科研产出
7种猪繁殖障碍性疫病液相芯片快速检测方法的建立与应用
《农业生物技术学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：随着我国养猪业的发展和进步,对于疾病的鉴别诊断和大数据分析提出了更高的要求和目标.为建立一种同时检测7种猪(Sus scrofa)繁殖障碍性疫病的方法,促进高通量检测技术在动物病原检测中的发展和应用,本研究针对猪伪狂犬病毒(Pseudorabies virus,PRV)、猪日本乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)、猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)、猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)、猪细小病毒(Porcine parvovirus,PPV)、非洲猪瘟病毒(African classical swine fever virus,ASFV)7种猪繁殖障碍性疫病病原,设计特异性引物、探针,经反应条件优化、探针与微球偶联和杂交捕获反应,成功建立1种同时检测7种猪疫病的液相芯片检测方法,并将该方法进行临床应用.结果显示,微球与探针偶联效率较高,在液相环境中能实现对特异性目的基因捕获检测,该方法检测灵敏性较高,可同时检测到7种特异性病原的最低检测限度为103 copies/μL;该方法检测特异性好,与猪其他常见病原无交叉反应,重复性试验中组内和组间检测数据一致性较强.利用建立的方法对临床采集四川规模化猪场疑似发病的65份样品和ASFV阳性对照核酸进行检测和验证,共检出49份阳性样品,阳性率达75.38%(49/65),混合感染检出阳性率为23.08%(15/65),经单重PCR复检后结果一致,证实建立的液相芯片检测方法可应用于临床检测.本研究为猪病多种病原快速鉴别诊断提供有力的技术储备,同时为高通量检测技术的进一步发展提供参考.
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基于Solexa平台高通量测序数据的分析与处理流程研究
《农业网络信息 》 2015
摘要：第二代测序技术的诞生为生物信息学研究带来了前所未有的机遇,同时也对测序数据的处理分析提出了很高的要求。目前针对第二代测序数据的分析软件很多,但是绝大多数软件仅能完成单一的功能,如何正确高效地选择整合这些软件已成为迫切需求。本文基于新一代Illumina/Solexa测序平台所产生的数据,构建了一套完整的数据处理和分析流程,实现对测序数据有效分析和处理。对数据处理过程中所用的软件和方法做了全面综述,并对生物信息数据处理研究中存在的难题做了进一步展望。
关键词： 高通量 Solexa FASTQ 生物信息学 农业信息化
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