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整合宏基因组学分析生猪养殖粪污发酵过程中耐药基因的动态变化

文献类型: 中文期刊

作者: 赵素君 1 ; 曹冶 1 ; 李江凌 1 ; 张金灵 1 ; 刘锐 1 ; 王秋实 1 ; 于吉锋 1 ;

作者机构: 1.四川省畜牧科学研究院

关键词: 宏基因组学;粪污;发酵;耐药基因

期刊名称: 西南农业学报

ISSN: 1001-4829

年卷期: 2023 年 003 期

页码: 655-664

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 【目的】探究生猪养殖粪污在堆肥过程中耐药基因的消减规律。【方法】以猪粪和菌渣为发酵原料,进行有氧堆肥处理,在堆肥第1、4、8、12、16、22、29天,进行上、中、下分层多点采样,提取总DNA构建文库,经定量和检测合格后,进行宏基因组测序分析。通过宏基因组学方法对堆肥过程中耐药基因的动态变化进行分析。【结果】堆肥期间共发现613个耐药基因,分别对32类抗生素产生耐药。其中,丰度较高的抗生素分别为青霉烷类抗生素(Penam)、头孢菌素类抗生素(Cephalosporin)、氨基糖苷类抗生素(Aminoglycoside antibiotic)、磷霉素类抗生素(Fosfomycin)、糖肽类抗生素(Glycopeptide antibiotic)和四环素类抗生素(Tetracycline antibiotic),这与现实中常用的抗生素种类相吻合。分析发现耐药基因的消减出现2个峰值,第一个峰值出现在试验起始时,在第4天迅速下降,然后在第12天(对照组)和第8天(实验组)达到第二个峰值,随着细菌的自然凋亡,耐药基因的丰度又下降到低值,慢慢消减下去。【结论】在堆肥过程中,生猪养殖粪污中耐药基因丰度呈现波动式消减。

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