科研产出
13个杂交水稻亲本产量性状基因等位变异
《应用与环境生物学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：提高水稻单产是增加粮食产量的重要技术途径.解析杂交水稻亲本产量性状形成的分子基础,有助于优异等位基因聚合和亲本重要性状的改良,从而进一步培育强杂种优势水稻新品种.利用二代基因组测序技术,对新育成的13个杂交水稻亲本(5个不育系,8个恢复系)进行深度基因组重测序.通过对己克隆产量性状基因的模糊性检索,获得13个亲本产量性状基因的16 180个变异位点,涉及产量性状基因404个.通过基因型-表型关联分析,取P≤6.18 × 10-8(0.001/16180=6.18 × 10-8),有7个性状与107个基因的1 459个变异位点极显著性相关联,其中有外显子区域变异位点的基因33个.依据加性效应和显性效应P值,取P值为6.18 × 10-8,有极显著加性效应变异位点444个,关联45个基因,分别控制千粒重、株高、穗长、粒长、粒长宽比;其中22个位点关联两个性状,涉及9个基因、3个性状.极显著显性效应变异位点784个,关联41个基因,控制单株产量、抽穗期和株高;其中47个位点在两个性状上均表现显性效应,涉及5个基因、2个性状.加性和显性效应都不显著的变异位点有216个,关联42个基因,关联性状有抽穗期和株高.依据表型均值及外显子变异位点的关联性,筛选出36个优异等位变异,其中多个优异等位变异呈现恢复系和不育系分化.上述结果表明不同的优异等位变异组合是造成杂种F1产量差异的重要原因,为产量性状的分子改良提供了理论参考和相关基因资源.(图6表3参51)
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中外猪种间生长发育相关的差异候选基因筛选
《中国猪业 》 2024
摘要：通过对我国地方猪种与国外猪种比较,筛选与生长发育性状相关的差异候选基因,探索猪种之间生长发育差异的分子机制.分别选择5头内江猪和大约克夏猪进行全基因组重测序,以10 kb滑动窗口和1 kb步长计算群体间遗传分化指数(Fst)平均值,并依据Fst筛选差异SNPs.最终在内江猪与大约克夏猪的比较中分别鉴定出48 924个非同义SNP,它们高度影响2 490个基因.同时,在乙酰辅酶A乙酰转移酶1(ACAT1)、胰岛素样生长因子受体2(IGF2R)和胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白3(IGF2BP3)基因中检测到3个非同义SNP,这可能影响乙酰辅酶A向乙酰乙酰辅酶A的转化和胰岛素信号通路的正常功能.本研究结果将为探索决定猪表型特征的遗传差异提供基础信息.
关键词： ACAT1 群体遗传分化指数 基因组重测序 分子育种 猪 SNP
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