基于三代全长转录组测序的极边扁咽齿鱼SSR分子标记开发

吴晓雲; 陈叶雨; 龚全; 刘亚; 宋明江; 李飞扬; 李鹏程; 邹巧林; 欧军; 赖见生; 《南方农业学报 》 2023 北大核心 CSCD

摘要：[目的]基于三代全长转录组测序数据,开发极边扁咽齿鱼SSR分子标记,积累和丰富该物种遗传信息,为后期指导和优化人工繁殖技术提供理论参考.[方法]基于极边扁咽齿鱼三代全长转录组测序结果(PRJNA792686),分析SSR分布情况,筛选出具有多态性的SSR引物,并对2个流域37尾边扁咽齿鱼的遗传多样性进行分析.[结果]极边扁咽齿鱼单核苷酸重复SSR个数最多,占37.87%,二核苷酸~六核苷酸重复序列依次占31.77%、10.32%、1.29%、0.25%和0.10%;二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和六核苷酸重复序列均以重复次数5~8次居多,分别占各自SSR总数的55.26%、94.90%、70.92%和89.52%;之后随重复次数增加而逐渐减少,当重复次数为21~24次时最低,分别占各自SSR总数的2.63%、0.04%、2.68%和0.单核苷酸重复序列以重复次数9~12次居多,占其SSR总数的71.43%;五核苷酸重复序列的重复次数主要集中在5~8次,占其SSR总数的83.33%;三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸重复序列中,排名前5的序列分别是TA(17.07%)、AT(16.95%)、TG(15.29%)、AC(12.51%)和CA(9.71%);TTA(7.53%)、GAT(6.07%)、TAT(5.93%)、CAG(5.50%)和GAG(5.50%);TATC(4.83%)、TTTA(4.32%)、TTCT(3.81%)、TATT(3.56%)和TGTT(3.18%).共设计38对SSR引物,最终筛选得到9对SSR多态性引物.2个流域的极边扁咽齿鱼等位基因数(Na)为3~29,其中,A流域极边扁咽齿鱼的期望杂合度(He)为0.484~0.931,香农指数(H′)为0.677~2.793;B流域极边扁咽齿鱼的He为0.315~0.948,H′为0.578~3.075.[结论]2个流域的极边扁咽齿鱼具有较高的遗传多样性.开发的9个多态性SSR分子标记可用于极边扁咽齿鱼育种和种质保护.

关键词： 极边扁咽齿鱼 转录组 SSR分子标记 遗传多样性