科研产出
烟草成熟期土壤细菌群落结构及多样性
《中国烟草学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为研究烟草成熟期(下部叶采收期)根际及非根际土壤细菌群落结构和多样性,利用PCR-DGGE技术对攀枝花市盐边县主要烟区采集的5个烟草根际土样和5个非根际土样进行分析。结果表明,非根际与根际土壤细菌群落结构差异显著,非根际土壤的细菌多样性甚至超越根际,表明烟草成熟期根际效应没有显现,并且有减弱甚至负向效应出现,这可能与烟草成熟期根系分泌物的影响有关。条带克隆测序表明,根际土壤中优势细菌的群落结构更为丰富,而非根际土壤中则相对较弱。Steroidobacter菌是烟田土壤中的优势细菌;硝化螺菌属(Nitrospira)细菌、Rhizobiales目下未定类细菌等为烟草根际土壤中优势细菌;放线菌目(Actinomycetales)未定类放线菌和Chitinophagaceae科未定类细菌为非根际土壤中优势细菌。研究证明成熟期的烟草根际效应出现一定程度减弱。
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烟草土壤真菌群落结构和多样性及环境因子对其影响
《四川师范大学学报(自然科学版) 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：以盐边县代表性烟草种植区域的成熟期烟草根际及非根际土壤为研究对象,利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析了真菌(18S基因)群落结构和多样性,结合之前研究所得土壤理化性质,应用多元回归树分析研究了土壤环境因子对真菌多样性的影响.免培养真菌群落结构和多样性的分析结果表明,系统的根际效应在成熟期烟草中没有体现.条带克隆测序结果表明,成熟期烟草根际和非根际免培养真菌优势种群差异显著,其中,以EF6-1为代表的不可培养真菌为非根际土壤中的特异真菌;以EF7-1为代表的不可培养真菌为根际土壤中的特异真菌.同时烟草成熟期根际土壤中优势免培养真菌为角担菌科(Ceratobasidiaceae)、伞菌纲(Agaricomycetes)、散囊菌纲(Eurotiomycetes)、马拉色菌属(Malassezia)、球囊霉属(Glomus)及部分不可培养真菌;而角担菌科(Ceratobasidiaceae)、伞菌纲(Agaricomycetes)及部分不可培养真菌为烟草成熟期非根际优势真菌.多元回归树分析结果表明,土壤环境因子中速效钾含量对真菌群落结构及多样性影响最大.
关键词： 成熟期 群落结构 多样性 多元回归树 变性梯度凝胶电泳
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四川松茸内生细菌群落结构与多样性
《应用生态学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：为了解松茸的内生细菌群落结构与多样性,以采自四川7个松茸主产区的14个松茸样品为材料,通过变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析其内生细菌的群落结构与多样性差异.结果表明:各个产区松茸样品的内生细菌群落结构与多样性存在明显差异.但采自相近地点、相似环境的松茸样品内生细菌群落结构相似性较高;样品的丰度范围为15~25,多样性指数依次为盐源>冕宁>会东>木里>雅江>盐边>小金;条带回收测序构建的系统发育树显示,松茸内生细菌种群丰富,各个产区松茸优势种群存在一定的差异,但假单胞菌属、爱文菌属、芽孢杆菌属在所有样品中均有分布,而且都占据一定的优势地位.产碱杆菌属与鞘氨醇杆菌属在大部分样品中为优势种群;而杜擀氏菌属、赖氨酸芽孢杆菌属在特定样品中为优势种群.表明松茸内生细菌具有丰富的多样性,研究结果可为筛选促进松茸生长的内生菌提供依据.
