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基于Illumina高通量测序的岩原鲤转录组分析

文献类型： 中文期刊

作者： 龚全 1 ; 刘亚 1 ; 赖见生 1 ; 陈叶雨 1 ; 杜军 1 ;

作者机构： 1.四川省农业科学院水产研究所

关键词： 高通量测序;岩原鲤;转录组

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2016 年 29 卷 07 期

页码： 1743-1749

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为获得岩原鲤转录组信息,发掘功能基因,本研究采用Illumina高通量测序技术对岩原鲤全组织转录组进行测序。结果获得64 257 918个EST序列,经拼接和组装得到83 252条单基因序列(unigene),平均长度787 bp,长度范围201~16 572 bp。利用NCBI的蛋白质非冗余数据库(Nr)对所有unigene进行相似性搜索,共有37 157条unigene(44.63%)与数据库中的已知序列同源。利用Blast2GO v2.5软件对unigene进行注释,共得到29 919条(35.93%)注释基因,根据GO功能分类将其分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类56亚类。经KOG注释及分类,共有17 869条(21.49%)unigene成功注释到真核直系同源组中,并将其分为26个功能组分。经KEGG代谢通路分析可分为5大类(细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、代谢和有机系统)32小类共267个代谢通路。本研究通过高通量测序技术,对岩原鲤转录组进行测序,获得了大量的转录组信息,为岩原鲤功能基因克隆及基因组学研究提供了基础。

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