科研产出
不同倍性甘薯及近缘材料的SNP鉴定流程
《分子植物育种 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：基因组上的SNP变异具有丰富的数量和多态性的特点，SNP鉴定在作物遗传多样性、群体结构关系、育种等方面有重要作用。然而多倍体作物由于倍性高、杂合性高等问题，使得SNP的开发、验证和检测较为困难。甘薯及不同倍性近缘野生种均属于番薯属，由于甘薯近缘物种倍性变化较大，本研究选取二倍体、四倍体、六倍体的Ipomoea trifida以及五倍体和六倍体的甘薯为材料，采用简化基因组测序技术——RAD-seq进行测序，以栽培甘薯‘泰中6号’基因组序列为参考，通过与参考基因组的比对、排序、PCR标记去重复以及变异检测，建立了一套基于甘薯参考基因组进行不同倍性材料SNP鉴定的分析流程。通过IQ-TREE对SNP标记进行系统发育树构建，结果验证了本流程具有较高的可靠性。本研究开发的数据处理流程，不仅可用于不同倍性野生材料遗传关系的鉴定，还可为甘薯品种的遗传多样性分析和育种的亲本选择以及其他多倍体植物SNP标记开发鉴定提供借鉴和参考。
关键词： 甘薯 Ipomoea trifida 多倍体 SNP 简化基因组测序
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基于简化基因组测序技术的甘薯HRM分子标记开发及其应用
《核农学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：目前甘薯中针对SNP位点的分子标记开发及应用的报道较少.为开发甘薯特异SNP分子标记,本研究利用简化基因组测序技术对甘薯种质材料进行测序,筛选稳定的SNP位点,将其开发为基于HRM技术的分子标记,并在甘薯种质材料中进行验证.通过对23个甘薯种质材料简化基因组测序数据的分析,共发现835756个SNP多态性位点,筛选其中的3650个含有SNP多态性位点的高质量测序片段,成功设计了134对引物;初步验证发现,22对(16.42%)引物没有扩增产物,15对(11.19%)引物扩增产物2个以上,36对(26.87%)引物的扩增产物没有差异.61对(45.52%)引物在8个样本中的扩增特异性好,而且样本之间有差异.最后筛选34对扩增多态性丰富的引物对52份甘薯种质材料进行扫描,发现材料间多态性介于27.27%~90.91%之间,平均多态性达到59.35%.聚类分析表明,参试52份甘薯种质材料之间的差异较小,多数材料与骨干亲本南瑞苕、徐薯18之间关系较近,国外引进甘薯材料和地方品种差异较大.建议在今后甘薯育种中尽量选用地方品种和国外甘薯品种,从而更好地拓宽甘薯遗传背景.本研究初步建立了基于简化基因组技术和HRM技术开发甘薯SNP分子标记的新思路,为今后甘薯SNP分子标记开发提供了参考.同时本研究开发的甘薯分子标记,丰富了甘薯分子标记类型,为甘薯研究者开展快速的分子标记研究提供了支持.
关键词： 甘薯 简化基因组测序 单核苷酸多态性 分子标记开发
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对具有一个共同亲本的杂种F_1育性差异的初步研究
《四川农业大学学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：【目的】对具有一个共同亲本的杂种F_1所表现出的育性差异进行了研究。【方法】观察了F_1的育性、减数分裂配对情况;采用SLAF-Seq-BSA(specific-locus amplified fragment sequencing and bulked segregant analysis)技术,对与育性有关系的基因进行关联分析;对不育F_1及其两个亲本的花药的转录组进行了分析。【结果】在不同播期下,正反交杂种F_1表现出稳定的不育特性,其自交结实率低于0.5%(国内法)。雄性不育的014-459/川麦55和可育的014-459/绵08-9杂种F_1减数分裂时染色体行为相似。SLAF分析将不育相关基因在染色体上的关联区域限定在2D染色体上的3个区域,转录组分析将亲本和F_1之间表达有差异的基因确定出来,结合SLAF分析和转录组分析,找到了F_1不育的育性相关基因。【结论】减数分裂染色体行为异常不是014-459和普通小麦的杂种F_1表现不育的原因。F_1不育是一种新的不育类型,初步确定与F_1表现出不育的关联基因是2D01G027900,GO注释号是0009753,其主要功能是对茉莉酸起响应。
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