文献类型： 中文期刊

作者： 林海建 ¹ ; 潘光堂 ¹ ; 张志明 ¹ ; 张彪 ² ; 沈亚欧 ¹ ; 覃成 ¹ ; 张谦 ³ ; 赵茂俊 ⁴ ;

作者机构： 1.四川农业大学玉米研究所

2.四川省农业科学院作物研究所

3.四川省农业科学院农产品加工研究所

4.四川农业大学生命科学与理学院

关键词： 玉米;microRNA;深度测序;丰度分析;靶基因预测

期刊名称： 遗传

ISSN： 0253-9772

年卷期： 2010 年 32 卷 11 期

页码： 1175-1186

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： microRNA(miRNA)是一类具有20～24nt核苷酸长度的非蛋白质编码的内源小分子RNA,它在植物生长发育和逆境胁迫响应等过程中发挥着重要作用。文章利用基于Illumina/Solexa原理的小分子RNA深度测序技术,结合生物信息学的方法对玉米根系和叶片中已知miRNA的类型、丰度及靶基因进行了分析。研究发现,在根系中共检测到92个已知的miRNA,分别属于18个miRNA家族,其表达丰度在1～105943之间;在叶片中,共发现86个已知的miRNA,分别属于17个miRNA家族,其表达丰度在1～85973之间。靶基因预测结果表明,根系中的18个miRNA家族共靶向54个蛋白,进一步的功能预测发现,这些基因涉及了转录调控、物质能量代谢、电子传递、胁迫响应和信号转导等过程。以上研究结果表明,就已知的miRNA而言,无论是miRNA的类型还是表达丰度,在玉米根系和叶片中都存在较大差异。