文献类型： 中文期刊
作者： 贾定洪 1 ; 刘询 1 ; 王波 1 ; 王晓巍 2 ; 李通 2 ; 黄礼璟 3 ;
作者机构： 1.四川省农业科学院四川省食用菌研究所
2.甘肃省农业科学院
3.鲁东大学农学院
关键词： 黑木耳;aSNP;VCFtools;种质资源
期刊名称： 生物技术进展
ISSN： 2095-2341
年卷期： 2024 年 14 卷 006 期
页码： 892-901
摘要： 以黑木耳（Auricularia heimuer Dai13782）的基因组作为参考框架，利用NCBI数据库中收录的皱木耳SS5、黑木耳B14-8、毛木耳CCMJ2827及毛木耳ACW001等菌株的基因组为测试数据，通过一系列生物信息学工具（如Bwa、Samtools、Bcftools）分析了黑木耳及近缘种共5个菌株之间的基因组变异情况。利用Tassel 5软件，构建了包含5个菌株在内的亲缘关系矩阵，利用R语言中的Pheatmap包，对这一矩阵进行了可视化处理，直观地展示了这5个菌株之间的亲缘关系。采用VCFtools-0.1.16软件，通过设定300 bp的滑动窗口，筛选出其中单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）数量等于或大于50的丰度SNP(abundance SNP, aSNP)区域。利用Primer 3软件，针对这些aSNP区域设计了47 407对引物。经过e-PCR的严格筛选，发现1 020对引物符合实验设定，涉及8个aSNP区域，每个区域保留1对特异引物，分布在参考基因组的6个重叠群区域。以常用的ITS和LSU作为参考标记，以aSNP标记验证分析13个黑木耳菌株的遗传亲缘关系。结果显示，aSNP标记揭示的系统发育关系大体上与ITS、LSU标记结果一致，甚至能更细致地区分亲缘关系很近的黑木耳菌株。总体上反映出黑木耳菌株与毛木耳亲缘关系相对较近，与皱木耳关系最远，该结果与基于全基因组SNP揭示的亲缘关系结果基本一致，侧面证实了基于aSNP序列分析结果的可靠性。实验开发的aSNP标记序列区间含有丰富的变异位点，有望作为传统ITS、Rpb2、Ef1α等靶标分析序列的有益补充，为黑木耳等种质资源的系统发育及遗传鉴定提供助力。
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