科研产出
内江猪的遗传结构分析
《畜牧与兽医 》 2024 北大核心
摘要：旨在研究内江猪群体的亲缘关系和遗传结构。采用“中芯一号”芯片检测30头内江猪的单核苷酸多态性(SNP);采用GCTA软件构建G矩阵，PLINK软件构建状态同源(IBS)距离矩阵，分析内江猪群体的亲缘关系；采用Mega X软件构建群体进化树，分析内江猪群体的遗传结构。结果：共检测到57 466个SNP位点，29 468个SNP位点通过质量控制；内江猪试验群体具有中等程度的亲缘关系；群体进化树将内江猪公猪被分为6个血缘，血缘数量与传统系谱记录的基本相同；基于连续性纯合片段(ROH)的平均近交系数为0.243。综上，内江猪血缘较少，有一定程度的近交，可引入新血缘，提高群体遗传多样性和种群质量。
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川乡黑猪基因组选择信号分析
《中国畜牧杂志 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：本文旨在研究川乡黑猪与杜洛克猪的群体遗传结构，筛选与川乡黑猪重要经济性状相关的基因组选择信号及候选基因。利用“中芯一号”SNP芯片，对286头川乡黑猪和251头杜洛克猪进行了SNP检测、主成分分析、连锁不平衡衰减分析、群体遗传结构分析以及进化树构建；运用FST和θπ方法筛选了川乡黑猪基因组中受选择的信号区域，并挖掘了潜在的候选基因。结果显示，对基因型数据进行质控后共获得31 196个SNP位点，在遗传结构和进化树中川乡黑猪与杜洛克可以明显分为2支。2个群体均表现出连锁不平衡随距离升高逐渐衰减的规律，且杜洛克的连锁不平衡强度高于川乡黑猪。选择信号分析筛选到671个在川乡黑猪中受选择的位点，涉及183个候选基因，包括6个可能与脂质代谢相关的基因（ARRDC3、FABP5、GGPS1、GNPAT、LIPA、MEF2C）,2个与抗病相关的基因（CD180、IFIT1）,3个与心肺发育以及低氧适应相关的基因（NKX2-5、SPRY2、EGLN1）以及3个与繁殖相关的基因（CPEB3、CCNH、 CCNB1）。研究结果为川乡黑猪种质资源的保护及利用提供了重要遗传信息，鉴定到的受选择位点和基因也为川乡黑猪的分子标记辅助选择提供了数据依据。
关键词： 川乡黑猪 SNP芯片 遗传结构 选择信号 候选基因
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基于SNP芯片的丫杈猪保种群体遗传结构研究
《畜牧兽医学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：旨在研究丫杈猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究采用“中芯一号”芯片检测了166头丫杈种猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);利用Plink软件计算观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量、最小等位基因频率，分析丫杈猪群体的遗传多样性；采用Plink软件构建状态同源(identity by state, IBS)距离矩阵和分析连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH),采用GCTA软件构建G矩阵，分析丫杈猪群体的亲缘关系；采用Mega X软件构建群体进化树，分析丫杈猪群体的家系结构。结果显示，166头丫杈猪共检测到45 211个SNPs位点，通过质量控制的SNP位点有36 243个；有效等位基因数为1.529,多态性信息含量为0.254,多态性标记比例为0.875,最小等位基因频率为0.233;期望杂合度为0.329,观察杂合度为0.344;状态同源平均遗传距离为0.259 5,状态同源距离矩阵和G矩阵结果均表明大部分丫杈猪呈中等程度的亲缘关系；ROH片段共有3 226个，其中40.96%的长度在0～100 Mb之间，基于ROH的平均近交系数为0.069;群体进化树结果表明，丫杈猪公猪被分为8个血缘，数量与传统系谱记录的相同，但血缘间有个体差异。综上所述，丫杈猪保种群的有效群体含量偏低，遗传多样性中等偏低，近交程度不严重，可引入或创建新血缘，扩大有效群体含量，提高群体遗传多样性。
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