科研产出
丫杈猪生长发育、胴体及肉质性状全基因组关联分析
《中国畜牧杂志 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：本研究旨在通过对丫杈猪生长发育、胴体及肉质性状的全基因组关联分析(Genome Wide Association Study,GWAS),挖掘与丫杈猪生长发育、胴体和肉质性状相关的遗传标记和功能基因.以 166 头丫杈猪为试验材料,通过提取耳组织DNA并采用中芯一号芯片进行单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)检测,采用Plink(V1.90)对获得的基因型数据进行质控,利用GEMMA软件的混合线性模型对质控结果进行生长发育、胴体和肉质性状相关的GWAS分析.结果表明,有 1 个SNP与日增重在全基因组范围内显著相关,1 个SNP与肌内脂肪含量在全基因组范围内显著相关,3 个SNPs与瘦肉率在全基因组范围内显著相关,TOX3、DLG5和FAM180A、KIF2B分别是影响丫杈猪日增重、肌内脂肪含量和瘦肉率性状的候选基因.本研究结果为丫杈猪的分子育种提供了一定的理论参考价值.
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川乡黑猪基因组选择信号分析
《中国畜牧杂志 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：本文旨在研究川乡黑猪与杜洛克猪的群体遗传结构，筛选与川乡黑猪重要经济性状相关的基因组选择信号及候选基因。利用“中芯一号”SNP芯片，对286头川乡黑猪和251头杜洛克猪进行了SNP检测、主成分分析、连锁不平衡衰减分析、群体遗传结构分析以及进化树构建；运用FST和θπ方法筛选了川乡黑猪基因组中受选择的信号区域，并挖掘了潜在的候选基因。结果显示，对基因型数据进行质控后共获得31 196个SNP位点，在遗传结构和进化树中川乡黑猪与杜洛克可以明显分为2支。2个群体均表现出连锁不平衡随距离升高逐渐衰减的规律，且杜洛克的连锁不平衡强度高于川乡黑猪。选择信号分析筛选到671个在川乡黑猪中受选择的位点，涉及183个候选基因，包括6个可能与脂质代谢相关的基因（ARRDC3、FABP5、GGPS1、GNPAT、LIPA、MEF2C）,2个与抗病相关的基因（CD180、IFIT1）,3个与心肺发育以及低氧适应相关的基因（NKX2-5、SPRY2、EGLN1）以及3个与繁殖相关的基因（CPEB3、CCNH、 CCNB1）。研究结果为川乡黑猪种质资源的保护及利用提供了重要遗传信息，鉴定到的受选择位点和基因也为川乡黑猪的分子标记辅助选择提供了数据依据。
关键词： 川乡黑猪 SNP芯片 遗传结构 选择信号 候选基因
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