科研产出
茶卡羊与黑藏羊骨骼肌中miRNA的表达鉴定与分析
《中国畜牧杂志 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：本试验旨在分析miRNA在茶卡羊和黑藏羊肌肉发育过程中的差异及其对骨骼肌发育调控的影响。采集茶卡羊和黑藏羊的背最长肌组织，构建茶卡羊和黑藏羊背最长肌的small RNA测序文库并测序，运用生物信息学筛选差异表达miRNA，并进行靶基因预测和功能富集。结果表明，2个文库共鉴定到126个已知miRNA和475个预测miRNA；筛选到的12个差异表达miRNA中有8个在黑藏羊中表达量显著上调，4个miRNA表达量显著下调。这些差异miRNA共预测到372个靶基因，显著富集到信号、细胞通信、循环系统发育和细胞过程等GO功能通路。KEGG分析显示靶基因显著富集到剪切体和类固醇激素的生物合成等生物学通路中。同时，选取6个miRNAs进行荧光定量验证，qPCR表达趋势与测序分析的表达趋势一致，说明miRNA测序数据可信度较高。本研究从miRNA层面揭示了茶卡羊和黑藏羊骨骼肌生长发育的差异，为进一步研究骨骼肌生长发育的分子调控机制提供了基础数据。
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利用深度测序技术检测玉米根系和叶片中已知的microRNAs
《遗传 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：microRNA(miRNA)是一类具有20～24nt核苷酸长度的非蛋白质编码的内源小分子RNA,它在植物生长发育和逆境胁迫响应等过程中发挥着重要作用。文章利用基于Illumina/Solexa原理的小分子RNA深度测序技术,结合生物信息学的方法对玉米根系和叶片中已知miRNA的类型、丰度及靶基因进行了分析。研究发现,在根系中共检测到92个已知的miRNA,分别属于18个miRNA家族,其表达丰度在1～105943之间;在叶片中,共发现86个已知的miRNA,分别属于17个miRNA家族,其表达丰度在1～85973之间。靶基因预测结果表明,根系中的18个miRNA家族共靶向54个蛋白,进一步的功能预测发现,这些基因涉及了转录调控、物质能量代谢、电子传递、胁迫响应和信号转导等过程。以上研究结果表明,就已知的miRNA而言,无论是miRNA的类型还是表达丰度,在玉米根系和叶片中都存在较大差异。
关键词： 玉米 microRNA 深度测序 丰度分析 靶基因预测
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