科研产出
不同产区花生青枯病菌遗传多样性的分析
《基因组学与应用生物学 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：花生青枯病是一种重要的毁灭性病害。本研究将菌落PCR引入到花生青枯菌的鉴定及基因组研究工作中,通过菌落PCR直接对四川省内不同花生产区收集得到的花生青枯病菌进行菌株鉴定并对供试菌株的重要功能基因phcA、hrp以及hcp进行遗传多样性的比较分析。结果表明,菌落PCR能快速有效地扩增得到不同片段大小的目标片段,通过菌落PCR产物的直接测序并进行序列比对,发现来源于不同生态环境、不同花生品种的青枯病菌株其重要的功能基因在序列上不存在差异,表明这些重要的功能基因具有高度保守的特性。菌落PCR省去了菌株的再培养以及DNA的提取等繁琐过程,不仅可实现对花生青枯菌高通量的分子鉴定,还可快速地开展基因克隆及基因组学方面的研究工作,在花生青枯菌的筛选、鉴定以及植物检疫方面具有较强的应用性,在花生青枯菌的基因组研究中具有重要的应用价值。
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西藏喜马拉雅山荆子生态地理分布及表型遗传多样性研究
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】研究西藏喜马拉雅山荆子生态地理分布及表型遗传多样性。【方法】实地调查及采样研究方法相结合。【结果】西藏喜马拉雅山荆子[Malus rockii Rehd.(M.baccata var.himalaica(Maxim.)Schneid.)]野生居群集中分布区位于北纬28°39'~30°35',东经92°09'~95°12,海拔2800~3300 m,呈带状分布于雅鲁藏布江、尼洋河及其支流的两岸冲积土形成的河床半湿地,或河岸的阔叶林缘或针阔叶混交林缘,处于原始野生状态。调查山荆子自然变异类型表明:树龄最大400年生以上,80~140年生的占35.73%;自然授粉坐果率高,花序坐果3~8个;西藏高海拔区的山荆子无论是果色、果柄长度、果形及果实大小都存在多样性。【结论】结合河流走向、地貌特征、树龄分布及国内外研究进展等分析推断:喜马拉雅山荆子经多年演化、筛选、淘汰形成独特的群体,可能为山荆子组的地理亚中心。
关键词： 喜马拉雅山荆子 西藏 地理分布 表型性状 遗传多样性
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古蔺野生大茶树资源叶表型多样性研究
《安徽农业科学 》 2018
摘要：[目的]明确古蔺野生大茶树资源的叶表型多样性。[方法]对古蔺县139份野生大茶树资源(7个天然居群)叶片18个表型性状遗传多样性进行分析。[结果]野生大茶树资源叶片性状变异丰富,变异系数在4.42%~24.28%,其中各性状在各居群间的变异系数最大值均超过10.00%,多样性指数在0.826 1~5.194 7(其中,Simpson指数在0.826 1~1.000 0,Shannon-Weaver指数在2.413 1~5.194 7);对18个叶片表型性状进行主成分分析,前6个主成分叶面积、叶缘、叶片宽度、叶面、叶色、叶身累计贡献率达74.65%;UPGMA聚类分析结果显示,7个居群亲缘关系较近,在遗传距离2.290 0处,7个居群可分为4大类,其中居群2与居群7的遗传距离最大,为3.966 2,居群4与居群5之间的遗传距离最小,为1.932 9。[结论]该研究结果为茶树优异种质资源的收集保存、良种选育及开发利用提供了参考。
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高通量测序分析红棕紫泥土土壤细菌多样性
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】通过研究四川盆地丘陵区红棕紫泥土壤细菌群落结构,从而了解区域土壤健康状况、发挥土壤潜在肥力和提升区域农林产品质量。【方法】本文以四川资阳土壤保护站坡耕地的红棕紫泥土为研究对象,利用16S扩增子高通量测序技术获取其土壤细菌群落结构特征。【结果】检测到的土壤细菌种类占所有分类物种的11.39%,Chao指数和Simpson多样性指数分别为2738.54种和0.99。所有样品中都检测到序列分属于25个细菌的大类,且以变形菌门细菌为第一优势菌群,其下β-变形菌纲、γ-变形菌纲、α-变形菌纲和δ-变形菌纲细菌的相对丰度分别为17.29%、13.16%、11.92%和6.86%。其次,酸杆菌门和拟杆菌门细菌为第二优势菌群,其相对丰度分别为11.55%和10.87%。【结论】红棕紫泥土土壤细菌种类复杂、多样,且优势类群明显。
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四川地区茶树种质资源叶表型性状多样性分析
《中国农学通报 》 2018
摘要：为揭示不同类型茶树种质资源叶片表型性状遗传变异,提高川西茶区优异茶树资源的利用率,以来自川西地区的114份茶树种质资源为研究对象,对其成熟叶、新梢芽叶等19个主要表型性状进行统计分析。结果表明,9个数值型性状的变异系数介于10.09%~23.4%之间,平均值为16.2%;多样性指数在1.39~2.04之间,平均值为1.86。10个描述型性状中有7个性状在各描述级别中均有分布,表现出不同的遗传分化,其余3个性状仅分布在部分描述级别中,多样性指数在0.66~1.31之间。基于9个数值型性状,可将参试的114份茶树种质资源分成6个类群,其中85%的茶树种质聚在了第Ⅲ大类。选取叶长、叶宽、1芽2叶长、1芽2叶百芽重4个数值型性状,以类群III为参照,比较各类群间的差异。
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丹参线粒体和叶绿体微卫星标记开发及多样性分析
