清远麻鸡miR-142-3p分析及其关键靶基因的筛选

朱师良; 余春林; 邱莫寒; 张增荣; 熊霞; 胡陈明; 杨礼; 彭涵; 陈家磊; 宋小燕; 夏波; 杨朝武; 《中国农业大学学报 》 2024 北大核心 CSCD

摘要：为分析清远麻鸡不同组织中miR-142-3p的表达情况,并筛选其在脾脏中的关键靶基因,本研究利用在线数据库预测鸡miR-142-3p靶基因,并对靶基因进行GO和KEGG富集分析以及构建蛋白-蛋白互作网络.利用在线公共数据库,分析脾脏相对于其他组织的miR-142-3p表达量;再根据miRNA表达量与其靶基因表达量负相关机制,对miR-142-3p靶基因与脾脏中相对其他组织显著下调基因取交集,筛选潜在靶基因.结果表明:1)预测获得85个靶基因,GO富集分析显示,靶基因参与多种高分子化合物的合成与转运过程.2)KEGG结果显示富集到MAPK、Notch、Wnt等多条与抗肿瘤免疫相关的信号通路.3)PPI网络共筛选到4个Hub基因.4)miR-142-3p在脾脏中的表达量极显著高于肝脏、肺脏、胸肌、心脏和肾脏(P<0.01).5)共筛选到TWF1、MYH10、NFIB、FNBP1L和FERMT2 5个靶基因.综上,鸡miR-142-3p在脾脏中很可能通过TWF1、MYH10、NFIB、FNBP1L和FERMT2发挥生物学功能.本研究为解析鸡miR-142-3p的功能及其分子机制提供了参考和依据.

关键词： 清远麻鸡 miR-142-3p 生物信息学 组织表达 脾脏