科研产出
基于代谢组和蛋白组联合分析栽培基质对银耳氨基酸合成的影响
《菌物研究 》 2025
摘要：为了探究栽培基质对银耳Tremella fuciformis子实体中氨基酸合成的影响，采用代谢组学和蛋白质组学比较分析以代料（70%棉籽壳和30%麸皮组成）和青冈木为栽培基质栽培的银耳子实体的氨基酸含量，并结合关联分析探究栽培基质影响银耳氨基酸合成的机制。结果表明，代料栽培银耳TF1子实体的蛋白质和氨基酸含量以及生长速度显著高于青冈木栽培银耳TY3。通过液质联谱分析，筛选出显著差异代谢物488种，其中氨基酸、肽类及其类似物占比最高，利用蛋白质组学方法筛选出668个差异表达蛋白质。对代谢组与蛋白质组数据进行关联分析，发现银耳色氨酸、酪氨酸、赖氨酸等氨基酸合成通路和戊糖磷酸途径的调控网络，进一步验证得出代料栽培银耳通过增加NADPH促进氨基酸合成，导致其氨基酸含量显著高于青冈木基质生长银耳。研究有助于探究栽培基质调控银耳氨基酸合成的机制，为发展银耳产业优质高效栽培模式提供理论依据。
关键词： 银耳 代谢组学 蛋白质组学 氨基酸合成 NADPH路径
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基于定量蛋白质组技术解析不同酿酒稻米品种的成分差异
《中国酿造 》 2025
摘要：采用定量蛋白质组技术分析两种酿酒稻米（PXY、JKY）的蛋白质组成差异及其与白酒酿造的潜在关系。结果表明，从稻米样品中检测到蛋白质5 153个，其中差异表达蛋白质223个，在PXY中上调117个，下调106个。基于基因本体论（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）的富集分析结果显示，差异表达蛋白质参与白酒发酵的多种生物学过程和代谢通路，包括糖酵解/糖异生、淀粉生物合成、淀粉和蔗糖代谢、多糖分解代谢过程、蛋白水解作用、丁香烯氧化生成丁香酸等，表明原料蛋白质组成对白酒生产具有重要影响。研究结果初步从蛋白组水平揭示原料与白酒酿造的关系，可为优质原料的选择提供依据。
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转录组和蛋白组筛选就巢鸡卵巢发育候选基因及其调控网络构建
《畜牧兽医学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为了研究蛋鸡就巢性的潜在调控机制，本研究选用300日龄体况良好、体重一致的城口山地鸡12只，其中3只个体处于正常产蛋期，其余9只个体分别处于就巢期10、20和30天。采集各组蛋鸡卵巢组织进行组织解剖学形态观察，然后利用转录组(RNA-seq)和蛋白组(iTRAQ)测序技术分别对产蛋组正常卵巢(normal ovary, NO)和就巢组萎缩卵巢(atrophic ovary, AO)进行测序分析。筛选差异表达基因(DEGs)和差异表达蛋白(DEPs)并进行功能富集分析，鉴定与家禽就巢性相关的候选基因。结果表明：就巢导致蛋鸡卵巢发生萎缩，卵泡大量闭锁。在卵巢组织中鉴定出930个DEGs,其中430个基因上调，500个基因下调；同时鉴定出546个DEPs,其中178个蛋白上调，368个蛋白下调。通过功能注释和富集分析发现，这些DEGs和DEPs显著富集在细胞外基质(extracellular matrix, ECM)受体相互作用、黏着和PI3K-Akt等信号通路。最后通过转录组和蛋白组联合分析，筛选出7个蛋鸡就巢性的候选基因：COMP、FN1、ITGA8、THBS1、COL4A2、COL4A1和COL1A1。综上所述，本研究通过分析转录组测序和蛋白组测序结果筛选了蛋鸡就巢性关键候选基因，并构建了家禽就巢状态下卵巢发育的调控网络。本研究为深入解析就巢期卵巢萎缩的分子调控机制提供了理论参考，丰富了调控家禽就巢性状的候选基因，为蛋鸡的遗传改良和分子育种研究提供理论依据。
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两个不同籽粒硬度小麦的比较蛋白组学分析
《作物学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：小麦是全球种植面积最大粮食作物,为全球45亿人提供日常蛋白和能量摄入的20%。弄清小麦籽粒硬度遗传基础,对于改良小麦品质具有重大意义。为探讨不同硬度小麦种子的分子基础,本实验选用西南麦区2个硬度差异极显著的小麦品种川麦66和蜀麦969,从蛋白水平上分析其种子蛋白差异表达情况,利用TMT定量蛋白质组学技术(tandem mass tags)结合生物信息学分析,分析差异表达的蛋白及其功能和通路等富集情况。结果表明,鉴定并定量了有效蛋白6020个,其中显著差异表达蛋白113个,在软质麦川麦66中上调表达的69个,下调表达的44个。差异蛋白GO富集分析共富集到65个GO条目,达到极显著富集水平的包括生物过程的1个条目、细胞组成的1个条目和分子功能的6个条目。推测营养库活性类蛋白、酶抑制剂活性类蛋白和谷胱甘肽代谢途径类蛋白可能参与小麦籽粒硬度形成。籽粒硬度相关蛋白可能主要分布于细胞胞外区,具有防御作用。从系统发育分析推测, puroindolines蛋白及其同源蛋白,可能既作为小麦籽粒贮藏蛋白,同时还能作为酶抑制剂调控籽粒发育。本研究为进一步探索小麦籽粒硬度遗传机制提供了参考。
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挥发性抑芽物质对马铃薯块茎萌芽的影响及其作用机制