《西北植物学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：该研究通过生物信息学方法,对丹参线粒体、叶绿体基因组序列进行SSR位点搜索,利用Primer3.0软件在线设计SSR引物,通过PCR扩增,筛选出扩增效果好、多态性高的10对cpSSR引物和13对mtSSR引物,用于分析61份丹参品种的遗传多样性和鼠尾草属植物种间的通用性。结果显示:(1)从2条基因组序列中搜索到32个cpSSR位点和24个mtSSR位点,其中叶绿体单核苷酸的重复序列最多为31个,占96.9%,重复类型中以A/T形式的微卫星最为丰富。(2)23对SSR引物共检测出46个等位基因,平均每个SSR位点等位基因数是2个,有效等位基因数为1.566;预期杂合度(He)为0.346,高于双子叶植物的平均水平(He=0.190);多态信息含量(PIC)为0.278,大于0.250小于0.500;Shannons信息指数为0.519,表明所采集的丹参呈中等水平的遗传多样性。(3)聚类分析表明,61份丹参材料的遗传相似系数在0.54～0.96之间,并在遗传相似系数为0.64处将61份丹参分为6个亚群:四川、山东和安徽省的丹参聚集在Ⅰ和Ⅱ亚群中,说明四川中江、山东和安徽地区的丹参亲缘关系较近,而来源于四川中江的丹参分布于所有亚群,表明四川中江的丹参具有丰富的多态性。(4)通用性检测结果显示,11对mtSSR引物在9种鼠尾草属中的平均通用性比率为64.63%,通用性较高;9对cpSSR引物在10种鼠尾草属中的平均通用性比率为44.66%,通用性较低;引物cp5p、cp8p和cp10p在野芝麻亚科植物属间的通用性较好。研究表明,开发的23对SSR引物在鼠尾草属内具有很好的适用性,可以为该属种间的亲缘关系和种内遗传分化研究提供分子依据。
关键词： 丹参 线粒体微卫星 叶绿体微卫星 遗传多样性 通用性
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利用de novo测序分析蚕豆瓣酱醅微生物多样性
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析蚕豆瓣醅微生物多样性并比较与过去采用16S、ITS等扩增子测序的差异。【方法】利用de novo测序方法研究微生物菌群多样性。【结果】嗜盐四联球菌(Tetragenococcus halophilus)是蚕豆瓣酱醅的优势微生物,相对丰度占一半以上(m OTUs方法为64.26%,Metaphlan2方法为50.80%),Metaphlan2方法发现破布子乳酸菌(Lactobacillus pobuzihii)也是优势菌株,其相对丰度为17.60%,另外,存在大量未分离到的微生物有待进一步研究。【结论】该方法能分析到蚕豆瓣醅微生物中种或菌株的水平,研究结果不仅为后续深入研究提供了技术支撑,而且对郫县豆瓣的微生物安全性评价提供了有效的方法。
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苏丹草转录组SSR分子标记开发及遗传多样性评价
《草业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：苏丹草是一种高产优质的禾本科牧草,优质分子标记的缺乏成为苏丹草育种工作顺利开展的限制性因素。本研究基于高通量测序结果开发苏丹草EST-SSR标记,并对34份苏丹草和2份高丹草种质资源进行了遗传多样性分析,验证所开发的EST-SSR引物的可应用性。从苏丹草转录组的80686条序列中鉴定出17548个SSR位点分布在13574条序列中,分布频率为16.82%。一、二和三核苷酸重复分别占38.59%、19.18%和39.09%,SSR重复基元的重复次数分布在5~23次;开发的300对引物扩增成功率达73.67%,其中54对多态性引物在36份供试材料中共扩增出275条带,其中多态性条带有205条,多态位点百分率(PPB)为73.05%,多态信息含量(PIC)平均值为0.41,遗传距离的变化范围为0.3922~0.9020;聚类分析结果将36份供试材料分为3大类群,相同品种的材料大致聚为一类,材料间的聚类与地理来源呈一定的相关性。以上结果证明了利用苏丹草转录组数据开发SSR标记的可行性并揭示了供试材料间具有丰富的遗传多样性,为苏丹草及近源物种种质资源的多样性水平和变异分析以及分子标记辅助育种等研究提供依据。
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基于高分子量谷蛋白亚基和表型特征探讨新疆稻麦与原始六倍体和四倍体小麦的亲缘关系
《核农学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为探讨新疆稻麦与原始六倍体和四倍体小麦的遗传多样性及其亲缘关系,本研究通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)对18份原始六倍体小麦和11份四倍体小麦的高分子量谷蛋白亚基(HMW-GS)组成及遗传多样性进行分析,并连续统计分析了4年8个形态学指标,分别构建了UPGMA聚类图。结果表明,参试材料HMW-GS组成变异丰富,包含了20种类型,多样性达66.7%,形态学特征也存在不同程度的差异;HMW-GS聚类分析表明,新疆稻麦与中国特有小麦地方品种和波兰小麦聚为一类;表型性状聚类结果表明,新疆稻麦和波兰小麦、硬粒小麦聚为一类。综上,推测新疆稻麦与中国特有小麦地方品种和波兰小麦具有较近的亲缘关系。本研究为明确新疆稻麦的亲缘关系提供了参考,且为后续利用新疆稻麦优异资源改良普通小麦提供了理论依据。
关键词： 新疆稻麦 中国特有小麦 遗传多样性 高分子量谷蛋白亚基 形态学
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