关键词： 松茸 内生细菌 群落结构 PCR-DGGE 促生细菌
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浓香型白酒窖泥古菌群落结构及其多样性
《食品与发酵工业 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：以泸州老窖1、50、100和400年窖泥为研究对象,采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)研究浓香型白酒窖泥古菌的群落结构及其多样性。DGGE图谱显示,同窖池窖泥多样性指数(H)和均匀度指数(EH)均以窖底泥较高。不同窖池同部位窖泥的H值差异较大,窖壁泥和窖底泥H值分别为2.54~2.86和2.76~3.23;EH值差异较小,且随窖龄延长而上升,分别为0.985~0.991和0.991~0.995。此外,同窖池窖泥的群落结构相似性系数(S C)水平较高,为0.36~0.74;其次是窖底泥,为0.42~0.63;窖壁泥为0.36~0.52。测序结果显示,与DGGE条带序列亲缘最近的种属均为产甲烷菌,归于甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、甲烷杆菌属(Methanobacterium)、甲烷鬃菌属(Methanosaeta)和甲烷囊菌属(Methanoculleus)。其中,甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)在不同窖泥中占优势,优势度为7.23%~39.64%。实验结果表明,浓香型白酒窖泥古菌群落结构及其多样性因窖龄和空间分布的不同而存在差异,其中以同窖池古菌种类较相似,窖底泥群落结构较稳定;窖泥中蕴藏着产甲烷菌资源,具有进一步开发研究的价值。
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花苜蓿内生放线菌多样性及群落结构
《草业学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：为了了解药用植物花苜蓿内生放线菌的多样性和群落结构,将采自四川省甘孜地区的药用植物花苜蓿进行严格的表面消毒灭菌后,运用变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)技术对其根茎叶花等样品的内生放线菌进行分析。结果表明,花苜蓿不同组织中内生放线菌多样性和群落结构存在明显差异。其内生放线菌的多样性指数(H)和丰富度(S)均是花>根>茎>叶,而均匀度(EH)则是叶>根>茎>花。不同组织样品之间的放线菌群落结构相似性差异明显,其中茎与叶的相似性最高,根与叶之间相似性最低,其他组织之间相似性均很低。DGGE条带回收测序结果显示,大部分克隆条带属于链霉菌属(Streptomyces),但仍有超过43%的条带属于稀有放线菌,且主条带A23和共有条带A12属于稀有放线菌,说明部分稀有放线菌在花苜蓿样品内是优势放线菌。该研究表明了花苜蓿根茎叶花组织的内生放线菌存在丰富的多样性,且不同组织内生放线菌多样性存在明显差异,其中花组织多样性最丰富。说明甘孜地区的药用植物花苜蓿可作为一种较理想的分离内生放线菌的植物资源。
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泸州老窖不同窖龄窖泥中乳酸菌多样性PCR-DGGE分析
《应用与环境生物学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：乳酸菌是窖泥中的重要功能菌群,参与了浓香型白酒风味形成,因而探明窖泥中乳酸菌的种群特征,对于提高白酒品质具有重要意义.采用PCR-DGGE技术对泸州老窖不同窖龄窖泥乳酸菌种群进行了分析.结果显示,根据DGGE图谱条带情况,不同窖泥样品中乳酸菌多样性差异明显;多样性指数分析结果表明,样品的Patrick丰富度指数R介于14-19,Shannon-Wiener指数H值介于2.634 5-2.888 9之间,Simpson指数C值介于0.055 7-0.071 9.根据图谱选取16条DGGE条带进行序列分析,它们分属于Lactobacillus(乳杆菌属)、Pediococcus(片球菌属)、Weissella(魏斯氏菌属)、Enterococcus(肠球菌属)、Exiguobacterium(微小杆菌属)、Bacillus(杆菌属)、Rummeliibacillus属以及Cohnella属,其中Lactobacillus(乳杆菌属)为优势菌属,L.acetotolerans(耐酸乳杆菌)为窖泥中乳酸菌的优势种群.图5表2参24
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秸秆还田与施肥对稻田土壤微生物生物量及固氮菌群落结构的影响
