科研产出
不同倍性甘薯及近缘材料的SNP鉴定流程
《分子植物育种 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：基因组上的SNP变异具有丰富的数量和多态性的特点，SNP鉴定在作物遗传多样性、群体结构关系、育种等方面有重要作用。然而多倍体作物由于倍性高、杂合性高等问题，使得SNP的开发、验证和检测较为困难。甘薯及不同倍性近缘野生种均属于番薯属，由于甘薯近缘物种倍性变化较大，本研究选取二倍体、四倍体、六倍体的Ipomoea trifida以及五倍体和六倍体的甘薯为材料，采用简化基因组测序技术——RAD-seq进行测序，以栽培甘薯‘泰中6号’基因组序列为参考，通过与参考基因组的比对、排序、PCR标记去重复以及变异检测，建立了一套基于甘薯参考基因组进行不同倍性材料SNP鉴定的分析流程。通过IQ-TREE对SNP标记进行系统发育树构建，结果验证了本流程具有较高的可靠性。本研究开发的数据处理流程，不仅可用于不同倍性野生材料遗传关系的鉴定，还可为甘薯品种的遗传多样性分析和育种的亲本选择以及其他多倍体植物SNP标记开发鉴定提供借鉴和参考。
关键词： 甘薯 Ipomoea trifida 多倍体 SNP 简化基因组测序
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川乡黑猪重要经济性状SNP位点分型及分子系谱构建
《中国畜牧杂志 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：本研究旨在分析川乡黑猪重要经济性状因果突变和紧密关联SNP位点基因型分布情况，构建川乡黑猪分子系谱。利用全基因组SNP芯片技术对样本进行扫描分析，通过主成分分析、计算遗传距离、ROH分析等对公猪亲缘关系和血统进行划分，解析川乡黑猪的群体结构和遗传多样性。结果显示：川乡黑猪群体中采食量、氟烷（Hal）基因和酸肉基因2（RN2）已完全剔除非优势基因q；体长基因无QQ基因型和Qq杂合基因型，qq非优势基因型频率达100%；抗仔猪腹泻和多胸椎数基因Qq、qq基因型总比例分别为18.07%和26.10%，其中qq基因型比例为3.21%和2.01%；公猪精液品质和酸肉基因1（RN1）的Qq、qq基因型总比例较高，分别为45.78%和34.54%，并且Qq基因型比例均超过30%；多肋骨数和耗料增重比基因中优势基因型QQ比例只有18.47%和47.79%，低于50%。公猪群体主成分分析和聚类分析结果显示，该群体可被划分为16个不同的家系。以上结果表明，川乡黑猪的选育可着重于提高抗仔猪腹泻、多胸椎数、多肋骨数、公猪精液品质、酸肉和耗料增重比等基因的优势基因型频率，并结合亲缘关系和家系划分结果，通过分子标记辅助选择技术进一步优化种群结构。
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中外猪种间生长发育相关的差异候选基因筛选
《中国猪业 》 2024
摘要：通过对我国地方猪种与国外猪种比较,筛选与生长发育性状相关的差异候选基因,探索猪种之间生长发育差异的分子机制.分别选择5头内江猪和大约克夏猪进行全基因组重测序,以10 kb滑动窗口和1 kb步长计算群体间遗传分化指数(Fst)平均值,并依据Fst筛选差异SNPs.最终在内江猪与大约克夏猪的比较中分别鉴定出48 924个非同义SNP,它们高度影响2 490个基因.同时,在乙酰辅酶A乙酰转移酶1(ACAT1)、胰岛素样生长因子受体2(IGF2R)和胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白3(IGF2BP3)基因中检测到3个非同义SNP,这可能影响乙酰辅酶A向乙酰乙酰辅酶A的转化和胰岛素信号通路的正常功能.本研究结果将为探索决定猪表型特征的遗传差异提供基础信息.
关键词： ACAT1 群体遗传分化指数 基因组重测序 分子育种 猪 SNP
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利用小麦660K SNP芯片分析川麦44在其衍生后代中的遗传贡献
《麦类作物学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为明确小麦骨干亲本川麦44的遗传特性,利用小麦660K SNP芯片对川麦44及其衍生品种进行解析.结果表明,川麦44在6个衍生品种中的遗传贡献率为23.77%~72.63%,平均为48.58%,衍生品种存在遗传偏亲现象.川麦44特异性标记在不同染色体和染色体组中分布不均匀,衍生品种中特异性标记数具有B染色体组>A染色体组>D染色体组的共同特征.在除1B和6A外的染色体上,共筛选出52个川麦44高遗传率片段,片段长度为0.10~76.20 Mb,其中5B上的片段数量最多,累计长度最大.本研究结果为进一步明确骨干亲本川麦44的重要基因组区段及其功能奠定了基础.
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水稻航天诱变突变体全基因组测序研究
《西南农业学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：将航天诱变突变体和野生型水稻材料进行全基因组测定,以已经完成全基因组测定的籼型水稻9311基因组序列为对照,利用SOAPsnp、SOAPindel和SOAPsv软件对序列进行SNP、InDel和SV等分析。结果发现野生型中出现SNPs 348966个,插入缺失片段(1~5 bp)62 298个,结构变异9962个;突变体材料中出现SNPs 452173个,插入缺失片段(1~5 bp)66 977个,结构变异10336个。分析表明航天诱变因子对水稻基因组的诱变作用基本上平均分布,它与各对染色体的大小呈正相关。突变体中发生的诱变类型是SNPs>InDel>SV,表明航天诱变因子对水稻基因组中单碱基的改变为主要因素。本研究为探索航天诱变规律和更全面利用突变体资源奠定基础,为水稻功能基因研究和杂交水稻新资源的利用作出贡献。
关键词： 突变体 野生型 全基因组测定 SNP InDel SV
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