科研产出
基于三代全长转录组测序的极边扁咽齿鱼SSR分子标记开发
《南方农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]基于三代全长转录组测序数据,开发极边扁咽齿鱼SSR分子标记,积累和丰富该物种遗传信息,为后期指导和优化人工繁殖技术提供理论参考.[方法]基于极边扁咽齿鱼三代全长转录组测序结果(PRJNA792686),分析SSR分布情况,筛选出具有多态性的SSR引物,并对2个流域37尾边扁咽齿鱼的遗传多样性进行分析.[结果]极边扁咽齿鱼单核苷酸重复SSR个数最多,占37.87%,二核苷酸~六核苷酸重复序列依次占31.77%、10.32%、1.29%、0.25%和0.10%;二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和六核苷酸重复序列均以重复次数5~8次居多,分别占各自SSR总数的55.26%、94.90%、70.92%和89.52%;之后随重复次数增加而逐渐减少,当重复次数为21~24次时最低,分别占各自SSR总数的2.63%、0.04%、2.68%和0.单核苷酸重复序列以重复次数9~12次居多,占其SSR总数的71.43%;五核苷酸重复序列的重复次数主要集中在5~8次,占其SSR总数的83.33%;三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸重复序列中,排名前5的序列分别是TA(17.07%)、AT(16.95%)、TG(15.29%)、AC(12.51%)和CA(9.71%);TTA(7.53%)、GAT(6.07%)、TAT(5.93%)、CAG(5.50%)和GAG(5.50%);TATC(4.83%)、TTTA(4.32%)、TTCT(3.81%)、TATT(3.56%)和TGTT(3.18%).共设计38对SSR引物,最终筛选得到9对SSR多态性引物.2个流域的极边扁咽齿鱼等位基因数(Na)为3~29,其中,A流域极边扁咽齿鱼的期望杂合度(He)为0.484~0.931,香农指数(H′)为0.677~2.793;B流域极边扁咽齿鱼的He为0.315~0.948,H′为0.578~3.075.[结论]2个流域的极边扁咽齿鱼具有较高的遗传多样性.开发的9个多态性SSR分子标记可用于极边扁咽齿鱼育种和种质保护.
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叶面喷施脱落酸对黄瓜果实品质的影响
《西南农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探讨叶面喷施脱落酸（ABA）对黄瓜品质的影响，为外源施用激素ABA调控黄瓜果实品质提供生产指导和理论基础。【方法】以‘川翠13号’黄瓜品种为试验材料，通过叶面喷施不同浓度的ABA（0、50、100、200和400μmol/L）,研究其对黄瓜果实的可溶性糖、抗坏血酸以及风味物质反，顺-2,6-壬二烯醛累积的影响。【结果】叶面喷施50～200μmol/L ABA提高了黄瓜果实中可溶性糖和抗坏血酸含量，降低了风味物质的累积。当叶面喷施400μmol/L的ABA时，抗坏血酸含量显著降低。为了进一步分析外源施用ABA影响黄瓜果实品质的机理，对黄瓜果实进行转录组分析，ABA处理叶片后，果实差异表达基因中上调的有94个，下调的有75个，GO基因功能富集分析结果表明，大量差异基因参与转录调控以及大分子的生物合成调控过程，KEGG通路富集分析结果表明差异表达基因主要参与代谢途径和激素信号转导途径，说明外源施用ABA可能通过调控黄瓜果实代谢过程以及激素信号转导过程影响果实的品质。此外，44个转录因子的表达也受到外源ABA的诱导，主要包括bHLH、bZIP、FAR1、MYB以及NAC等转录因子。【结论】本研究通过对黄瓜果实品质以及转录水平变化进行分析，发现叶片喷施ABA通过转录水平调控相关基因的表达正向调控可溶性糖、抗坏血酸含量，负向调控黄瓜风味物质的累积。
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国兰叶色突变体根状茎差异表达基因分析
《核农学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：兰花叶色对其观赏及商业价值具有非常重要的意义。国兰春剑隆昌素(Cymbidium longibracteaturn Longchangsu)及其叶色突变体叶艺隆昌素是研究兰花叶色形成机制的重要材料。本研究采用Illumina Hiseq2500对这2种材料的根状茎进行denovo转录组测序,以鉴定其与叶艺形成相关的差异表达基因(DEGs)。差异表达基因分析结果发现色素合成、叶绿体发育等相关的基因在隆昌素与叶艺隆昌素根状茎中的表达存在显著差异。本研究获得的序列数据极大地丰富了国兰可利用的基因资源,为进一步明确国兰叶色形成的分子机制提供了科学参考。
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营养生长期持续高温处理对玉米叶片转录组及生化指标的影响
《玉米科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：以玉米杂交种郑单958和登海605为材料，通过转录组测序分析玉米营养生长期叶片受热胁迫后基因差异表达、基因功能富集和KEGG通路富集，使用微量法和HPLC法分析叶片中相关生化指标的变化。结果表明，高温胁迫会降低光合作用关键酶二磷酸核酮糖羧化酶（Rubisco）和三羧酸循环限速酶柠檬酸合酶（CS）的活力，升高丙二醛（MDA）、脱落酸（ABA）和赤霉素（GA3）的含量，降低水杨酸（SA）的含量。与常温对照比，玉米营养生长期叶片受热胁迫后，两个品种4个比较组合累计检测到16 996个差异表达的基因，共同差异表达的基因有1 160个。光合作用、细胞代谢、叶绿体膜和质体膜等相关基因的表达会响应热胁迫。
