科研产出
清远麻鸡miR-142-3p分析及其关键靶基因的筛选
《中国农业大学学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为分析清远麻鸡不同组织中miR-142-3p的表达情况,并筛选其在脾脏中的关键靶基因,本研究利用在线数据库预测鸡miR-142-3p靶基因,并对靶基因进行GO和KEGG富集分析以及构建蛋白-蛋白互作网络.利用在线公共数据库,分析脾脏相对于其他组织的miR-142-3p表达量;再根据miRNA表达量与其靶基因表达量负相关机制,对miR-142-3p靶基因与脾脏中相对其他组织显著下调基因取交集,筛选潜在靶基因.结果表明:1)预测获得85个靶基因,GO富集分析显示,靶基因参与多种高分子化合物的合成与转运过程.2)KEGG结果显示富集到MAPK、Notch、Wnt等多条与抗肿瘤免疫相关的信号通路.3)PPI网络共筛选到4个Hub基因.4)miR-142-3p在脾脏中的表达量极显著高于肝脏、肺脏、胸肌、心脏和肾脏(P<0.01).5)共筛选到TWF1、MYH10、NFIB、FNBP1L和FERMT2 5个靶基因.综上,鸡miR-142-3p在脾脏中很可能通过TWF1、MYH10、NFIB、FNBP1L和FERMT2发挥生物学功能.本研究为解析鸡miR-142-3p的功能及其分子机制提供了参考和依据.
关键词： 清远麻鸡 miR-142-3p 生物信息学 组织表达 脾脏
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大恒799肉鸡Myoz1基因CDs区克隆、序列分析及其组织表达研究
《中国家禽 》 2024 北大核心
摘要：为研究钙调神经磷酸酶肌小结结合蛋白1(Myoz1)的氨基酸序列特征及其在不同组织器官中的mRNA表达水平，试验通过PCR克隆Myoz1 CDs序列，分别利用ExPASYProtparam、ProtScale、Target P、DNAStar Protean、SWISS-MODEL、SignalP 4.1 Server、NetPhos2.0Server和STRTNG软件，进行Myoz1蛋白理化特性、亲/疏水性、亚细胞结构、蛋白二级结构、三级结构、信号肽、磷酸化位点和蛋白互作分析，并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测Myoz1基因表达量。结果显示：大恒799肉鸡Myoz1基因CDs序列全长为881 bp，可编码293个氨基酸；大恒799肉鸡Myoz1基因氨基酸序列与雉鸡、岩雷鸟位于一个分支，同源性最高，均高于96%，亲缘关系最近；Myoz1蛋白为水溶性蛋白且大多分布于细胞核内，分子式为C1442H2244N400O430S10，分子质量约为32 384.70 ku，理论等电点为9.12;Myoz1蛋白不存在信号肽，为分泌蛋白，共存在37个潜在的磷酸化位点、1个N-糖基化潜在位点；Myoz1蛋白二级结构主要由α-螺旋、β-转角和无规则卷曲组成，三级结构预测结果与其一致；Myoz1蛋白与ACTN2、LDB3、LMOD3等Z盘蛋白（PDZ-LIM结构域蛋白，ZASP）以及肌肉生长发育相关蛋白有相互作用的关系；Myoz1在1日龄大恒799肉鸡胸肌和腿肌的表达量显著高于其他组织，且在胸肌中的表达量高于腿肌（P<0.05）。研究表明Myoz1基因可能在肌肉生长发育过程中发挥调控作用。
关键词： 大恒肉鸡 Myoz1基因 克隆 生物信息学分析 组织表达
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长江鲟糖皮质激素受体基因序列及其在应激中的表达分析
《西南农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]糖皮质激素受体(GR)参与了机体渗透调节、应激和免疫调节等多种生物学过程,对GR表达特征的分析有利于揭示其在鱼类抗应激反应过程中的功能.[方法]以长江鲟转录组测序得到的Unigene序列作为基础,获得了 GR的cDNA序列,同时研究了 GR基因在各个组织及饥饿胁迫下的表达情况.[结果]GR基因开放阅读框为2316 bp,编码771个氨基酸,包含保守的锌指结构域和激素受体配体结合域,及鱼类特有的9-aa插入序列WRARQNMDG.GR在长江鲟各组织中广泛分布,其中,免疫器官脾脏、肝脏和鳃组织中表达量较高,在心脏和大脑组织中也有较高的表达水平.饥饿条件下,肝脏中GR相对表达量随饥饿时间的增加而逐渐上升,在饥饿7和14 d后,其表达量均显著高于对照组;肠道中GR在饥饿第7天表达量出现峰值,显著高于第0天(P<0.05).复投喂后,肠道和肝脏中GR表达量恢复到了对照组水平.[结论]本研究表明GR参与了长江鲟对抗饥饿胁迫的应激反应过程.
