科研产出
大麦EST-SSR分子标记开发及特征分析
《应用与环境生物学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：大麦是一种古老的栽培作物,也是分子遗传学研究中常用的模式植物,为满足大麦基因作图、遗传多样性、种质资源鉴定和分子辅助育种等研究的需求,拟在NCBI公共数据库基础上,开发基于表达序列标签(EST)的简单序列重复(SSR)分子标记.从NCBI数据库中获得了525 781条大麦EST序列,将这些序列进行聚类和去冗余后共获得61 902个Unigene,随后通过MISA软件搜索Unigene中的SSR位点,并设计引物9 659对,最后通过电子PCR(E–PCR)和普通PCR对引物进行验证.结果显示:(1)61 902个Unigene中含有SSR位点24 648个,其中复合SSR位点5 843个,约占3.42%,单纯SSR位点23 805个,约占96.58%;(2)经E-PCR验证后发现9 659对SSR引物中有1 060对(11%)能够成功扩增出产物;(3)随机选取的11对引物经普通PCR验证发现,这些引物都能在2份野生大麦品种、2份栽培大麦品种及1份小麦、硬粒小麦、荆州黑麦和节节麦中成功扩增.本研究表明日益丰富的EST公共数据库是大麦SSR分子标记的重要来源;利用EST公共数据库、SSR搜索软件,结合E–PCR验证是开发SSR分子标记省时高效的手段.
关键词： 大麦 表达序列标签 简单序列重复 分子标记 生物信息
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黑斑病菌诱导的紫薯抑制性差减杂交文库构建及ESTs分析
《西南农业学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：本研究以紫薯1号为材料,运用抑制性差减杂交(SSH)技术,构建了经黑斑病菌诱导12、24、36、48、60 h后的甘薯块根混合SSH cDNA文库。随机挑取103个cDNA克隆进行5'端测序,共获得87个非重复序列,其中包括29个重叠群,58个独立的ESTs,利用tblastx对87个序列在NCBI数据库中进行同源性比对。结果表明,在编号为14的EST中找到了"蔷薇"黑斑抗性muRdr1基因位点,基因全序列包括muRdr1A、muRdr1B、muRdr1C、muRdr1D、muRdr1E、muRdr1F、muRdr1G、muRdr1H、muRdr1I共9个基因。另外有2类基因的含量较高,一类是紫薯组织特异性相关基因,另一类是紫薯受干旱胁迫的抗逆相关基因。构建cDNA文库,应用EST技术并结合生物信息学技术,对紫薯抗病相关基因的表达分析,从基因水平上来研究紫薯抗病机制,为今后的紫薯抗病遗传育种及抗病机理奠定论基础。
关键词： 紫薯 黑斑病菌诱导 抑制差减杂交技术 表达序列标签
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