《作物学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：马铃薯块茎过早萌芽会降低商品价值,本试验比较挥发性物质的抑芽效应,并从转录和蛋白水平分析其作用机制。结果表明,抑芽能力薄荷醇(29)樟脑(29)萘,萌芽受抑降低代谢消耗,薄荷醇处理180 d时的重量损失只有对照损失的36%。樟脑处理萌芽块茎3 d引起表达显著上调(或下调)的基因和蛋白分别有1227 (299)和296 (204)个,主要参与响应刺激、防御反应。贮藏期间,果胶代谢基因PEL、PME、PG,角质合成基因CYP77A6、HPFT、WES,乙烯合成基因ACO以及转录因子编码基因GATA4L的表达量随时间升高。樟脑早期不同程度地刺激这些基因表达,中后期则抑制,49d时只有对照的0.68%～23.35%。薄荷醇使上述基因表达保持低水平,但可提高细胞周期负控基因KRP4的表达,为对照的15.9倍。植物病原菌互作通路中的基因WRKY75、STH-2、RBOH表达受樟脑诱导并在后期高表达。樟脑和薄荷醇均能抑制生长发育基因的表达,造成芽死亡,降低贮藏损耗。前者早期能促进合成保护性物质,萌芽时有更强烈的抗菌反应;后者则阻碍细胞分裂。
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强休眠玉米种子休眠前后的蛋白差异表达
《植物遗传资源学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：以强休眠玉米自交系08-641为试验材料,分别对处于休眠状态下的新鲜收获种子和经过10 d后熟作用破除休眠的种子进行了蛋白质组学差异表达分析。结果表明,通过双向电泳技术在3次重复试验下休眠状态的08-641鲜种子蛋白2-DE图谱上共检测到约600个蛋白质点,在经过10 d后熟作用破除休眠的08-641种子蛋白2-DE图谱上共检测到约620个蛋白质点,其中下调表达蛋白质点4个,上调表达蛋白质点4个,新增蛋白质点8个,缺失表达蛋白质点7个。经过质谱鉴定的差异表达蛋白质主要涉及球蛋白、胚胎晚期丰富蛋白、豆球蛋白等贮藏物蛋白质;蛋白酶体、山梨醇脱氢酶等参与物质代谢的蛋白质;热激蛋白等参与蛋白质结构、细胞功能调控的蛋白质。推测08-641种子休眠是由于种子内休眠相关蛋白的过量表达或缺失抑制了种子的正常萌发。
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玉米种子休眠相关蛋白的鉴定与分析
《作物学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：以强休眠性玉米自交系08-641为材料,2个弱休眠性玉米自交系为对照,利用蛋白质双向电泳技术,对处于休眠状态下的新鲜收获种子和经过15 d后熟处理破除休眠的3个自交系种子进行了蛋白质差异表达分析。结果表明,在3次重复试验下共检测到9个与休眠相关的蛋白点,其中新增诱导表达蛋白质1个,缺失表达蛋白质2个,上调表达蛋白质5个,下调表达蛋白质1个。在9个蛋白质中,有5个蛋白点得到鉴定。包括3个globulin-1 S allele precursor、1个2-isopropylmalate synthase B和1个translationally-controlled tumor protein。种子休眠破除过程中的蛋白质的变化说明种子经历了一系列生理生化活动,深入研究这些蛋白质的生物学功能将有助于更清楚地认识玉米种子休眠问题。
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黄瓜嫁接苗和自根苗的蛋白质组学研究
《园艺学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为了进一步探讨黄瓜嫁接苗比自根苗抗病抗逆性好、光合能力强的机理,在塑料大棚和高温消毒基质栽培条件下,用双向电泳(2-DE)技术和质谱(MS)技术研究了‘黑籽南瓜’与‘津优1号’黄瓜嫁接苗和‘津优1号’黄瓜自根苗叶片的蛋白质变化。嫁接后分别于苗期、开花期和结果期测定嫁接苗和自根苗叶片的蛋白质。结果表明,嫁接苗叶片中新产生了两类蛋白质:能提高抗病抗逆能力的R蛋白(RGC693蛋白)和促进萜烯类物质合成的鲨烯合酶,能促进叶绿体合成的辅酶和提高光能利用率的捕光叶绿素a/b结合蛋白。它们的出现可以说明嫁接黄瓜的抗病抗逆能力和光合能力优于自根苗的原因。
关键词： 黄瓜 嫁接 蛋白质组 R蛋白 鲨烯合酶 捕光叶绿素a/b结合蛋白
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条锈菌侵染慢锈性小麦品种川麦107后的蛋白质组学分析
《麦类作物学报 》 2007 北大核心 CSCD
摘要：为了在基因和蛋白表达水平上研究小麦的慢条锈性机制,运用双向电泳技术分析了条锈菌侵染的2个小麦品种(川麦107和80-8)的对照和发病14 d叶片的差异表达蛋白,从2-D图谱上找到9个差异表达蛋白,其中点P5是在接种并发病的川麦107中新诱导出的一个差异蛋白质。通过基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术(MALDI-TOF-MS)获得6个蛋白质的肽指纹图谱(PMF),数据库搜索鉴定出2个蛋白质。这2个蛋白质是磷酸核酮糖激酶(Phosphoribulokinase,PRK)和脱氢抗坏血酸还原酶(Dehydroascorbate re-ductase,DHAR)。
关键词： 小麦 慢条锈性 差异表达蛋白 肽指纹图谱 蛋白质组学
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