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达氏鲟Elovl4、 ELovl5和Elovl7克隆、组织分布及饥饿对其表达的影响
《水生生物学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为研究长链脂肪酸延长酶(Elovls)作用机制, 实验根据前期达氏鲟转录组测序获得的unigene序列为基础,得到Elovl4、Elovl5和Elovl7 CDS区序列,并分析了3个基因在各组织及饥饿胁迫下的表达情况.结果显示,达氏鲟Elovl4、Elovl5和Elovl7编码区为753、885和846 bp,分别编码250、294和281个氨基酸.达氏鲟Elovl4、Elovl5和Elovl7氨基酸序列与斑点雀鳝Elovls具有较高的同源性;组织分布结果显示,达氏鲟Elovl4在卵巢和眼中表达最高; Elovl5在肌肉中的表达显著高于其他各个组织; Elovl7在卵巢中表达最高(P<0.05),鳃、精巢和肌肉中表达较多.在饥饿条件下, Elovl4、Elovl5和Elovl7在肝脏中的表达量均显著下调(P<0.05),肠道中的趋势各有不同; 饥饿3d时, Elovl4、Elovl5和Elovl7在胃中的表达量显著降低, 随后上调(P<0.05); 饥饿7d时, 脑和肌肉中Elovl4、Elovl5和Elovl7的表达量显著高于其他各组, 随后显著下降(P<0.05).这说明Elovl4、Elovl5和Elovl7在达氏鲟营养调控过程中发挥的作用可能存在差异,其具体作用机制需要进一步研究.
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达氏鲟2种胰岛素样生长因子的克隆及其对饥饿胁迫的响应
《西南农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：[目的]胰岛素样生长因子(IGF)是一类在细胞增殖与分化、免疫及个体生长发育中具有重要作用的调控因子.因此,对IGF表达特征的分析有利于揭示其在鱼类生长及营养调控等过程中的功能.[方法]本研究以达氏鲟转录组测序获得的unigene序列为基础,获得了胰岛素生长因子-1(IGF-1)和胰岛素生长因子-2(IGF-2)的cDNA全序列,并分析了IGF-1和IGF-2基因在各组织及饥饿胁迫下的表达情况.[结果]达氏鲟IGF-1全长为2262 bp,其中5′非编译区为292 bp,3′非编译区为1841 bp,开放阅读框(ORF)为489 bp,共编码163个氨基酸;IGF-2的全长为1821 bp,其中5′非编译区为109 bp,3′非编译区为1052 bp,开放阅读框为660 bp,编码220个氨基酸.达氏鲟IGF氨基酸序列与其他鲟鱼类具有较高的同源性.IGF-1和IGF-2在达氏鲟各组织中广泛分布,IGF-1在眼睛中的表达量最高,而IGF-2在肝脏和性腺中的表达量最高.饥饿条件下,肝脏、肠道和肌肉中的IGF-1表达量呈先上升后降低的趋势.[结论]与饥饿第0天相比,饥饿14 d后各组织中的IGF-1表达量显著性降低(P<0.05),表明IGF-1的表达与达氏鲟的营养状况密切相关.而IGF-2在饥饿14 d后的表达量与第0天相比无显著性差异(P>0.05),提示着达氏鲟IGF-2和IGF-1的功能可能存在一定的差异.
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水稻B-box锌指蛋白基因OsBBX26的 克隆及表达分析
《南方农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：[目的]克隆水稻B-box锌指蛋白基因(OsBBX26),并分析其在非生物胁迫下的表达模式,为探究水稻B-box蛋白的非生物胁迫响应机制提供理论依据.[方法]以水稻模式品种日本晴为材料,采用RT-PCR克隆OsBBX26基因,对其进行生物信息学分析,并通过构建pBA-OsBBX26-YFP植物表达载体进行亚细胞定位.同时,采用实时荧光定量PCR检测分析OsBBX26基因的组织特异性及非生物胁迫(干旱、ABA、低温和高盐)下的表达模式.[结果]克隆获得的OsBBX26基因(LOC_Os08g42440)cDNA全长序列为1467 bp,编码488个氨基酸,其编码蛋白分子量为51.86 kD,理论等电点(pI)为6.63,包含1个B-box锌指结构域和1个CCT结构域,其中B-box结构域位于第13~60位氨基酸,CCT结构域位于第435~478位氨基酸,该蛋白定位于细胞核中.OsBBX26基因位于8号染色体上,启动子区域除了含有TATA-Box和CAAT-Box等基本转录元件外,还含有与逆境相关的顺式作用元件,包括低温响应元件LTR、脱落酸响应元件ABRE、水杨酸响应元件TCA-element、厌氧响应元件ARE、茉莉酸甲酯响应元件CGTCA-motif和TGACG-motif,以及MYB转录因子结合位点.OsBBX26蛋白与粳稻B-box蛋白亲缘关系最近,其次与籼稻B-box蛋白亲缘关系较近,与其他植物B-box蛋白也存在较高的相似性,其中与小米、大麦、高粱、玉米和短柄草B-box蛋白的氨基酸序列相似性分别达72%、72%、71%、69%和68%.OsBBX26基因在幼叶中的表达量最高,其次是在成熟叶片中,在幼根、成熟根、茎和幼穗中的表达量均极低,表明该基因表达具有明显的组织表达特异性.干旱、高盐、ABA和低温胁迫处理下OsBBX26基因均上调表达,干旱、高盐和ABA胁迫处理12 h达峰值,但低温胁迫处理在24 h后才达峰值.[结论]OsBBX26基因受干旱、高盐、ABA和低温胁迫诱导均上调表达,推测其参与水稻植株响应多种非生物胁迫,在逆境响应中发挥重要调控作用.
