科研产出
HIGD2A基因在不同海拔藏猪肺组织的表达特点及生物信息学分析
《中国畜牧杂志 》 2025 北大核心
摘要：藏猪作为我国重点保护的高原型猪种，在长期的繁衍和进化过程中形成了适应高原低氧环境的能力，并成为研究高原低氧适应机制的模式动物。缺氧诱导结构域家族成员2A(Hypoxia Inducible Domain Family Member 2A,HIGD2A)蛋白可调节线粒体呼吸链复合物的组装，进一步影响细胞有氧能量代谢。本研究以不同海拔藏猪肺组织为试验材料，分析了HIGD2A基因在不同海拔藏猪肺组织中的表达情况，利用在线生物信息学工具解析了HIGD2A基因的启动子特征，以及与HIGD2A基因潜在作用的miRNA。结果表明，HIGD2A基因在低海拔地区（500 m）的表达水平高于高海拔地区（3100 m和3850 m,P<0.01）；通过在线生物信息学网站进一步分析发现，HIGD2A基因启动子上游1 489～1 760 bp和1 764～1 944 bp处存在2个CpG岛，转录因子Spi1/PU.1和SP1在该区域存在结合位点。使用Startbase和TargetScan数据库共筛选到21个与HIGD2A基因3'UTR潜在结合的miRNA，其中ssc-miR-140-5p、ssc-miR-181a和ssc-miR-181b的结合能分别为-19.1、-20.2 kcal/mol和-22.1 kcal/mol。此外，ssc-miR-140-5p与HIGD2A基因在不同海拔藏猪肺组织中存在相反的表达模式。本研究为藏猪适应高原低氧环境作用机制研究提供了理论依据。
关键词： 藏猪 肺组织 低氧适应 HIGD2A基因 生物信息学分析
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大恒799肉鸡Myoz1基因CDs区克隆、序列分析及其组织表达研究
《中国家禽 》 2024 北大核心
摘要：为研究钙调神经磷酸酶肌小结结合蛋白1(Myoz1)的氨基酸序列特征及其在不同组织器官中的mRNA表达水平，试验通过PCR克隆Myoz1 CDs序列，分别利用ExPASYProtparam、ProtScale、Target P、DNAStar Protean、SWISS-MODEL、SignalP 4.1 Server、NetPhos2.0Server和STRTNG软件，进行Myoz1蛋白理化特性、亲/疏水性、亚细胞结构、蛋白二级结构、三级结构、信号肽、磷酸化位点和蛋白互作分析，并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测Myoz1基因表达量。结果显示：大恒799肉鸡Myoz1基因CDs序列全长为881 bp，可编码293个氨基酸；大恒799肉鸡Myoz1基因氨基酸序列与雉鸡、岩雷鸟位于一个分支，同源性最高，均高于96%，亲缘关系最近；Myoz1蛋白为水溶性蛋白且大多分布于细胞核内，分子式为C1442H2244N400O430S10，分子质量约为32 384.70 ku，理论等电点为9.12;Myoz1蛋白不存在信号肽，为分泌蛋白，共存在37个潜在的磷酸化位点、1个N-糖基化潜在位点；Myoz1蛋白二级结构主要由α-螺旋、β-转角和无规则卷曲组成，三级结构预测结果与其一致；Myoz1蛋白与ACTN2、LDB3、LMOD3等Z盘蛋白（PDZ-LIM结构域蛋白，ZASP）以及肌肉生长发育相关蛋白有相互作用的关系；Myoz1在1日龄大恒799肉鸡胸肌和腿肌的表达量显著高于其他组织，且在胸肌中的表达量高于腿肌（P<0.05）。研究表明Myoz1基因可能在肌肉生长发育过程中发挥调控作用。
关键词： 大恒肉鸡 Myoz1基因 克隆 生物信息学分析 组织表达
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猕猴桃LysM型类受体激酶基因家族生物信息学分析
《分子植物育种 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：植物Lys M型类受体激酶基因家族（lysin motif receptor-like kinase, LYKs）在植物自身免疫防御系统及与病原微生物协同进化中的重要作用已被证实，目前已成为研究植物基因功能的热点。本研究以生物信息学方法在猕猴桃全基因组范围内鉴定并命名Ac LysM基因家族成员，分析其家族成员染色体定位、蛋白基序、结构域和亚细胞定位，以及AcLysM基因家族成员的蛋白理化性质。共获得40个AcLysM基因家族成员，其蛋白分子量范围为10～126 kD、等电点在4.43～9.42之间，平均亲水系数介于-0.603～0.484。AcLysM基因家族成员分为三个亚类，亲缘关系较近的家族成员往往具有相同的motif和domain，甚至多个基序和结构域的排序都是相似的，推测该亚族成员在猕猴桃进化过程中执行相似的功能，在响应猕猴桃病菌侵染的过程中发挥重要的激发、传导和调控作用。本研究分析了猕猴桃LysM型类受体激酶基因家族，为后续深入研究LysM基因家族成员在猕猴桃抵御病虫害中的作用提供理论依据。
关键词： 猕猴桃 LysM-类受体激酶 基因家族 生物信息学分析
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乌桕硬脂酰-酰基载体蛋白脱饱和酶基因的克隆及表达
《西南农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：硬脂酰-酰基载体蛋白脱饱和酶是植物脂肪酸合成代谢的关键酶,直接调节膜脂和贮脂中饱和脂肪酸和不饱和脂肪酸的比例。本研究通过RT-PCR及RACE技术,克隆乌桕硬脂酰-酰基载体蛋白脱饱和酶(SsSAD)的cDNA全长序列。结果显示,该序列包含1个1191 bp的完整的开放阅读框(GenBank登录号为EF079655),编码396个氨基酸,含33个氨基酸的叶绿体转移肽。其成熟肽含有363个氨基酸,推测其分子量为41.5 kDa,等电点为5.42。同源性分析及同源建模数据显示SsSAD和其它物种的SAD有较高的同源性,含有1个保守结构域。构建原核表达载体pMAL-SsSAD,转入大肠杆菌DH5α,并对诱导表达条件进行优化。
关键词： 乌桕 硬脂酰-酰基载体蛋白脱饱和酶 克隆 生物信息学分析 原核表达
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家蚕B型清道夫受体基因的鉴定及系统发生与表达分析
《蚕业科学 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：B型清道夫受体(SR-B)是清道夫受体超基因家族成员,参与机体的脂类代谢、动脉粥样硬化形成或保护、宿主免疫损害防御、凋亡细胞清除和细胞粘附等重要生命过程。基于家蚕全基因组数据,利用比较基因组学方法,鉴定获得了14个家蚕B型清道夫受体基因,这些基因分布在至少5条染色体上,其内含子的大小从几十到近万个碱基对。系统发生分析表明,14个家蚕B型清道夫受体基因分布在3个类群:第1类群中分布的9个基因和第3类群中分布的3个基因,分别与类群中其它昆虫的同源基因形成明显的直系同源关系;第2类群中分布有2个基因,此类群中不同昆虫的同源基因之间的进化关系较为复杂。EST数据和芯片数据分析表明,多数家蚕B型清道夫受体基因具有转录活性。RT-PCR检测结果显示,有8个家蚕B型清道夫受体基因在5龄第3天幼虫组织中表达,并具有不同的表达模式,推测这些基因可能行使不同的功能。研究结果为进一步诠释家蚕B型清道夫受体基因的功能奠定了基础。
关键词： 家蚕 B型清道夫受体基因 生物信息学分析 系统发生 组织表达
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