学学报(自然科学版) 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：利用变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)技术对四川省攀枝花市镍矿区紫茎泽兰根际及不同器官中内生细菌多样性进行分析.结果表明,紫茎泽兰根际与不同器官内生细菌多样性存在明显差异,香农-威纳指数(H)、丰度(S)及均匀度(EH)皆表现为根际土>叶>茎>根.土壤重金属含量与内生细菌多样性相关性分析表明,样品的丰度(S)与Zn含量呈显著正相关(P<0.05).典型对应分析(cononical correspondence analysis,CCA)显示,根际土细菌多样性受Zn、Cd、Pb、Ni等重金属负向影响;紫茎泽兰叶内生细菌多样性与土壤Cu元素浓度呈负相关关系.DGGE条带回收测序结果显示,根际及内生细菌主要为变形菌门(Proteobacteria)、异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、放线菌门(Actinobacteria)及部分不可培养的细菌.
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浓香型白酒窖泥放线菌的群落结构及其多样性
《生态学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：以泸州老窖1、50、100和400年窖泥为研究对象,采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)研究浓香型白酒窖泥放线菌的群落结构及其多样性。DGGE图谱显示,除1年样品外,其余窖底泥多样性指数(H)均低于同窖龄窖壁泥,但均匀度指数(EH)较高。不同窖池相同部位窖泥的群落结构变化趋势为:随窖龄的延长,窖壁泥H值逐渐上升,为1.74—2.28;窖底泥下降,为1.73—2.07。EH值均为波动下降,分别在0.986—0.991和0.971—0.994之间。窖底泥相似性系数(SC)逐渐上升,为0.46—0.82;窖壁泥为0.31—0.62。DGGE条带测序结果显示,窖泥放线菌归于Olsenella、Atopobium、Streptomyces和Corynebacterium 4个属。Olsenella和Atopobium属为共有的优势属,且在窖壁泥中的优势度(di)均随窖龄延长而降低,在窖底泥中升高。实验结果表明,浓香型白酒窖泥蕴藏着丰富的放线菌资源,群落结构和多样性存在差异,菌群演替呈现一定规律性。
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