科研产出
杂交水稻骨干亲本的Wx和ALK等位变异与蒸煮食味品质的关联分析
《应用与环境生物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为研究杂交籼稻骨干亲本Wx和ALK基因的等位变异与水稻蒸煮食味品质的关联性及其理想组合方式，对34份杂交籼稻骨干亲本的稻米直链淀粉含量（AC）、胶稠度（GC）、碱消值（ASV）与其Wx和ALK基因等位变异的关联性进行分析.结果显示：34份材料的Wx基因序列包括41个多态性位点，被划分为6种单倍型，共有31个位点与AC和GC呈极显著关联，其中Ex1-47位点的关联系数最大.Wx1单倍型在Int1-1位点与Wxa相同，与中高AC和硬GC极显著关联；Wx2单倍型在Int1-1和Ex1-47位点与Wxhp相同，与中高AC和中等GC极显著关联；Wx3、Wx4、Wx5和Wx6单倍型在Int1-1位点与Wxb相同，与较低AC和软GC极显著关联.34份材料的ALK基因包括49个多态性位点，被划分为5种单倍型，共有24个位点与ASV呈显著或极显著关联，其中Ex8-864/865位点的关联系数最大.ALK1、ALK2、ALK3和ALK4单倍型在Ex8-733和Ex8-864/865位点与ALKG一致，其中ALK1、ALK3和ALK4与低ASV极显著关联，ALK2与中高ASV极显著关联.ALK 5单倍型在Ex8-733和Ex8-864/865位点与ALKT一致，与高ASV极显著关联.34份材料共分为10个Wx和ALK基因单倍型组合，不同单倍型组合间的AC、GC和ASV均存在显著或极显著差异，其中Wx3-ALK5和Wx5-ALK5单倍型组合表现为较低AC、软GC和高ASV.本研究表明Wx3-ALK5和Wx5-ALK5单倍型组合是优质稻米蒸煮食味品质的理想组合方式.（图4表4参45）
关键词： 水稻 Waxy基因 ALK基因 等位变异 直链淀粉含量 胶稠度 碱消值 关联分析
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离子束诱变体水稻JD-1的表型及基因组变异分析
《植物遗传资源学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：辐射诱变是作物种质创新的有效途径之一。本研究利用碳离子束诱变津稻565,获得穗下垂及穗部其他性状发生变异的突变体,命名为JD-1。对突变体及野生型的主要农艺性状进行调察,结果表明JD-1的主穗颈穗弯曲度、着粒数和着粒密度都较津稻565极显著增加,增幅分别为305.90%、66.86%和47.79%;其主穗穗长、实粒数和二次枝梗数显著性增加,增幅分别为12.11%、63.06%和74.19%,而千粒重显著降低11.54%。基因组序列比对表明,在突变体JD-1和野生型津稻565之间有18639个单核苷酸多态性位点（SNP,single nucleotide polymorphism）,转换/颠换比值为2.34;有3428个小片段插入缺失（InDel,insertion-deletion）。这些突变表现为成簇分布,主要发生在第5和第11染色体上,占比分别为25.19%和22.98%。在基因结构变异中,基因间区的变异数占比较高,为45.22%;剪切位点的变异数占比较低,为0.08%。变异基因GO注释表明,参与细胞生理过程的变异基因数较多。变异基因中与株高、千粒重、穗长、二次枝梗数相关的已克隆基因有16个;根据变异位点设计了16个已克隆基因的分子标记,有12个SNP标记和9个InDel标记在9个基因上鉴定出多态性。该研究创制出新的水稻种质资源并发掘出与产量性状相关基因的等位变异。
关键词： 水稻 碳离子束 全基因组重测序 等位变异 分子标记
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