科研产出
猪流行性腹泻病毒CH/SCJY/2022株的分离鉴定及遗传进化分析
《黑龙江畜牧兽医 》 2024 北大核心
摘要：2022年四川省简阳地区某规模化猪场仔猪发生严重腹泻甚至死亡，疑似猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV）感染。为确定病原并了解其遗传进化特征，试验无菌采集病死腹泻仔猪小肠组织样本，提取RNA后采用RT-PCR方法对病原进行检测，并对病毒进行分离和半数组织培养感染剂量(TCID50)测定、间接免疫荧光试验、全基因组测序和遗传进化分析。结果表明：腹泻仔猪小肠组织样本为PEDV阳性，小肠组织过滤上清液接种Vero细胞盲传至第3代出现致细胞病变效应（cytopathic effect, CPE）,盲传至第9代时出现稳定的CPE,第9代病毒液的TCID50为1×10-5.2/0.1 mL;在以鼠源抗PEDV-S蛋白单克隆抗体为一抗、FITC标记的羊抗鼠IgG为二抗的间接免疫荧光试验中，接种分离毒株的Vero细胞呈现特异性绿色荧光，未接种分离毒株的Vero细胞无特异性绿色荧光。将分离毒株命名为CH/SCJY/2022。经PCR分段扩增、测序、拼接后得到CH/SCJY/2022株全基因组序列，大小为28 038 bp。CH/SCJY/2022株S基因、ORF3基因、M基因、N基因与参考毒株（CV777、AJ1102、LW/L、virulent DR13、LZC）核苷酸相似性分别为93.11%～97.71%、95.41%～98.37%、96.62%～98.09%、94.72%～96.38%。CH/SCJY/2022株全基因组序列与30株PEDV参考毒株核苷酸相似性为96.0%～98.9%,其中与强毒变异株YC2014的相似性最高（98.9%）,与韩国毒株SM98的相似性最低（96.0%）,与疫苗毒株CV777、AJ1102的相似性分别为96.4%和98.3%。基于全基因组序列构建的遗传进化树中可见CH/SCJY/2022株与CH/SCZY103/2017位于同一小分支，亲缘关系最近，属于GⅡb基因亚群；与疫苗毒株LW/L、AJ1102、XJ-DB2、CV777、attenuated DR13的亲缘关系较远。与参考毒株（attenuated DR13、LW/L、CV777、AJ1102、XJ-DB2）相比，CH/SCJY/2022株S蛋白氨基酸序列存在6处特有的氨基酸位点突变，分别为N139D、I289M、R492K、F541L、L1000M、S1080L。说明试验成功从该养猪场腹泻仔猪小肠组织样本中分离鉴定到1株PEDV GⅡb亚群变异株，并获得了该毒株的全基因组序列，具有独特的分子特征。
关键词： 猪流行性腹泻病毒 全基因组测序 同源性分析 遗传进化分析 分离 鉴定
全文链接
请求原文
猪δ冠状病毒重庆流行株的诊断与N基因序列分析
《畜禽业 》 2024
摘要：2023 年重庆市某规模化养猪场猪群发生腹泻疫情,通过临床观察、RT-PCR检测、N基因克隆测序及序列分析对采集的腹泻仔猪肠道组织进行鉴定.结果显示,发病猪水样腹泻,小肠壁变薄、黏膜充血;成功检测到1 株猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV),命名为CQ2023 株.该毒株N基因序列全长1 029 bp,与30 株GenBank中登录的参考毒株N基因序列比对显示,核苷酸序列相似性为96.7%~99.4%,其中PDCoV CQ2023 株与CHN-HeN06-2022 株的相似性最高,为99.4%.遗传进化分析显示PDCoV CQ2023 株属于国内流行株,与国内PDCoV毒株CHN-HeN06-2022 等处于同一进化分支,亲缘关系最近.该次研究成功鉴定出该猪场腹泻疫情由PDCoV感染引起,并进行了N基因序列分析,为PDCoV的流行病学研究、遗传进化、预防及诊断试剂的研究提供数据支持.
全文链接
请求原文
首页上一页1下一页尾页
