科研产出
基于全基因组重测序的重庆市水稻稻曲菌遗传多样性分析
《西南农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：【目的】明确重庆市主要水稻产区的稻曲病菌[Ustilaginoidea virens（Cooke） Tak.]群体遗传多样性。【方法】对来源于重庆市铜梁（TL）、合川（HC）、永川（YC）、涪陵（FL）、万州（WZ）、梁平（LP）、忠县（ZX）、丰都（FD）、黔江（QJ）、秀山（XS）、彭水（PS）等11个区（县）的37株稻曲病菌进行重测序,并对其遗传多样性进行深入分析。【结果】对37个U.virens菌株重测序得到约42.5 Gb的高质量测序数据,其中检测到大量的单核苷酸突变。结合系统发育学和全基因组关系矩阵分析将37个菌株分为3个类群,表明不同群体的稻曲菌之间存在差异。所有群体除ZX以外,观测杂合度均大于期望杂合度,表明在重庆市稻曲菌群里面存在显著的杂合选择优势。PS群体拥有最高的Pi值,证明其样本间的差异程度最高,表明其遗传多样性最丰富。固定系数分析结果显示,绝大多数群体间的FST值>0.15,其中最高的FST值出现在HC和TL群体之间,为0.3814,表现出较高的遗传分化;而最低水平的遗传分化出现在YC和ZX群体之间,FST值为0.0537。群体结构分析发现所有菌株大致分为4个亚群。基因流（Nm）分析表明不同群体之间存在8次较大的基因交流,并且传播方向不是单一地从某个地区传入其他地区,而是存在不同区域间交叉、反复的传播事件。Tajima’s D中性检验结果显示,除LP以外,所有群体都表现出大于阈值的Tajima's D值（>0）。上述结果表明所有种群都在经历平衡选择。【结论】稻曲病菌在重庆的遗传多样性处于较高水平,为重庆地区稻曲病的防治和抗病资源选育提供理论依据。
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不同产量水平水稻群体光合特性和产量构成差异
《江苏农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为明确不同产量水平水稻产量构成、群体结构、光合特性和氮素利用率等指标的变化规律,在绵竹和中江设置农户水平(FL)、高产高效水平(HH)和超高产水平(SH)3 种栽培模式,并设置不施氮肥对照.分析不同产量水平水稻之间产量、群体、光合特性和氮素利用率的差异,探究不同产量水平形成原因及进一步提高产量的途径.结果表明,(1)与FL处理相比,HH和SH处理的结实率和千粒质量均明显增加,但每穗粒数降低,有效穗数分别显著增加 12.74%和 26.10%;(2)抽穗后不同产量水平水稻间干物质积累量差异显著,成熟期两生态点SH处理的平均干物质积累量为 21.98 t/hm2,与HH和FL处理相比分别显著提高 10.95%和 20.90%;(3)不同产量水平水稻茎蘖数差异较大,成熟期两生态点FL、HH和SH处理的平均茎蘖数分别为 1 hm2 2.689 9×106、3.032 8×106 和3.392 1×106,SH处理比HH处理高 11.85%,HH处理比FL处理高 12.75%;(4)总体上,不同产量水平水稻的平均叶面积指数、剑叶SPAD值、光合速率和辐射利用率均表现为SH>HH>FL;(5)与FL处理相比,HH处理的氮素偏生产力和氮素农学利用率均表现为增加,而SH处理的氮素农学利用率提高,氮素偏生产力降低.因此,实现水稻产量从农户水平到高产高效水平甚至超高产水平的关键在于"增穗稳粒",并在此基础上提升群体质量和光合能力,今后水稻高产栽培应着重于改善抽穗后群体质量和冠层结构.