关键词： 玉米 高温胁迫 转录组 差异表达基因 富集分析 表型
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转录组和代谢组在林木真菌病害防御反应中的应用研究进展
《世界林业研究 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：真菌病害是林木的主要生物胁迫之一，严重影响林业生态安全和经济效益。近年来随着组学技术的突破，转录组技术和代谢组技术已成功应用于林木真菌病害研究，主要包括致病和抗病关键基因的挖掘、林木防御物质的动态合成、抗病分子育种等方面，但林木如何抵御真菌病害及其两者间的互作机制仍是今后研究的热点与难点。文中通过对林木遭受真菌侵染后的转录组信息和代谢组信息进行探讨，包括类黄酮物质合成途径、植物激素信号转导、林木防御关键基因和关键代谢物、关键防御机制及功能网络等，将在理论上丰富林木响应真菌病害侵染的过程，为林木和真菌病害的互作研究奠定基础，并为林木抗性育种和化学防治提供参考；此外，基于目前转录组和代谢组在林木真菌病害防御反应方面的研究，对林木基因组研究、多组学联合研究以及病原菌组学研究等进行展望，以期为林木真菌病害研究提供新思路。
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喷施赤霉素对"三青"莴笋生长、光合电子传递和氰化物含量的影响
《西南农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探讨喷施赤霉素（GA3）对"三青"莴笋高效安全生产的影响。【方法】以"高山青"莴笋为试材,采用叶面喷施的方法,研究了喷施GA3（0、12.5、25、50、100 mg/L）对"三青"莴笋生长、光合电子传递和氰化物的影响。【结果】喷施不同浓度的GA3均增加了莴笋株高和茎粗,T4处理"三青"莴笋株高最大,但与T3处理无显著差异。除11月25日,喷施GA3后"三青"莴笋茎粗均以T3为最大,但与T4处理无显著差异。光合指标、氰化物含量选取T3处理（50 mg/L GA3）和CK进行测定,喷施GA3增加了"三青"莴笋光合电子传递性能和氰化物含量。通过转录组分析,发现许多与光合作用和氰化物相关的基因显著上调。【结论】喷施GA3增强了莴笋叶片自身光保护能力,提高了光合作用,增加了氰化物含量,但氰化物含量低于食品安全规定。
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对具有一个共同亲本的杂种F_1育性差异的初步研究
《四川农业大学学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：【目的】对具有一个共同亲本的杂种F_1所表现出的育性差异进行了研究。【方法】观察了F_1的育性、减数分裂配对情况;采用SLAF-Seq-BSA(specific-locus amplified fragment sequencing and bulked segregant analysis)技术,对与育性有关系的基因进行关联分析;对不育F_1及其两个亲本的花药的转录组进行了分析。【结果】在不同播期下,正反交杂种F_1表现出稳定的不育特性,其自交结实率低于0.5%(国内法)。雄性不育的014-459/川麦55和可育的014-459/绵08-9杂种F_1减数分裂时染色体行为相似。SLAF分析将不育相关基因在染色体上的关联区域限定在2D染色体上的3个区域,转录组分析将亲本和F_1之间表达有差异的基因确定出来,结合SLAF分析和转录组分析,找到了F_1不育的育性相关基因。【结论】减数分裂染色体行为异常不是014-459和普通小麦的杂种F_1表现不育的原因。F_1不育是一种新的不育类型,初步确定与F_1表现出不育的关联基因是2D01G027900,GO注释号是0009753,其主要功能是对茉莉酸起响应。
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黄肉猕猴桃中果皮和内果皮不同时期比较转录组分析
《分子植物育种 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：类胡萝卜素是果实中的重要色素之一。本研究中,我们对黄肉猕猴桃(‘金实1号’)中果皮与内果皮4个不同发育时期(开花后0 d, 44 d, 81 d, 189 d,分别标注为T1时期, T2时期, T3时期, T4时期)类胡萝卜素含量测定结果表明,类胡萝卜素含量在T1时期最高,而后随着果实的发育逐步降低,在果实成熟期(T4时期)又有一定程度升高。转录组分析显示在|log2 Ratio|≥1和FDR<0.05阈值下,中果皮和内果皮在T2、T3、T4时期检测到的差异基因数目分别为5 665个、6 288个、9 293个和5 010个、5 524个、9 190个。Gene Ontology (GO)分析表明,这些差异表达基因被富集到50个GO类别,其中属于"生物学过程"的有22个类别,属于"细胞组分"的有16个类别,属于"分子功能"的有12个类别。此外我们还鉴定到14个类胡萝卜素生物合成相关基因差异表达,其中3个基因随果实发育上调表达,11个基因随果实发育下调表达,这一结果与类胡萝卜素含量变化模式相吻合。本研究有助于认识果实中类胡萝卜素调控机制,并且对今后彩色猕猴桃选育种工作有一定的指导意义。
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