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川明参转录组分析及SSR分子标记开发

文献类型： 中文期刊

作者： 沙秀芬 1 ; 袁灿 1 ; 陈媛媛 1 ; 彭芳 1 ; 陶珊 1 ; 李群 2 ; 张超 1 ;

作者机构： 1.四川省农业科学院经济作物育种栽培研究所

2.四川师范大学生命科学学院

关键词： 川明参;转录组;代谢途径;生物合成;分子标记

期刊名称： 中药材

ISSN： 1001-4454

年卷期： 2019 年 11 期

页码： 2519-2527

收录情况： 北大核心

摘要： 目的:获得川明参转录组信息,探索川明参多糖和黄酮类化合物生物合成途径相关的基因,开发高效的SSR分子标记。方法:利用Illumina HiSeq 2500高通量测序对川明参全株进行转录组测序,经CAP3软件拼接组装后获得Unigenes,然后进行生物信息学分析。结果:获得了46 576 691条Clean Reads。从头组装产生了64 984条Unigenes。通过Blastx比对分析显示,比对到Uniprot数据库的Unigenes有35 604条(54.80%),Nr数据库有35 591(54.80%)条,GO数据库有18 291条(28.20%),COG数据库有19 950条(30.70%)。8 141条Unigenes(12.50%)映射到242条代谢通路,其中,58条Unigenes参与黄酮类化合物的生物合成,128条Unigenes参与川明参多糖的生物合成,共编码了28种不同的酶。此外,检测到18 271个SSR位点,设计SSR引物842对,选择30对引物用于36份川明参样品的遗传多样性分析,其中13对引物能在36份样品中成功扩增出条带。结论:川明参转录组数据可为探索川明参次生代谢产物的生物合成机制提供重要的参考,也可为川明参的遗传多样性研究和分子标记辅助育种提供依据。

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