科研产出
喷施赤霉素对"三青"莴笋生长、光合电子传递和氰化物含量的影响
《西南农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探讨喷施赤霉素（GA3）对"三青"莴笋高效安全生产的影响。【方法】以"高山青"莴笋为试材,采用叶面喷施的方法,研究了喷施GA3（0、12.5、25、50、100 mg/L）对"三青"莴笋生长、光合电子传递和氰化物的影响。【结果】喷施不同浓度的GA3均增加了莴笋株高和茎粗,T4处理"三青"莴笋株高最大,但与T3处理无显著差异。除11月25日,喷施GA3后"三青"莴笋茎粗均以T3为最大,但与T4处理无显著差异。光合指标、氰化物含量选取T3处理（50 mg/L GA3）和CK进行测定,喷施GA3增加了"三青"莴笋光合电子传递性能和氰化物含量。通过转录组分析,发现许多与光合作用和氰化物相关的基因显著上调。【结论】喷施GA3增强了莴笋叶片自身光保护能力,提高了光合作用,增加了氰化物含量,但氰化物含量低于食品安全规定。
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对具有一个共同亲本的杂种F_1育性差异的初步研究
《四川农业大学学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：【目的】对具有一个共同亲本的杂种F_1所表现出的育性差异进行了研究。【方法】观察了F_1的育性、减数分裂配对情况;采用SLAF-Seq-BSA(specific-locus amplified fragment sequencing and bulked segregant analysis)技术,对与育性有关系的基因进行关联分析;对不育F_1及其两个亲本的花药的转录组进行了分析。【结果】在不同播期下,正反交杂种F_1表现出稳定的不育特性,其自交结实率低于0.5%(国内法)。雄性不育的014-459/川麦55和可育的014-459/绵08-9杂种F_1减数分裂时染色体行为相似。SLAF分析将不育相关基因在染色体上的关联区域限定在2D染色体上的3个区域,转录组分析将亲本和F_1之间表达有差异的基因确定出来,结合SLAF分析和转录组分析,找到了F_1不育的育性相关基因。【结论】减数分裂染色体行为异常不是014-459和普通小麦的杂种F_1表现不育的原因。F_1不育是一种新的不育类型,初步确定与F_1表现出不育的关联基因是2D01G027900,GO注释号是0009753,其主要功能是对茉莉酸起响应。
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黄肉猕猴桃中果皮和内果皮不同时期比较转录组分析
《分子植物育种 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：类胡萝卜素是果实中的重要色素之一。本研究中,我们对黄肉猕猴桃(‘金实1号’)中果皮与内果皮4个不同发育时期(开花后0 d, 44 d, 81 d, 189 d,分别标注为T1时期, T2时期, T3时期, T4时期)类胡萝卜素含量测定结果表明,类胡萝卜素含量在T1时期最高,而后随着果实的发育逐步降低,在果实成熟期(T4时期)又有一定程度升高。转录组分析显示在|log2 Ratio|≥1和FDR<0.05阈值下,中果皮和内果皮在T2、T3、T4时期检测到的差异基因数目分别为5 665个、6 288个、9 293个和5 010个、5 524个、9 190个。Gene Ontology (GO)分析表明,这些差异表达基因被富集到50个GO类别,其中属于"生物学过程"的有22个类别,属于"细胞组分"的有16个类别,属于"分子功能"的有12个类别。此外我们还鉴定到14个类胡萝卜素生物合成相关基因差异表达,其中3个基因随果实发育上调表达,11个基因随果实发育下调表达,这一结果与类胡萝卜素含量变化模式相吻合。本研究有助于认识果实中类胡萝卜素调控机制,并且对今后彩色猕猴桃选育种工作有一定的指导意义。
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红肉猕猴桃果实发育期不同果肉部位比较转录组分析
《分子植物育种 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：红肉猕猴桃中果皮和内果皮在果实发育不同时期色泽变化模式有显著差异,但目前对于其内在的分子调控机制尚不清楚。本研究中,利用高通量测序技术,对红肉猕猴桃(‘红实2号’)中果皮与内果皮4个不同发育时期(开花后0 d, 28 d, 75 d, 157 d,分别标注为T1时期, T2时期, T3时期, T4时期)的样本进行转录组测序。经去除低质量数据后,得到Clean reads数目为2 192～4 331万,检测到的基因数目为24 607～29 170个。在(log2 Ratio)≥1和FDR<0.05阈值下,中果皮和内果皮在T2、T3、T4时期检测到的差异基因数目分别为1 880个、4 799个、7 346个和4 31个、1 493个、7 700个。KEGG分析显示这些差异表达基因被富集到68个代谢途径,包括DNA复制、RNA转运、蛋白质输出、植物激素信号转导、类黄酮生物合成、花青素合成、淀粉与蔗糖的代谢等。此外我们还鉴定到13个花青素合成相关基因差异表达,大部分基因的表达量随果实的发育呈现下降趋势,这一结果与花青素含量变化模式相吻合。本研究不仅深化了对猕猴桃果实成色差异机理的认识,还对今后的彩色猕猴桃选育种工作有一定的帮助。
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挥发性抑芽物质对马铃薯块茎萌芽的影响及其作用机制
