科研产出
整合宏基因组学分析生猪养殖粪污发酵过程中耐药基因的动态变化
《西南农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探究生猪养殖粪污在堆肥过程中耐药基因的消减规律。【方法】以猪粪和菌渣为发酵原料，进行有氧堆肥处理，在堆肥第1、4、8、12、16、22、29天，进行上、中、下分层多点采样，提取总DNA构建文库，经定量和检测合格后，进行宏基因组测序分析。通过宏基因组学方法对堆肥过程中耐药基因的动态变化进行分析。【结果】堆肥期间共发现613个耐药基因，分别对32类抗生素产生耐药。其中，丰度较高的抗生素分别为青霉烷类抗生素（Penam）、头孢菌素类抗生素（Cephalosporin）、氨基糖苷类抗生素（Aminoglycoside antibiotic）、磷霉素类抗生素（Fosfomycin）、糖肽类抗生素（Glycopeptide antibiotic）和四环素类抗生素（Tetracycline antibiotic）,这与现实中常用的抗生素种类相吻合。分析发现耐药基因的消减出现2个峰值，第一个峰值出现在试验起始时，在第4天迅速下降，然后在第12天（对照组）和第8天（实验组）达到第二个峰值，随着细菌的自然凋亡，耐药基因的丰度又下降到低值，慢慢消减下去。【结论】在堆肥过程中，生猪养殖粪污中耐药基因丰度呈现波动式消减。
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整合宏基因组学分析生猪养殖粪污堆肥发酵过程中微生物群落动态变化
《动物医学进展 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：以猪粪和菌渣为发酵原料,进行有氧堆肥处理,在堆肥第 1、4、8、12、16、22、29 天,进行上、中、下分层多点采样,提取总 DNA 构建文库,经定量和检测合格后,利用宏基因组测序分析堆肥过程中微生物区系变化与致病微生物动态变化.结果表明,堆肥期间微生物丰度发生明显变化,其中细菌丰度先升后降,病毒丰度变化平稳,真菌丰度稍有增长,古细菌丰度则稍有下降.在堆肥初始时,变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门等微生物群落为优势菌门;变形菌门在堆肥的第 4 天迅速达到高点,然后迅速下降并维持在原始水平,其中试验组的变化比对照组更为平稳;厚壁菌门在堆肥的前 4d,丰度急速下降,然后缓慢下降;拟杆菌门在堆肥期间,丰度持续上升.同时,大肠埃希氏菌、沙眼衣原体、肠道沙门氏菌、化脓性链球菌、停乳链球菌等强致病微生物,随着堆肥的进行,其丰度均逐渐下降.试验组和对照组的菌群结构和丰度变化趋势均无显著差异.
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