文献类型： 中文期刊
作者： 沙秀芬 1 ; 袁灿 1 ; 陈媛媛 1 ; 彭芳 1 ; 陶珊 1 ; 李群 2 ; 张超 1 ;
作者机构： 1.四川省农业科学院经济作物育种栽培研究所
2.四川师范大学生命科学学院
关键词： 川明参;转录组;代谢途径;生物合成;分子标记
期刊名称： 中药材
ISSN： 1001-4454
年卷期： 2019 年 11 期
页码： 2519-2527
收录情况： 北大核心
摘要： 目的:获得川明参转录组信息,探索川明参多糖和黄酮类化合物生物合成途径相关的基因,开发高效的SSR分子标记。方法:利用Illumina HiSeq 2500高通量测序对川明参全株进行转录组测序,经CAP3软件拼接组装后获得Unigenes,然后进行生物信息学分析。结果:获得了46 576 691条Clean Reads。从头组装产生了64 984条Unigenes。通过Blastx比对分析显示,比对到Uniprot数据库的Unigenes有35 604条(54.80%),Nr数据库有35 591(54.80%)条,GO数据库有18 291条(28.20%),COG数据库有19 950条(30.70%)。8 141条Unigenes(12.50%)映射到242条代谢通路,其中,58条Unigenes参与黄酮类化合物的生物合成,128条Unigenes参与川明参多糖的生物合成,共编码了28种不同的酶。此外,检测到18 271个SSR位点,设计SSR引物842对,选择30对引物用于36份川明参样品的遗传多样性分析,其中13对引物能在36份样品中成功扩增出条带。结论:川明参转录组数据可为探索川明参次生代谢产物的生物合成机制提供重要的参考,也可为川明参的遗传多样性研究和分子标记辅助育种提供依据。
- 相关文献
[1]杏鲍菇转录组数据SSR位点的生物信息学分析. 陈诚,熊川,陈祖琴,金鑫,黄文丽. 2017
[2]川明参咀嚼片配方与制备工艺研究. 张超,孙佩,黄海燕,钟文娟,戢沛城,蒲德强,龚一耘,牟方生. 2015
[3]川明参栽培后期生长动态与品质相关性探讨. 童文,叶霄,张超,黄海艳. 2017
[4]川东北丘陵区玉米-川明参/玉米轻简高效新模式. 任胜茂,郑祖平,李钟. 2015
[5]1-脱氧野尻霉素的来源及合成研究进展. 孙凌云,张进,殷浩,崔为正. 2011
[6]独脚金内酯途径相关基因的研究进展. 彭鹏,龙海馨,王平,白玉路. 2014
[7]1-脱氧野尻霉素的来源及合成研究进展. 孙凌云,张进,殷浩,崔为正. 2011
[8]基于银耳转录组测序的多糖代谢途径分析. 牛蓓,宋君,赵树海,雷绍荣,郭灵安,张富丽,刘文娟,常丽娟,赵黎明. 2019
[9]黄肉猕猴桃中果皮和内果皮不同时期比较转录组分析. 李明章,孙淑霞,李靖,陈栋,宋海岩,江国良,廖明安. 2019
[10]赶黄草的转录组测序及分析. 彭芳,钟文娟,牟方生,戢沛城,龚一耘,蒲德强,叶霄,黄海燕,杨晓,张超. 2017
[11]红肉猕猴桃果实发育期不同果肉部位比较转录组分析. 李明章,孙淑霞,李靖,陈栋,宋海岩,江国良,廖明安. 2019
[12]基于Illumina高通量测序的岩原鲤转录组分析. 龚全,刘亚,赖见生,陈叶雨,杜军. 2016
[13]美国大灵芝(Ganoderma oregonense)转录组SSR位点的生物信息学分析. 陈诚,刘晓飞,李强,王剑,伏荣桃,张鸿,卢代华. 2018
[14]挥发性抑芽物质对马铃薯块茎萌芽的影响及其作用机制. 丁凡,余金龙,彭洁,邓孟胜,王宇,刘丽芳,余韩开宗,陈年伟,王西瑶. 2019
[15]对具有一个共同亲本的杂种F_1育性差异的初步研究. 陶军,兰秀锦. 2020
[16]国兰叶色突变体根状茎差异表达基因分析. 蒋彧,何俊蓉. 2022
[17]植物响应干旱的转录组学研究进展. 倪知游,梁东,高帆,胡容平,夏惠. 2018
[18]苏丹草转录组SSR分子标记开发及遗传多样性评价. 朱永群,彭丹丹,林超文,聂刚,许文志,黄琳凯,罗付香,彭建华,张新全. 2018
[19]喷施赤霉素对"三青"莴笋生长、光合电子传递和氰化物含量的影响. 张泽锦,王力明,梁颖,李跃建,唐丽. 2021
[20]转录组和代谢组在林木真菌病害防御反应中的应用研究进展. 邓薪岐,王谢,严晓军,柯佳君,杨叶,李艳,徐丹萍,卓志航,严贤春. 2022
作者其他论文 更多>>
-
川芎基因组survey测序及其特征分析
作者：毛常清;沙秀芬;黄静;陶珊;彭芳;李群;张超;袁灿
关键词：川芎;流式细胞术;高通量测序技术;survery分析;基因组大小;基因组特征
-
九寨沟县野生药用维管植物资源初步调查
作者：叶霄;贾国夫;闫利军;吴婍;孙佩;唐小慧;古玖林;索晓亮;宛兆明;陶珊;曾华兰;赵文吉
关键词：中药资源普查;野生资源;药用植物;开发利用;九寨沟县
-
基于多指标综合加权法的细毡毛忍冬花蕾加工工艺研究
作者：李旭东;吴宇;彭芳;毛常清;陶珊;张达;李生翠;赵豆豆;何欢;米亚东;李羿;张超
关键词：细毡毛忍冬;花蕾;干燥加工;多指标综合加权评分法;褐变指数;营养元素;重金属;杀青;烘干;色度
-
基于中药处方用药特点分析的社区医院中医药建设探讨
作者：罗守萍;赵豆豆;万小燕;李婷婷;彭芳
关键词：社区医院;中药处方;中药饮片;中药配方颗粒;毒性中药
-
氮、磷、钾肥配施对川芎生长及活性成分含量的影响
作者：陈媛媛;彭芳;陶珊;袁灿;吴宇;施田田;肖欣娟;张超
关键词：川芎;氮肥;磷肥;钾肥;阿魏酸;藁本内酯;3414试验
-
氮磷钾配施对丹参生长和药用成分的影响
作者：施田田;陶珊;吴宇;廖雪梅;彭芳;张超
关键词：丹参;氮磷钾;地上性状;根部性状;药用成分
-
暗紫贝母栽培关键技术研究
作者：彭芳;贺正;祁妹俄波;吴宇;沈雪莲;廖敏;张超
关键词：暗紫贝母;川贝母;栽培;品种
