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基于简化基因组测序技术的甘薯HRM分子标记开发及其应用

文献类型： 中文期刊

作者： 冯俊彦 1 ; 郎涛 2 ; 张聪 2 ; 李明 2 ; 青莉芳 2 ; 屈会娟 2 ; 蒲志刚 2 ; 康乐 1 ;

作者机构： 1.西华师范大学环境科学与工程学院

2.四川省农业科学院生物技术核技术研究所

关键词： 甘薯;简化基因组测序;单核苷酸多态性;分子标记开发

期刊名称： 核农学报

ISSN： 1000-8551

年卷期： 2022 年 36 卷 007 期

页码： 1350-1361

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 目前甘薯中针对SNP位点的分子标记开发及应用的报道较少.为开发甘薯特异SNP分子标记,本研究利用简化基因组测序技术对甘薯种质材料进行测序,筛选稳定的SNP位点,将其开发为基于HRM技术的分子标记,并在甘薯种质材料中进行验证.通过对23个甘薯种质材料简化基因组测序数据的分析,共发现835756个SNP多态性位点,筛选其中的3650个含有SNP多态性位点的高质量测序片段,成功设计了134对引物;初步验证发现,22对(16.42%)引物没有扩增产物,15对(11.19%)引物扩增产物2个以上,36对(26.87%)引物的扩增产物没有差异.61对(45.52%)引物在8个样本中的扩增特异性好,而且样本之间有差异.最后筛选34对扩增多态性丰富的引物对52份甘薯种质材料进行扫描,发现材料间多态性介于27.27%~90.91%之间,平均多态性达到59.35%.聚类分析表明,参试52份甘薯种质材料之间的差异较小,多数材料与骨干亲本南瑞苕、徐薯18之间关系较近,国外引进甘薯材料和地方品种差异较大.建议在今后甘薯育种中尽量选用地方品种和国外甘薯品种,从而更好地拓宽甘薯遗传背景.本研究初步建立了基于简化基因组技术和HRM技术开发甘薯SNP分子标记的新思路,为今后甘薯SNP分子标记开发提供了参考.同时本研究开发的甘薯分子标记,丰富了甘薯分子标记类型,为甘薯研究者开展快速的分子标记研究提供了支持.

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