《作物学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：马铃薯块茎过早萌芽会降低商品价值,本试验比较挥发性物质的抑芽效应,并从转录和蛋白水平分析其作用机制。结果表明,抑芽能力薄荷醇(29)樟脑(29)萘,萌芽受抑降低代谢消耗,薄荷醇处理180 d时的重量损失只有对照损失的36%。樟脑处理萌芽块茎3 d引起表达显著上调(或下调)的基因和蛋白分别有1227 (299)和296 (204)个,主要参与响应刺激、防御反应。贮藏期间,果胶代谢基因PEL、PME、PG,角质合成基因CYP77A6、HPFT、WES,乙烯合成基因ACO以及转录因子编码基因GATA4L的表达量随时间升高。樟脑早期不同程度地刺激这些基因表达,中后期则抑制,49d时只有对照的0.68%～23.35%。薄荷醇使上述基因表达保持低水平,但可提高细胞周期负控基因KRP4的表达,为对照的15.9倍。植物病原菌互作通路中的基因WRKY75、STH-2、RBOH表达受樟脑诱导并在后期高表达。樟脑和薄荷醇均能抑制生长发育基因的表达,造成芽死亡,降低贮藏损耗。前者早期能促进合成保护性物质,萌芽时有更强烈的抗菌反应;后者则阻碍细胞分裂。
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川明参转录组分析及SSR分子标记开发
《中药材 》 2019 北大核心
摘要：目的:获得川明参转录组信息,探索川明参多糖和黄酮类化合物生物合成途径相关的基因,开发高效的SSR分子标记。方法:利用Illumina HiSeq 2500高通量测序对川明参全株进行转录组测序,经CAP3软件拼接组装后获得Unigenes,然后进行生物信息学分析。结果:获得了46 576 691条Clean Reads。从头组装产生了64 984条Unigenes。通过Blastx比对分析显示,比对到Uniprot数据库的Unigenes有35 604条(54.80%),Nr数据库有35 591(54.80%)条,GO数据库有18 291条(28.20%),COG数据库有19 950条(30.70%)。8 141条Unigenes(12.50%)映射到242条代谢通路,其中,58条Unigenes参与黄酮类化合物的生物合成,128条Unigenes参与川明参多糖的生物合成,共编码了28种不同的酶。此外,检测到18 271个SSR位点,设计SSR引物842对,选择30对引物用于36份川明参样品的遗传多样性分析,其中13对引物能在36份样品中成功扩增出条带。结论:川明参转录组数据可为探索川明参次生代谢产物的生物合成机制提供重要的参考,也可为川明参的遗传多样性研究和分子标记辅助育种提供依据。
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基于银耳转录组测序的多糖代谢途径分析
《西南农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：[目的]对银耳进行转录组测序分析,分析多糖生物合成途径和挖掘关键功能基因.[方法]采用Illumina Hiseq 2500测序平台对银耳菌丝体进行测序,组装得到unigene序列,并与公共数据库进行对比分析和注释,挖掘果糖和甘露糖代谢通路相关基因.[结果]本研究共得到4.72 Gb raw data,拼接后获得17 008条unigene序列,N50为2073 bp;注释结果表明,76.47%序列能够注释到Uniprot公共数据库,注释到GO分类和KEGG通路的unigene分别为10 152和5671条.进一步分析银耳果糖和甘露糖代谢途径相关基因,挖掘得到74条unigene;其中编码L-iditol 2-dehydrogenase的unigene最多,其次是butanol dehydrogenase.[结论]基于转录组测序数据解析及预测,为研究银耳多糖和其它产物的生物合成途径及分子机制提供了数据支持,也为银耳品质的形成提供理论依据.
关键词： 银耳 转录组 果糖和甘露糖代谢途径
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美国大灵芝(Ganoderma oregonense)转录组SSR位点的生物信息学分析
《中国农业科技导报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为了解美国大灵芝(Ganoderma oregonense)转录组中的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息,并为开发灵芝分子标记辅助育种技术奠定基础,将高通量转录组测序获得的美国大灵芝转录组数据通过Trinity软件拼接组装,再利用MISA软件分析其SSR位点信息。随后采用Primer 3根据SSR位点设计特异性鉴别引物,并以灵芝DNA为模板,对其有效性进行验证。共获得65 064条单基因簇(unigene),在其中2 981条unigene中检测到3 380个符合软件参数的SSR位点,发生频率为5.19%,平均分布距离为12.60 kb。美国大灵芝转录组SSR位点总长度为52 168 bp,平均长度为15 bp。单核苷酸、三核苷酸是美国大灵芝转录组SSR的主要重复类型,分别占总SSR的35.33%和38.67%。SSR基元重复次数范围为5~73次,其中5次重复的发生次数最高。SSR重复基元共有98个类型,其中C/G是最常见的重复基元,比例为17.72%,其次是A/T,比例为17.60%。针对3 380个SSR位点设计出2 324对SSR引物,随机选择15对引物对3种灵芝栽培品种进行PCR扩增,10对引物可稳定扩增出条带,其中8对在3个灵芝栽培品种中表现出多态性。说明美国大灵芝转录组SSR位点多态性丰富,对灵芝的功能基因挖掘、分子标记辅助育种开发以及遗传多样性分析等具有重要意义。
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