《生态学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：利用氯仿熏蒸法和变性梯度凝胶电泳法(PCR-DGGE)研究了秸秆覆盖还田与施肥对灰棕冲积水稻土0—10cm和10—20cm土层土壤微生物生物量碳、氮和固氮菌群落结构的影响。结果表明:土壤微生物量碳、氮和固氮菌多样性从0—10cm土层到10—20cm土层均呈现降低趋势。无秸秆覆盖处理(对照组)的土壤微生物生物量碳(SMB-C)和微生物生物量氮(SMB-N)量最小。在秸秆覆盖还田处理中,低氮和无钾处理的SMB-C和SMB-N都显著低于全量氮磷钾肥处理。虽然无磷处理的SMB-N低于全量氮磷钾处理,但差异不显著。说明秸秆覆盖还田配施充足氮磷钾肥能显著提高土壤微生物生物量碳、氮。由DGGE图谱多样性指数分析得知,配施充足氮磷钾肥的处理土壤的固氮菌多样性最丰富。UPGMA聚类分析显示,10种不同处理的聚类图也不同,对照(无秸秆)处理0—10cm和10—20cm的微生物不同于其它处理单独聚在了一个群里。DGGE条带测序得知,14个条带的近缘种大部分为非培养细菌nifH基因片段,主要优势菌群其归属于变形菌门(Proteobacteria)的β-变形菌纲(Betaproteobacteria)。应用PCR-DGGE技术可以解释灰棕冲积水稻土秸秆覆盖不同肥料用量固氮菌分子群落结构特点。
关键词： 秸秆还田 灰棕冲积水稻土 微生物生物量 PCR-DGGE 固氮菌群落结构
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长期定位施肥对石灰性紫色水稻土AMF多样性的影响
《菌物学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为了解长期定位施肥对石灰性紫色水稻土丛枝菌根真菌(AMF)物种多样性的影响,从稻麦轮作下连续26年定位施农家肥(M)、氮肥+农家肥(NM)、氮磷肥+农家肥(NPM)、氮磷钾肥+农家肥(NPKM)、不施肥(CK)、氮肥(N)、氮磷肥(NP)、氮磷钾肥(NPK)等不同施肥处理小区采集根区土样,分离鉴定AMF、测定多样性特征。共鉴定出17种AMF,其中球囊霉属Glomus12种,占已分离总数的70.5%,为优势属;无梗囊霉属Acaulospora3种,占17.6%;原囊霉属Archaeospora和内养囊霉属Entrophospora各1种,各占5.9%。无论是石灰性紫色土种植水稻还是小麦,AMF侵染率最高的施肥处理均为无肥处理(CK),施肥特别是磷肥,降低AMF侵染率、孢子密度、相对多度和种丰度。变性梯度凝胶电泳(denaturinggradient gel electrophoresis,DGGE)分析结果表明,不施肥对照(CK)的AMF多样性最丰富,多样性指数最高,水稻和小麦种植下的多样性指数分别为2.68和3.02;与无机肥处理相比,农家肥配施无机肥提高了AMF多样性指数。农家肥配施无机肥更有利于AMF发育。
关键词： NPK肥料 农家肥 土壤质量 表型分析 变性梯度凝胶电泳
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烟草成熟期根际硝化细菌种群的结构及其多样性
《中国农业科学 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：【目的】研究烟草成熟期的根际及非根际土壤硝化细菌群落结构和多样性。【方法】运用PCR-DGGE技术对攀枝花市盐边县主要烟区采集的5个烟草根际土样和5个非根际土样进行分析。【结果】所有样品的DGGE图谱表明:各个土壤的硝化细菌群落结构和多样性有较大差异。根际土壤的多样性指数(H)、丰度(S)及均匀度(EH)并非都高于非根际土壤,这可能与烟草成熟期根系分泌物对硝化细菌的抑制有关。不同的土壤类型间的硝化细菌结构有较大的差异。回收的DGGE条带序列结果显示,大部分与冰川、溶岩等极端环境中非培养硝化螺菌属(Nitrospira sp.)相近,而小部分与目前尚未可知的非培养硝化细菌相近。【结论】成熟期的烟草根际土壤中硝化细菌多样性程度总体优于非根际土壤。
关键词： 烟草 成熟期 硝化细菌 群落结构 PCR-DGGE
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长期定位施肥对石灰性紫色水稻土古菌群落结构的影响
《生物多样性 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：为了认识长期施肥对石灰性紫色水稻土培肥和肥力演化的作用,结合变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)和限制性酶切片段长度多态性(RFLP)技术,研究了稻麦轮作下农家肥(M)、氮肥+农家肥(NM)、氮磷肥+农家肥(NPM)、氮磷钾肥+农家肥(NPKM)、无肥(CK)、氮肥(N)、氮磷肥(NP)、氮磷钾肥(NPK)等不同施肥制度对石灰性紫色水稻土古菌群落结构的影响。研究结果表明,长期定位施肥明显影响土壤中的古菌组成。在长期施用氮肥+农家肥、氮磷肥和氮磷钾肥+农家肥处理的土壤中,古菌多样性指数低于农家肥、氮磷肥+农家肥、无肥、氮肥和氮磷钾肥处理。在DGGE图谱的基础上,分别选择种植水稻和小麦的氮磷钾肥处理土壤样品,对古菌克隆子的16SrDNA序列进行了系统发育分析,发现水稻土古菌与各种土壤及水体环境的古菌极其相似。对DGGE图谱的聚类分析发现,不管是种植水稻还是小麦,8种施肥处理的古菌都聚在3个群里。种植水稻时,M和NPK处理下的土壤古菌聚成第一个群,NP处理下的聚成第二个群,另外5种施肥处理(NPKM,NM,CK,N和NPM)聚成第三个群。种植小麦时,NPKM和M处理下的土壤古菌聚成一个群,NP处理下的聚成第二个群,N、NPK、NM、NPM和CK处理下的聚成第三个群。聚类分析结果显示,作物类型会影响土壤古菌群落结构。
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