中外猪种间生长发育相关的差异候选基因筛选

陶璇; 梁艳; 杨雪梅; 汪勇; 杨跃奎; 孔繁晶; 王言; 龚建军; 朱康平; 卫纪; 杨少鹏; 吕学斌; 顾以韧; 何志平; 《中国猪业 》 2024

摘要：通过对我国地方猪种与国外猪种比较,筛选与生长发育性状相关的差异候选基因,探索猪种之间生长发育差异的分子机制.分别选择5头内江猪和大约克夏猪进行全基因组重测序,以10 kb滑动窗口和1 kb步长计算群体间遗传分化指数(Fst)平均值,并依据Fst筛选差异SNPs.最终在内江猪与大约克夏猪的比较中分别鉴定出48 924个非同义SNP,它们高度影响2 490个基因.同时,在乙酰辅酶A乙酰转移酶1(ACAT1)、胰岛素样生长因子受体2(IGF2R)和胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白3(IGF2BP3)基因中检测到3个非同义SNP,这可能影响乙酰辅酶A向乙酰乙酰辅酶A的转化和胰岛素信号通路的正常功能.本研究结果将为探索决定猪表型特征的遗传差异提供基础信息.

关键词： ACAT1 群体遗传分化指数 基因组重测序 分子育种 猪 SNP