科研产出
丫杈猪生长发育、胴体及肉质性状全基因组关联分析
《中国畜牧杂志 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：本研究旨在通过对丫杈猪生长发育、胴体及肉质性状的全基因组关联分析(Genome Wide Association Study,GWAS),挖掘与丫杈猪生长发育、胴体和肉质性状相关的遗传标记和功能基因.以 166 头丫杈猪为试验材料,通过提取耳组织DNA并采用中芯一号芯片进行单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)检测,采用Plink(V1.90)对获得的基因型数据进行质控,利用GEMMA软件的混合线性模型对质控结果进行生长发育、胴体和肉质性状相关的GWAS分析.结果表明,有 1 个SNP与日增重在全基因组范围内显著相关,1 个SNP与肌内脂肪含量在全基因组范围内显著相关,3 个SNPs与瘦肉率在全基因组范围内显著相关,TOX3、DLG5和FAM180A、KIF2B分别是影响丫杈猪日增重、肌内脂肪含量和瘦肉率性状的候选基因.本研究结果为丫杈猪的分子育种提供了一定的理论参考价值.
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茶树叶型性状的全基因组关联分析
《西南农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]发掘与叶型性状关联的SNP位点,为茶树分子标记辅助育种提供参考依据.[方法]对收集于四川本地的91份茶树自然群体开展简化基因组测序(GBS),并利用测序获得的863 468个SNP标记对叶长(YC)、叶宽(YK)、长宽比(CKB)、叶身(YS)、叶色(YSZ)、叶尖(YD)、叶脉对数(YM)和叶缘(YY)8个叶型性状开展基于广义线性模型[GLM(Q)模型]的全基因组关联分析.[结果]在P<0.01条件下,其中6个性状共检测到38个显著SNP位点,分别是叶长(YC)关联到1个,长宽比(CKB)关联到24个,叶色泽(YSZ)关联到6个,叶尖(YD)关联到2个,叶脉对数关联到1个,叶缘关联到4个.38个显著SNP位点对关联性状的解释率为31.37%~60.70%.进一步在显著位点上下游50 kbp区域内进行候选基因挖掘,共得到8个候选基因:CS4011953(Sec11a)、CSA027293(CAD3)、CSA020561(GAE2)、CSA008530(AIM1)、CSA008531(MFP)、CSA008532(AIM1)、CSA008763(CYP72A154)、CSA029592(RABG3F).对候选基因进行GO和KEGG注释,根据注释结果初步预测基因CSA027293(CAD3)与长宽比(CKB)、CSA008763(CYP72A154)与叶色(YSZ)紧密关联.[结论]38个茶树叶型性状显著关联的SNP位点发掘与2个候选基因预测可为茶树调控叶型基因精确定位、分子标记辅助育种提供基因资源和参考依据.
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