关键词： 水稻 产量水平 群体结构 光合特性 产量构成 氮素利用
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基于SSR标记的四川大豆与引进大豆资源遗传多样性和群体结构分析
《大豆科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：利用均匀分布于20条染色体的53对SSR标记(每条染色体上2~5对),对190份大豆资源进行遗传差异检测,随后根据标记试验结果进行遗传多样性分析、聚类分析、PCA分析和群体结构分析.53对SSR标记共检测到159个等位变异,每个位点等位基因范围为2~6个,平均每个位点的等位基因为3个,有效等位基因数Nei为1.474 4±0.237 5,多态性信息含量PIC为0.305 0±0.1056;Shannon-Weaver指数值为0.476 2±0.124 9.这些参数显示了190份大豆资源异质程度不是很高,遗传多样性丰富程度一般,总体遗传多样性处于中等水平.UPGMA聚类分析结果显示190份大豆资源(群体1:P1)被分为3个大类,且四川审定大豆品种与野生大豆资源、国外引进资源亲缘关系较远,随后将四川审定大豆品种31份、国外资源13份和野生大豆资源8份共52份材料(群体2:P2)单独进行聚类分析,52份材料也被分成3个大类.群体1和群体2分别在K=3,K=2时得到合理群体结构.群体1的3个亚群分别是:亚群Ⅰ由地域来源丰富的78份材料组成,不包含野生大豆资源;亚群Ⅱ59份材料中含7份野生大豆资源;亚群Ⅲ 53份材料只包括1份野生大豆资源zy05292.群体2分成两个亚群:亚群Ⅰ26份材料中含24份四川审定大豆品种和2份国外资源;亚群Ⅱ包含了6份审定大豆品种.供试的190份大豆资源蕴含了比较丰富的遗传变异,显示了较高水平的基因多样性.群体结构不能严格地按照地域、来源国家的划分而区分,这一现象显示了大豆资源存在着广泛的基因交流.从分析结果来看,四川大豆资源的种质创新可以充分地利用国外引进资源与直立型野生大豆资源,进而丰富四川大豆的基因多样性.
关键词： 四川大豆 野生大豆 SSR标记 遗传多样性 群体结构
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壮芽灵浸种对德香4103直播群体结构和产量的影响
《作物研究 》 2014
摘要：大田直播条件下,研究了壮芽灵浸种对三系杂交水稻德香4103群体结构和产量的影响。结果表明:(1)壮芽灵浸种可以显著提高稻种的发芽势,但发芽率提高不显著;(2)壮芽灵浸种可以缩短从始苗到全苗的时间2d,在播种量相同的条件下,基本苗和出苗率得到显著提高,基本苗从56.67万株/hm2提高到68.89万株/hm2,出苗率从75%提高到91%;(3)壮芽灵浸种可以显著提高群体最高苗数和成穗率,最高苗从573.33万/hm2提高到612.22万/hm2,成穗率从44%提高到47%;(4)壮芽灵浸种后有效穗数、结实率、千粒重显著提高,增产达7.70%。
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小麦南大2419及其衍生品种(系)主要农艺性状的关联分析
《分子植物育种 》 2011 CSCD
摘要：筛选与小麦重要农艺性状相关联的SSR标记,对小麦分子标记辅助育种有重要的实践意义。本研究利用多态性较高的80个SSR标记,对南大2419及其71份衍生后代品种(系)进行基因型分析,采用TASSEL软件的MLM(Mixed linear model)方法对籽粒产量、千粒重、有效穗、穗粒数等8个主要农艺性状进行SSR标记与性状的关联分析。结果表明:(1)该群体由6个亚群组成;(2)群体SSR数据分析发现,无论是连锁还是非连锁SSR位点组合都存在不同程度的连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD);在各基因组选择标记数基本相同的情况下,D基因组中显著LD位点比例(8.9%)明显低于A基因组(15.3%)和B基因组(13.8%),但D基因组的LD水平较高;(3)群体中共20个SSR位点与8个农艺性状显著关联,4个位点2年被检测到与同一性状显著相关(p<0.01),10个位点位于家系连锁定位的QTL区间或附近,多数位点/性状关联结果与前人研究一致;13个标记位点同时与2个或多个性状关联。
关键词： 南大2419 SSR 群体结构 连锁不平衡 关联分析
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