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甜樱桃PaGAST基因的电子克隆及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李菊 1 ; 谢红江 1 ; 杨文渊 1 ; 陶炼 1 ; 李洪雯 1 ;

作者机构： 1.四川省农业科学院园艺研究所;农业部西南地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室

关键词： 赤霉素;甜樱桃;PaGAST基因;电子克隆;生物信息学

期刊名称： 中国农学通报

ISSN： 1000-6850

年卷期： 2018 年 17 期

页码： 24-31

摘要： 为获得甜樱桃PaGAST基因的cDNA序列,并预测该基因编码蛋白的结构与功能,以草莓FaGAST1基因序列为探针,通过基于NCBI数据库中表达序列标签的电子克隆技术对甜樱桃PaGAST基因进行克隆。利用生物信息学方法对其编码蛋白的理化性质、疏水性和亲水性、信号肽序列、跨膜结构域、亚细胞定位及功能等方面进行分析。结果表明:甜樱桃PaGAST基因长度为750 bp,开放阅读框长度为324 bp,编码107个氨基酸,N末端存在信号肽序列,C末端含有保守的GASA结构域。由于PaGAST蛋白中含有的疏水性氨基酸残基较多,该蛋白具有跨膜螺旋区,是一种跨膜蛋白,且有10个预测的蛋白激酶磷酸化位点。亚细胞定位分析表明,PaGAST蛋白分布在细胞膜外的可能性很大。功能预测显示,PaGAST基因可能具有响应胁迫应答、信号转导和免疫应答方面的功能。进化分析显示甜樱桃PaGAST蛋白与桃的亲缘关系最近。在一定程度上为甜樱桃PaGAST基因的克隆及功能鉴定奠定理论基础。

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