川芎SSR标记开发及遗传多样性分析

毛常清; 沙秀芬; 陶珊; 吴宇; 彭芳; 廖海浪; 袁灿; 张超; 《中国现代中药 》 2024

摘要：目的：基于川芎基因组调研结果开发简单重复序列（SSR）标记，对109份川芎种质资源进行遗传多样性分析，为川芎种质资源评价、保存和新品种选育等提供理论依据。方法：基于Survey测序已组装序列挖掘川芎基因组中的SSR位点并设计引物，筛选多态性高的引物，对109份川芎种质资源进行遗传多样性和遗传分化分析，并在川芎及其近缘物种中进行通用性验证。结果：36对引物在109份川芎种质资源中共检测到102个等位基因位点，观测等位基因数为2.833 3，期望杂合度为0.488 5,Shannon's指数为0.807 1,Nei基因多样性为0.486 0，多态信息含量为0.419 4，采集的109份川芎种质资源具有丰富的遗传多样性。基于遗传距离的聚类分析显示，在遗传相似系数为0.76处，109份川芎聚为两大类，但其与地理分布关系不大。通用性验证显示，36对SSR引物在川芎及其近缘物种中通用性较好。结论：开发的36对SSR标记能很好地揭示川芎的遗传多样性，供试109份川芎种质遗传分化小、基因流较大。

关键词： 川芎 简单重复序列标记 遗传多样性 遗传分化