关键词： 水稻 B-box蛋白 克隆 非生物胁迫 表达分析 组织表达
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达氏鲟心型脂肪酸结合蛋白的基因克隆及表达分析
《农业生物技术学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：心型脂肪酸结合蛋白(heart-type fatty acid-binding proteins, FABP-3)是脂质结合蛋白超家族的成员,主要参与机体脂肪酸摄取和转运等代谢过程。为深入了解FABP-3的结构及其在达氏鲟(Acipenser dabryanus)营养代谢及免疫调控中的功能,本研究以达氏鲟3代全长转录组测序获得的unigenes序列为基础,获得FABP-3的cDNA序列,分析FABP-3基因在不同组织、饥饿胁迫及迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)侵染作用下的表达情况。结果显示,FABP-3基因cDNA全长为641 bp (GenBank No.MN064725),其中5'非编译区为89 bp,3'非编译区为150 bp,开放阅读框为402 bp,编码133个氨基酸。其三维结构由10个β-折叠和2个α-螺旋组成,包含3个保守氨基酸残基(Arg 107, Arg 127, Tyr 129),在氨基酸6～120位置之间具有保守的脂质转运蛋白结构域。FABP-3在达氏鲟各组织中广泛分布,其中,肌肉中FABP-3表达量最高,显著高于其他组织(P≤0.05)。饥饿条件下,脑、肝和胃中的FABP-3表达量呈先上升后降低的趋势;肠道和肌肉中的FABP-3表达量在饥饿过程中出现下调,且均显著低于第0天(P≤0.05)的表达水平。迟缓爱德华氏菌侵染作用下,FABP-3在鳃和脾中呈现先下降后上升的表达趋势;感染12 h后,在肠道中的表达量是对照组的219倍。本研究结果表明达氏鲟FABP-3参与机体营养代谢及免疫应答等生物学途径,为今后达氏鲟营养及免疫调控分子机制的研究提供了理论基础。
关键词： 达氏鲟 心型脂肪酸结合蛋白 组织表达 饥饿胁迫 细菌侵染
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家蚕B型清道夫受体基因的鉴定及系统发生与表达分析
《蚕业科学 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：B型清道夫受体(SR-B)是清道夫受体超基因家族成员,参与机体的脂类代谢、动脉粥样硬化形成或保护、宿主免疫损害防御、凋亡细胞清除和细胞粘附等重要生命过程。基于家蚕全基因组数据,利用比较基因组学方法,鉴定获得了14个家蚕B型清道夫受体基因,这些基因分布在至少5条染色体上,其内含子的大小从几十到近万个碱基对。系统发生分析表明,14个家蚕B型清道夫受体基因分布在3个类群:第1类群中分布的9个基因和第3类群中分布的3个基因,分别与类群中其它昆虫的同源基因形成明显的直系同源关系;第2类群中分布有2个基因,此类群中不同昆虫的同源基因之间的进化关系较为复杂。EST数据和芯片数据分析表明,多数家蚕B型清道夫受体基因具有转录活性。RT-PCR检测结果显示,有8个家蚕B型清道夫受体基因在5龄第3天幼虫组织中表达,并具有不同的表达模式,推测这些基因可能行使不同的功能。研究结果为进一步诠释家蚕B型清道夫受体基因的功能奠定了基础。
关键词： 家蚕 B型清道夫受体基因 生物信息学分析 系统发生 组织表达
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家蚕淀粉酶基因(Bmamy2)的分子克隆及表达特征和序列分析
《蚕业科学 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：淀粉酶在生物体内的碳水化合物代谢中起重要作用。根据预测的基因序列设计引物,克隆了一个家蚕淀粉酶基因(Bmamy2),获得完整的编码区序列(全长1 752 bp,编码583个aa)。用推导的氨基酸序列与其它物种的淀粉酶基因作相似性比较和系统发育分析,发现所克隆的Bmamy2基因是一个起源很早的拷贝,在细菌、果蝇、非洲蟾蜍、人和鸡等多种生物中存在与之同源的基因。该基因编码蛋白的功能结构域预测有2个起催化作用的关键氨基酸发生突变,推测该基因可能失去了催化水解碳水化合物的功能。RT-PCR和基因芯片检测结果表明,该基因在家蚕5龄第3天幼虫的中肠和脂肪体中表达,且在中肠中的表达丰度较高。
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