科研产出
三种葡萄病毒的RT-PCR检测和系统进化分析
《果树学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：【目的】为了研究不同葡萄病毒病快速检测方法和四川分离株系统进化,【方法】比较3种葡萄总RNA提取方法,还优化了葡萄病毒病的RT-PCR检测方法。分别克隆了3种病毒四川分离株的部分基因组区域,并开展了系统进化分析。【结果】结果表明,改进硅胶颗粒吸附法快速从葡萄枝条的韧皮组织中提取了总RNA,并以葡萄18SRNA为内参基因,RT-PCR分别成功扩增出3种病毒的目的片段。把16个地理起源的GLRaV-2分离株的外壳蛋白基因(Coat protein,CP)分成5个系统进化组。而7个地理起源的GVB分离株CP同源性为79.1%～98.7%。此外,5个GVA四川分离株分别位于系统进化树的4个聚类群。【结论】GLRaV-2、GVB和GVA不同地理起源的分离株在核酸水平上具有变异性,其中GVA四川分离株之间具有显著的遗传差异,可能包括4种株系。
关键词： 葡萄卷叶伴随2型病毒 葡萄B病毒 葡萄A病毒 病毒外壳蛋白基因 病毒沉默抑制子基因
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葡萄卷叶伴随3型病毒和葡萄A病毒的多重检测及其系统进化分析
《园艺学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：葡萄卷叶伴随3型病毒(Grapevine leafroll associated virus-3,GLRaV-3)和葡萄A病毒(Grapevine virus A,GVA)常常复合侵染部分主栽欧美杂交葡萄品种。以半定量RT-PCR与qRT-PCR方法研究了‘希姆劳特’葡萄(Vitis vinifera L.×V.labrusca L.‘Himrod’)中不同组织内病毒的相对积累量,结果表明叶脉和韧皮部内的病毒相对积累量显著高于其他组织。以成熟枝条韧皮部组织的cDNA为模板,优化了RT-PCR多重扩增体系,可以同时扩增待测样本中两种病毒的目标基因。从一株复合感染GLRaV-3与GVA的‘藤稔’葡萄(Vitis vinifera L.×V.labrusca L.‘Fujiminori’)中,分别克隆了GLRaV-3外壳蛋白(coat protein,CP)基因全长序列和GVA部分基因组区域序列,后者包括CP基因的部分序列与病毒RNA沉默抑制子(viral suppressor of RNA silencing,VSR)基因全长序列。病毒核酸同源性分析与系统进化研究表明,不同GLRaV-3分离物的CP高度保守;而‘藤稔’葡萄的GVA分离物包含多种变异株,具有准种病毒的特点。
关键词： 葡萄 葡萄卷叶伴随3型病毒 葡萄A病毒 病毒外壳蛋白基因 病毒RNA沉默抑制子基因 RT-PCR多重检测 病毒变异株
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葡萄A病毒四川分离物的外壳蛋白基因克隆与原核表达
《园艺学报 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：葡萄A病毒(Grapevine virus A,GVA)是葡萄病毒属(Vitivirus)的典型种,在世界葡萄产区广泛分布。采集10株‘藤稔’葡萄成熟枝条,使用6种葡萄病毒ELISA试剂盒检测发现,10个样本中有6个感染4种不同的葡萄病毒。以GVA的ELISA阳性植株为材料进行RT-PCR扩增,首次获得了GVA四川分离物SL10的完整外壳蛋白基因(CP),该基因全长597bp。将其与GenBank收录的15个GVA分离物的CP序列进行比对和构建系统进化树,把不同地理起源的GVA分离物分成两个变异组,其中Ⅰ组包括3个分离物(与Ⅱ组的其他分离物只有75.9%~80.1%的序列同一性);其余的13个分离物组成Ⅱ组(组内分离物具有84.4%~99.5%的序列同一性)。构建了GVACP的原核表达质粒PET-30-GVAcp并转化BL21菌株,经IPTG诱导,目的基因得到了大量表达。
关键词： 葡萄 葡萄A病毒 ELISA RT-PCR 外壳蛋白基因 原核表达
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